Rerunning SSC vignette with CSV instead of RDS

vignettes/figures/ssc_vignette_renders/make_timings.csv

@@ -0,0 +1,91 @@
+expr,time
+sqlidx_make_fun(),207671314601
+sql_make_fun(),159698293901
+arrow_make_fun(),59337087801
+duckdb_make_fun(),107282483102
+rams_make_fun(),72013356501
+duckdb_make_fun(),246359061201
+rams_make_fun(),39530577301
+msnexp_make_fun(),174594855602
+sql_make_fun(),92173877201
+ondisk_make_fun(),58244387100
+spectra_make_fun(),32418387200
+sql_make_fun(),87556105600
+tmzml_make_fun(),233894365901
+ondisk_make_fun(),54929997001
+arrow_make_fun(),69872429301
+sql_make_fun(),99607536201
+arrow_make_fun(),73530619201
+arrow_make_fun(),107802240002
+spectra_make_fun(),57258795101
+rams_make_fun(),43928589101
+tmzml_make_fun(),248756348001
+duckdb_make_fun(),132405346302
+rams_make_fun(),57718879501
+spectra_make_fun(),43912921002
+ondisk_make_fun(),51810733301
+sql_make_fun(),92030659202
+rams_make_fun(),36829274800
+spectra_make_fun(),39165949502
+tmzml_make_fun(),255519757601
+msnexp_make_fun(),178127773400
+rams_make_fun(),41706812201
+tmzml_make_fun(),234903318601
+sqlidx_make_fun(),170217031601
+rams_make_fun(),35862306701
+spectra_make_fun(),40120475601
+spectra_make_fun(),33337358402
+spectra_make_fun(),30020078701
+sqlidx_make_fun(),206652144602
+sql_make_fun(),94309543401
+msnexp_make_fun(),179485593901
+rams_make_fun(),39122070401
+tmzml_make_fun(),241104652101
+ondisk_make_fun(),55430915100
+sqlidx_make_fun(),192936971401
+sql_make_fun(),92706397601
+spectra_make_fun(),45868695501
+tmzml_make_fun(),238016428501
+arrow_make_fun(),73518378600
+sqlidx_make_fun(),213907293501
+msnexp_make_fun(),177336035001
+sqlidx_make_fun(),202439489301
+msnexp_make_fun(),178406471901
+sql_make_fun(),92955927101
+msnexp_make_fun(),177951585901
+msnexp_make_fun(),174765452301
+duckdb_make_fun(),142562384300
+ondisk_make_fun(),54470893600
+sqlidx_make_fun(),198125113901
+arrow_make_fun(),71181920301
+rams_make_fun(),56825793801
+duckdb_make_fun(),152281114001
+duckdb_make_fun(),148860587101
+spectra_make_fun(),46906795400
+sqlidx_make_fun(),204810691201
+msnexp_make_fun(),190409054601
+sql_make_fun(),99670830801
+arrow_make_fun(),72540809601
+arrow_make_fun(),91670526302
+ondisk_make_fun(),65406335201
+ondisk_make_fun(),55683577601
+tmzml_make_fun(),239150561501
+ondisk_make_fun(),53626954601
+duckdb_make_fun(),120720744201
+arrow_make_fun(),90316985201
+tmzml_make_fun(),270135176801
+arrow_make_fun(),72004880201
+tmzml_make_fun(),266647046701
+sqlidx_make_fun(),165711517601
+msnexp_make_fun(),175574221302
+duckdb_make_fun(),128106036801
+sqlidx_make_fun(),201015413501
+tmzml_make_fun(),231537249602
+duckdb_make_fun(),139983951901
+rams_make_fun(),45023582900
+sql_make_fun(),101428873801
+spectra_make_fun(),41180254201
+ondisk_make_fun(),52041790500
+msnexp_make_fun(),172928643301
+duckdb_make_fun(),135414989202
+ondisk_make_fun(),53558449200

