怎么计算出FC和P值

[wuxiangning]

使用的scMetabolism包是如何计算出Log(FC)和P值的，在包的教程目前我们只能计算出每个细胞的score，并没有这两项的计算，是否可以代码，此外scMetabolism包是否可以修改现有的基因集中的基因，或者额外增加或去除自己设定的基因集呢？

[wu-yc]

可以考虑用seurat计算fc在 2024年10月14日，12:12，XN Wu ***@***.***> 写道： 使用的scMetabolism包是如何计算出Log(FC)和P值的，在包的教程目前我们只能计算出每个细胞的score，并没有这两项的计算，是否可以代码，此外scMetabolism包是否可以修改现有的基因集中的基因，或者额外增加或去除自己设定的基因集呢？ —Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe.You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: ***@***.***>

[wuxiangning]

老师您好，但是您是以哪一群做参照，再计算对应的LOG2FC和P值呢？是否可以提供scores <- run_scMetabolism(seurat_obj, metabolism_type = "KEGG", ncores = 4)；计算得到score之后的计算log2fc和P值的代码