renv + Docker "外付けパッケージキャッシュパターン" の例

renv と Docker との相互運用パターンの一例。

• ローカルマシンの Docker Desktop 上で、コンテナを使って RStudio Server を起動する。
• Docker ホスト上（つまり PC 上の普通のフォルダ）に renv パッケージキャッシュを作成し、それを Docker コンテナにマウントして利用する。

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前提条件

• Docker Desktop for Windows/Mac
  • Docker 18.06 以上

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初期設定

1. .env.example ファイルを .env にコピーする
2. .env を編集して RENV_PATHS_CACHE_HOST の値を正しいパッケージキャッシュのディレクトリパスに修正する（macOS の場合、/Users/ユーザー名/Library/Application Support/renv/cache が標準的なパス）
3. もしまだなければ、RENV_PATHS_CACHE_HOST の場所にディレクトリを作成する

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使い方

1. 次のコマンドで RStudio Server を開始する:

   docker-compose up -d

2. ブラウザで http://localhost:8787 を開き RStudio Server に接続する。
3. RStudio Server 上でプロジェクト /home/rstudio/project/project.Rproj を開く。
4. RStudio Server 上でソースの編集やコードの実行を行う。
5. 終了するときは次のコマンドで RStudio Server を停止する:

   docker-compose down

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構成

Docker イメージ

• イメージ名: renv-docker-example:latest
• ディレクトリ _rstudio/ でビルドする。
• ベースイメージ rocker/rstudio:4.0.2 に日本語フォントのインストールなどの修正を少し加える。
• パッケージはコンテナ起動後に外からマウントするので、イメージのビルド時にはインストールしない。

コンテナ起動時のボリューム設定

• R プロジェクト
  • この Git リポジトリ全体が１つの R プロジェクトになっている。
  • このディレクトリが Docker コンテナ側の /home/rstudio/project にマウントされる。
• renv パッケージキャッシュ
  • Docker ホスト側（つまりローカルマシン上）の適当なディレクトリを renv パッケージキャッシュとする（macOS の場合、/Users/ユーザー名/Library/Application Support/renv/cache が標準的なパス）。
  • .env ファイルで環境変数 RENV_PATHS_CACHE_HOST に Docker ホスト側の renv パッケージキャッシュのパスを指定する。
  • Docker ホスト側のパッケージキャッシュがコンテナ側のパッケージキャッシュ /home/rstudio/.local/share/renv/cache にマウントされる。

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パッケージキャッシュの構造

Docker ホスト側/コンテナ側のパッケージキャッシュとプライベートライブラリは次のような関係となる:

• renv でインストールされたパッケージの実体は Docker ホスト側のパッケージキャッシュに保存される。
• Docker ホスト側のパッケージキャッシュは、ボリュームのマウントによって Docker コンテナ内のパッケージキャッシュに共有される。
• Docker コンテナ内で、プライベートライブラリ renv/library からパッケージキャッシュへのシンボリックリンクが作成される。

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参考

• Using renv with Docker • renv
• renv と Docker の相互運用パターン - terashim.com
• terashim/rstudio-docker-project-template