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Feature/update md #24

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Apr 16, 2023
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2 changes: 1 addition & 1 deletion markdowns/dry.md
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@@ -35,7 +35,7 @@ Softwareとは、Dry Labの中でソフトウェア開発を行う分野のこ
キーワード: [**#アプリ開発**](https://forms.gle/d9vutEpNdFtSLneZA) [**#ゲーム開発**](https://forms.gle/d9vutEpNdFtSLneZA) [**#Unity**](https://forms.gle/d9vutEpNdFtSLneZA) [**#Python**](https://forms.gle/d9vutEpNdFtSLneZA) [**#GUI**](https://forms.gle/d9vutEpNdFtSLneZA) [**#情報学科**](https://forms.gle/d9vutEpNdFtSLneZA)

#### 1. Toggle Switch Simulator
iGEM Waseda 2022で開発した微分方程式のパラメータを直感的に操作できる教育ツールです
iGEM Waseda 2020で開発した微分方程式のパラメータを直感的に操作できる教育ツールです
リンク: [https://tomoino.github.io/education-tool/](https://tomoino.github.io/education-tool/)
![](/images/dry-software-2.png)

37 changes: 36 additions & 1 deletion markdowns/human-practice.md
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@@ -1 +1,36 @@
## Human Practice
## Human Practice
HumanPracticeという活動分野では、合成生物学やiGEMの普及や自分たちのチームのプロジェクトに対して理解やフィードバックを得ることを目的とした活動を行います。
具体的には、小中高生に講義を行うEducationやプロジェクトの改良を目指して専門家の方にインタビューを行う、などといった活動が挙げられます。また、国内外のiGEMチームとのコラボレーションなどもHumanPracticeの一環です。日本にはiGEM Japan Communityという、日本のiGEMチームのコミュニティがあり、定期的にMeetupを開催しています。
私たち、iGEM Waseda_Tokyo チームが実際に行ったHuman Practiceの活動をいくつか紹介します。

### 高校講義
2022年度には、早稲田大学の付属高校で出張講義を行いました。テーマは合成生物学を用いてSDGsの解決するためにはどうしたらいいか考えるというものでした。はじめて、合成生物学について知る高校生にどのようにしたらより興味を持って理解してもらえるのかを、準備段階から模索した甲斐あって、実学的な授業で分かりやすかったなどといった声をいただくことができました。

|![高校講義の集合写真](/images/human-practice-1.jpg)|
|:--:|
|<b>高校講義の集合写真</b>|

|![高校講義の様子](/images/human-practice-2.jpg)|
|:--:|
|<b>高校講義の様子</b>|

### 小学校講義
合成生物学をより幅広い世代に普及するため、小学生に向け合成生物学やバイオテクノロジーに関する講義も行いました。『生き物改造サイエンス』というテーマで、小学生でも分かりやすくするため、具体例を用いて説明するなどの工夫を凝らした授業を行うことができました。

|![小学校講義の様子](/images/human-practice-3.jpg)|
|:--:|
|<b>小学校講義の様子</b>|

### 専門家へのインタビュー
自分たちの考案したプロジェクトが、実際に社会で有用なものとなりうるのか、より良いものとするためにはどうしたらいいのかを確かめるため、プロジェクトに関連のある分野の専門家にインタビューを行います。2022年度では、不妊治療に関するプロジェクトを行っていたため、産婦人科医の方や不妊治療の当事者の方にお話を伺いました。インタビューを通してプロジェクトに関する新たな知識の獲得や新たな課題の発見などを行うことができ、プロジェクトの改良につなげることができました。