vignettes/figures/ssc_vignette_renders/multichrom_timings.csv

@@ -0,0 +1,81 @@
+expr,time
+arrow_loop_fun(),1362763901
+rams_loop_fun(),3131982701
+rams_loop_fun(),3593683202
+duckdb_loop_fun(),122660301
+duckdb_uni_fun(),2910828802
+arrow_uni_fun(),924286901
+arrow_loop_fun(),1279645701
+sql_loop_fun(),2565293502
+arrow_loop_fun(),1309186101
+duckdb_loop_fun(),81215301
+sql_uni_fun(),135313500
+arrow_uni_fun(),1023519401
+sql_uni_fun(),123028302
+rams_uni_fun(),21488288401
+sql_loop_fun(),2220427201
+sql_uni_fun(),128096702
+arrow_uni_fun(),1129393301
+rams_loop_fun(),5105159901
+rams_uni_fun(),19917746601
+duckdb_loop_fun(),59012801
+rams_loop_fun(),3420704402
+sql_loop_fun(),255425802
+duckdb_loop_fun(),57085401
+duckdb_uni_fun(),2025597201
+arrow_uni_fun(),855701401
+arrow_uni_fun(),855364402
+sql_loop_fun(),264790701
+duckdb_uni_fun(),1986304501
+duckdb_loop_fun(),55150001
+sql_uni_fun(),120100902
+rams_loop_fun(),3204779302
+sql_uni_fun(),114697002
+arrow_uni_fun(),863477901
+arrow_loop_fun(),1198749701
+rams_uni_fun(),21888668500
+sql_uni_fun(),124196401
+duckdb_uni_fun(),2046386200
+rams_loop_fun(),3314347801
+duckdb_loop_fun(),57127101
+rams_uni_fun(),20306419102
+rams_uni_fun(),20947016101
+arrow_loop_fun(),1171010000
+duckdb_uni_fun(),1986173702
+duckdb_uni_fun(),2007488201
+sql_loop_fun(),245164501
+rams_uni_fun(),21731331000
+arrow_uni_fun(),902786600
+duckdb_uni_fun(),1998870101
+arrow_loop_fun(),1264879701
+rams_loop_fun(),3542515201
+arrow_loop_fun(),1217320101
+arrow_loop_fun(),1351637201
+arrow_uni_fun(),1906171302
+rams_uni_fun(),22196573100
+duckdb_loop_fun(),55103501
+duckdb_uni_fun(),2016474301
+duckdb_loop_fun(),53287901
+duckdb_uni_fun(),2015809401
+sql_loop_fun(),258736001
+rams_loop_fun(),3278083802
+sql_uni_fun(),120995101
+rams_uni_fun(),21160604401
+rams_uni_fun(),20606902101
+sql_uni_fun(),116387900
+duckdb_uni_fun(),1994378402
+sql_loop_fun(),257319401
+sql_loop_fun(),255262701
+rams_loop_fun(),3612088501
+sql_uni_fun(),116344401
+duckdb_loop_fun(),72254401
+arrow_uni_fun(),875416401
+duckdb_loop_fun(),62492101
+sql_uni_fun(),116062000
+rams_loop_fun(),3223112901
+arrow_loop_fun(),1164892201
+rams_uni_fun(),21432024401
+sql_loop_fun(),251706501
+sql_loop_fun(),246362702
+arrow_loop_fun(),1124218001
+arrow_uni_fun(),847951501

vignettes/figures/ssc_vignette_renders/par_timings.csv

@@ -0,0 +1,21 @@
+expr,time
+par_rams(),44832457600
+unpar_tmzml(),239064556201
+unpar_tmzml(),243087502401
+par_tmzml(),88166344201
+unpar_tmzml(),234282425201
+par_tmzml(),86804616102
+par_tmzml(),89383668100
+par_rams(),42890544600
+par_tmzml(),90044178801
+par_rams(),41272722901
+unpar_rams(),50644532101
+par_tmzml(),87296738401
+unpar_rams(),49811416702
+unpar_rams(),50719871400
+unpar_rams(),49035776901
+unpar_tmzml(),233820402501
+unpar_rams(),52329807401
+par_rams(),41942262401
+par_rams(),43823492201
+unpar_tmzml(),232179696201