### Japan Meetup
iGEM Japan Communityでは定期的にMeetupを開催するなどして、日本国内のiGEMチームの密な連携を図っています。Meetupでは、互いに自分のチームのプロジェクト発表に関して発表を行い、それに関して意見交換を行うなど、積極的な交流を通して互いに切磋琢磨することができます。

|![Japan Meetupのポスター](/images/human-practice-4.jpg)|
|:--:|
|<b>Japan Meetupのポスター</b>|

|![Japan Meetupのポスター](/images/human-practice-5.jpg)|
|:--:|
|<b>Japan Meetupの様子</b>|
42 changes: 41 additions & 1 deletion markdowns/igem.md
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@@ -1,4 +1,39 @@
# iGEMについて
## IGEM Foundationとは
IGEM Foundation とは、「合成生物学」の発展を目指す独立した NPO 団体です。「合成生
物学」と聞くと、複数の生物を組み合わせたようなキメラを想像する方もいらっしゃるかも
しれませんが、実際は少し異なります。「合成生物学」とは、簡単に言うと、遺伝子組み換
えによって、微生物をはじめとする生物の能力を自由に編集することで、様々なことに役立
てることを目指す学問です。詳しくは、「合成生物学とは(山本さんへ、ここに合成生物学と
はのページをハイパーリンクで入れられたらいいなと思います)」のページをご参照くださ
い。iGEM Foundation の活動内容の一環として、iGEM competition という合成生物学の世
界大会が年に一回開催されており、私たちは早稲田大学チームとして参加しています。
iGEM competition では、世界中の学生がチームを組んで研究成果を発表し、研究成果の素
晴らしさだけではなく、プレゼン力、合成生物学を普及するための活動などが総合的に評価
されます。元々2003 年に MIT の自己研鑽プログラムとして始まったものですが、現在は
46 か国から累計で 3600 以上のチームが参加しており、世界的な規模の大会となっており
ます。

|![過去のiGEM competitionの様子](/images/igem-competition.jpg)|
|:--:|
|<b>過去のiGEM competitionの様子</b>|

実際のプロジェクト例としては、大会が始まった当初はバナナの匂いがする大腸菌(余談で
すが、大腸菌の匂いというのは、古くなったおでんが冷えた匂いに似ていると思います。先
輩はカップラーメンの匂いと言っていたので、人によって全く違うかもしれませんが)など
のユニークなプロジェクトが多く存在していました。しかし、近年の大会では、エネルギー
を生産して貯蔵する微生物など、社会課題を解決することを目指すものが主流になってき
ています。このように、合成生物学を用いて社会課題を解決するという風潮は世界中に広ま
り始めていて、iGEM 卒業生によるバイオベンチャーのスタートアップなども立ち上がっ
てきています。日進月歩で進化する合成生物学の世界の中で、私たちは日々研究活動に励ん
でおります。
ここからは、少しだけ私たちがどのようにして遺伝子を組み替えているかについて技術的
にご説明したいと思います。遺伝子を組み替えるということは、つまり、DNA の内容を変
えるということに等しいです。そして、DNA は、決まった機能を指定する配列ごとに分け
て考えることができます。例えば、「瞳の色が黒色であることを指定する DNA」や、「お酒
に強いことを指定する DNA」などです。そして、これらの DNA は一つ一つ、”Biobrick”パ
ーツという名前で登録されています。ですので、私たちが DNA を組み替える際には、これ
らのパーツを自由に組み合わせて、理想の機能を持つ生物を作ることができるのです

## iGEMの評価基準
iGEMは各チームが作成するwikiと呼ばれる<a target="_blank" href="https://2022.igem.wiki/waseda-tokyo/">ホームページ</a>と<a target="_blank" href="https://video.igem.org/w/pnmkZaeBygBvJ3Hp7z6JJV">Jamboree</a>と呼ばれる大会当日のプログラム中の質疑応答で評価されます。 また、iGEMの賞には以下があります。それぞれ異なった視点から評価されますが、偏らず、すべての完成度が高いチームが賞を獲得することが多い印象です。
@@ -31,4 +66,9 @@ Gold Medal, Silver Medal, Bronze Medal
2月に活動を開始し、まず実験拠点の確保や資金調達を行います。他のページにもある通りiGEMに参加するには非常に多くの費用がかかります。(支援リンク)その後、およそ3カ月をかけてプロジェクトの案を出し合ったり実験をデザインしたりして、今後の活動を決めていきます。この段階でどれだけ詰められるかが成功の鍵を握るとも言えます。この段階で予備実験を行えると良いと思われます。諸々が決定したら6月からついに実験やモデリングを開始します。生物を扱うという性質上安定して結果を出すのは難しく、知識や根気、技術等様々な力が必要になります。6、7、8月でそれらを集中的に行います。8月からは結果をまとめる段階に入ります。上の評価基準でも話した通り、行った結果をホームページにまとめないと評価してもらえません。また、良い結果が出てたとしてもそれが伝わらなければ評価されません。行ったことをきちんと分かりやすく伝わるようにまとめるのは思った以上に労力がかかります。9月になるといよいよJamboreeが近づいてきます。プレゼンテーションの準備をしたり質疑応答対策をしたりと活動も大詰めに入っていきます。そして10月末に本番であるJamboreeがフランスのパリで行われます。ここに記していない活動に社会活動や教育活動があります。これらはプロジェクトを進めていく中で必要な時に適当に行います。これらも重要な評価基準になるので、忙しい中でも質の高いものを行う必要があり、大変です。

## iGEM 早稲田大学チームの日々の活動
私たちiGEM 早稲田大学チームの日々の活動を紹介します。私たちは週一回の定例ミーティングで進捗報告や全体連絡を行っています。細かなプロジェクト作成は班に分かれて行います。詳しくはこれらのページをご覧ください。(Wet, Dry, HP, Wiki・イラストのリンク)その他に、プロジェクト立案のため、過去のiGEMチームのwikiを回し読みする輪読会や他大学のiGEMチームと共同のイベントなども行っています。また、どの班に所属していても多くの人が意欲的に常に論文を読んだり調べものをしたりしています。学ぶことが好きな人には最高の環境であると言えます。難しそうなことをやっているように見えるかもしれませんがそんなことはありません。全員が何も知らない状態から頑張って調べながらやっています。大学生活で何か成し遂げたい方や合成生物学に興味ある方、またはビデオやイラスト作成、アントレプレナーシップに興味のある方はお気軽にご連絡ください。
私たちiGEM 早稲田大学チームの日々の活動を紹介します。私たちは週一回の定例ミーティングで進捗報告や全体連絡を行っています。細かなプロジェクト作成は班に分かれて行います。詳しくはこれらのページをご覧ください。(Wet, Dry, HP, Wiki・イラストのリンク)その他に、プロジェクト立案のため、過去のiGEMチームのwikiを回し読みする輪読会や他大学のiGEMチームと共同のイベントなども行っています。また、どの班に所属していても多くの人が意欲的に常に論文を読んだり調べものをしたりしています。学ぶことが好きな人には最高の環境であると言えます。難しそうなことをやっているように見えるかもしれませんがそんなことはありません。全員が何も知らない状態から頑張って調べながらやっています。大学生活で何か成し遂げたい方や合成生物学に興味ある方、またはビデオやイラスト作成、アントレプレナーシップに興味のある方はお気軽にご連絡ください。