vignettes/figures/ssc_vignette_renders/query_timings.csv

@@ -0,0 +1,91 @@
+expr,time
+ondisk_query_fun(),35747657700
+sql_query_fun(),12193377002
+sqlidx_query_fun(),646320101
+spectra_query_fun(),18448176901
+ondisk_query_fun(),34129494701
+arrow_query_fun(),1054060701
+sql_query_fun(),8039015701
+sql_query_fun(),7715878802
+sql_query_fun(),7755119901
+duckdb_query_fun(),237854002
+spectra_query_fun(),19824666001
+sql_query_fun(),7747281001
+tmzml_query_fun(),2045087801
+sqlidx_query_fun(),117763801
+arrow_query_fun(),396130300
+arrow_query_fun(),526747101
+rams_query_fun(),431882001
+duckdb_query_fun(),255745901
+tmzml_query_fun(),3139247600
+tmzml_query_fun(),3259807500
+msnexp_query_fun(),115114108201
+arrow_query_fun(),744940501
+rams_query_fun(),388817301
+duckdb_query_fun(),169301101
+tmzml_query_fun(),1693502901
+rams_query_fun(),377480901
+msnexp_query_fun(),90972495301
+sqlidx_query_fun(),127297001
+tmzml_query_fun(),1885449702
+msnexp_query_fun(),86669121301
+sqlidx_query_fun(),82819901
+sqlidx_query_fun(),122028901
+arrow_query_fun(),267363501
+sqlidx_query_fun(),103172201
+spectra_query_fun(),20350910501
+spectra_query_fun(),18546769400
+ondisk_query_fun(),34581194701
+sqlidx_query_fun(),95587900
+ondisk_query_fun(),34276547302
+arrow_query_fun(),729782401
+msnexp_query_fun(),93225458701
+msnexp_query_fun(),89043573201
+ondisk_query_fun(),33313215402
+rams_query_fun(),817469800
+ondisk_query_fun(),36733247202
+rams_query_fun(),843366400
+tmzml_query_fun(),2312925902
+rams_query_fun(),382824101
+duckdb_query_fun(),137403501
+msnexp_query_fun(),92986805502
+arrow_query_fun(),802741601
+duckdb_query_fun(),203100801
+spectra_query_fun(),18304866101
+sql_query_fun(),8799767501
+spectra_query_fun(),19743953001
+rams_query_fun(),401466802
+arrow_query_fun(),286160402
+ondisk_query_fun(),34132190801
+tmzml_query_fun(),2418118500
+spectra_query_fun(),20140323201
+duckdb_query_fun(),190990801
+sql_query_fun(),11840870801
+arrow_query_fun(),334723501
+tmzml_query_fun(),1855873201
+ondisk_query_fun(),40188870401
+msnexp_query_fun(),93106757701
+sql_query_fun(),9834793902
+sqlidx_query_fun(),638074701
+rams_query_fun(),487186300
+msnexp_query_fun(),90433531701
+duckdb_query_fun(),641152102
+spectra_query_fun(),17346836101
+msnexp_query_fun(),89582408501
+msnexp_query_fun(),89116713501
+spectra_query_fun(),16920961401
+ondisk_query_fun(),34637264801
+sql_query_fun(),8053883301
+duckdb_query_fun(),201382101
+duckdb_query_fun(),196460101
+sqlidx_query_fun(),101077501
+duckdb_query_fun(),182779001
+sqlidx_query_fun(),89893301
+tmzml_query_fun(),1817039702
+arrow_query_fun(),299269001
+spectra_query_fun(),23826646701
+rams_query_fun(),419381501
+ondisk_query_fun(),40010575701
+tmzml_query_fun(),2321083602
+rams_query_fun(),372472301
+sql_query_fun(),8788812701

vignettes/figures/ssc_vignette_renders/size_list.csv

@@ -0,0 +1,11 @@
+expr,bytes
+mzXML,1054612651
+msnexp_obj,1228446720
+ondisk_obj,2953120
+spectra,1992064
+rams,2415960544
+tmzml,607329488
+arrow,662148637
+MSdb,4910075904
+MSdb_idx,6267437056
+msduck,1988374528