参考 :
- mit media lab, [https://www.meti.go.jp/shingikai/sankoshin/shomu_ryutsu/bio/pdf/006_06_00.pdf](https://www.meti.go.jp/shingikai/sankoshin/shomu_ryutsu/bio/pdf/006_06_00.pdf)
- 羊土社, [https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/opinion/vol30n3.html](https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/opinion/vol30n3.html)
- IGEM, [https://competition.igem.org/](https://competition.igem.org/)
26 changes: 23 additions & 3 deletions markdowns/projects.md
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@@ -1,5 +1,25 @@
# プロジェクト紹介
## 2020 プロジェクト
![](/images/project-1.png)
2020 年の iGEM 早稲田チームは、細胞間コミュニケーションを利用したプロジェクトに取り組みました。私たちは細胞状態をゾンビと侍に見立て、通信分子濃度による両者の戦いのストーリーを描きました。両者は他方の遺伝子発現を抑制する関係にあり、遺伝子回路の状態に応じて、ゾンビ細胞と侍細胞の数は変化します。
![](/images/project-2.png)
このモデルの実証のために遺伝子回路に関する微分方程式を解き、トグルスイッチを作成しました。詳しくは Dry ページをご参照ください。[チーム - iGEM Waseda](team#dry)
![](/images/project-3.png)
このゾンビ対侍のシナリオを実装するために私たちは無細胞システムを利用しました。
私たちは、香料や燃料、殺虫剤などに利用されるモノテルペン(リモネンとサビネン)を無細胞系で合成することに成功しました。無細胞合成系を利用することでモノテルペンの毒性により細胞内で合成できなくなるという障壁を回避しました。また、無細胞システムを利用することで、たくさんの種類の遺伝子を 1 つの細胞に導入する手間を省くことができ、複数種類の細胞抽出液を組み合わせることで、より簡単に複雑な合成経路を作製できました。
![](/images/project-4.png)
香りの経時変化のシミュレーションのために incoherent feed forward loop(インコヒーレント フィードフォワード ループ)(IFFL)を拡張したマルチターゲット IFFL を開発しました。IFFL とは遺伝子 Z の濃度が時間経過に伴ってパルス状に変化する基本的な遺伝子回路です。私たちが開発した Multi IFFL では遺伝子 X と遺伝子 Y によって遺伝子 Z の発現の制御を目標にしました。モデリングのパラメータを変化させることで 2 つのパルスの形状およびピーク間の時間差の調製に成功しました。
![](/images/project-5.png)
また、ゾンビ対サムライのストーリーラインでは、一方が相手から必要な食料を奪うというシナリオを想定しました。つまり、一方が D-アミノ酸を摂取し、もう一方が L-アミノ酸由来の食物を摂取し、双方が相手のアミノ酸を変換して自分だけが食べられるようにします。特に、抗菌薬開発の魅力的なターゲットとして知られているアラニン ラセマーゼ (AR) に注目しまし。D-アラニンとラセマーゼに依存する無細胞タンパク質合成を使用して、変換を確認しました。
![](/images/project-6.png)
このプロジェクトでは、2020 大会での Gold Medal の獲得および Best Information Processing Track Award を受賞しました。また,Best Education Award のノミネートも果たしました。詳しくは Human Practice のページ[チーム - iGEM](team)および 2020 の[wiki](https://2020.igem.org/Team:Waseda/) をご覧ください。

2020年のプロジェクト[「Zombie vs Samurai」](https://2020.igem.org/Team:Waseda)では、初のゴールドメダルだけでなく、情報処理部門(Information Processing)で最優秀賞を獲得し、教育部門で3位以内にノミネートされました。

2022年のプロジェクト[「Cell Freedom ~ Expanding the Possibility of cell-free system ~」](https://2022.igem.wiki/waseda-tokyo/)では、ゴールドメダルを獲得し、また基礎技術開発部門(Foundational Advancement)の最優秀賞候補にノミネートされました。
## 2022 プロジェクト
私たち iGEM 早稲田東京チームは、セルフリー技術を利用したバイオセンサーの開発に取り組みました。私たちのプロジェクトは、2 つのホルモンの検出に特化した家庭用電気化学バイオセンサーと自動精子放出カプセルの開発を目指しており、これによって検出対象の範囲や出力タイプの向上を目指しています。このプロジェクトは、細胞の制約から解放されたセルフリーの検出プラットフォームの利点を活かすことができます。
![](/images/project-7.png)
![](/images/project-8.png)
私たちの考えた遺伝子回路では、2 つの女性ホルモン(エストロゲン、プロゲステロン)のバランスに応答して下流遺伝子の発現を調節する能力を持ちます。これにより、生理周期に応じたホルモンバランスの変化を高感度かつ迅速に検出することが可能となり、家庭や診療所での利用が容易になると考えました。
また、ホルモン以外の物質検出を目指して、新しい遺伝子部品の開発も進めました。その一例として私たちは、電気化学センサーを利用した環境中の有害物質を検出にも取り組みました。農薬に含まれるアトラジンや環境中の重金属に焦点を当て、環境に配慮したバイオセンサーの開発を目指しました。
![](/images/project-9.png)
![](/images/project-10.png)
このプロジェクトでは、2022 大会での Gold Medal の獲得および Best Foundational Advanced Project Track にノミネートされました。
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