CancerTrialsBR

🏠 Bem-vindo a página do repositório do projeto CancerTrialsBR - Plataforma Colaborativa de Estudos Clinicos em Oncologia.

Neste página você irá encontrar informações sobre o projeto, o banco de dados (aberto), dicionário de dados, como ajudar, contatos, entre outras informações. Para acessar a aplicação web: https://www.cancertrialsbr.com.br

📑 Índice

1. 📋 Sobre o Projeto
2. 🚀 Como Funciona
3. 🙌 Como Ajudar
4. 📄 Relatórios Disponíveis
5. 📦 Estrutura do Repositório
6. 🛠️ Tecnologias Utilizadas
7. 📝 Citação

Sobre o Projeto

Este projeto têm como objetivo facilitar a busca de estudos clínicos disponíveis em oncologia no Brasil. A ideia é que esta plataforma seja:

• Colaborativa: Pesquisadores ou médicos dos centros participantes podem sugerir alterações de status de recrutamento dos estudos que são automaticamente atualizados no banco de dados.

• Transparente: Todos as sugestões realizadas serão disponibilizadas nesse repositório e atualizadas na base diariamente, assim como o próprio banco de dados final para fins de pesquisa e consulta.

• Independente: O projeto não apresenta vínculo formal com nenhuma instituição e não prioriza centros ou estudos na disponibilização dos dados.

Como Funciona

1. Os dados são baixados diariamente do clinicaltrials.gov (via API) com os filtros de estudos com recrutamento ativo e localidade no Brasil.
2. Os dados são pré-processados com ferramentas de grandes modelos de linguagem (Large Language Models) para criar os textos em português com prompts otimizados.
3. Os centros são localizados no google e retornados com a sua localização mais precisa. É realizado uma verificação da localização encontrada e localidade descrita com uso novamente de modelos de LLM.
4. Os dados com incompatibilidade ou dúvidas, são revisados manualmente.
5. Novos centros ou alterações de status de recrutamento são atualizados diariamente conforme sugestão dos usuários.
6. Um banco de dados formatado é então disponibilizado neste repositório para uso de pesquisadores e médicos no Brasil.
7. São criados PDFs com os estudos e localidades diariamente para facilitar o compartilhamento e acesso.

Como Ajudar

A qualidade desse banco de dados depende da sua ajuda! 🙌 Muitos status de recrutamento e informações de identificação de localidades são desatualizados na plataforma clinicaltrials.gov e a manutenção dessa informação atualizada é chave na qualidade dos dados.

As duas principais formas de ajudar são:

1. Identificando Centros: Muitos centros são difíceis de identificar pelas informações disponíveis. Nesses centros, disponibilizamos um ícone para sugestão de identificação. Caso você reconheça um centro participante pela descrição disponível, clique em identificar centro no próprio site.

2. Atualizando Status de Recrutamento: Se você encontrar um centro de pesquisa com recrutamento desatualizado, clique em reportar erro ao lado do centro e sugira um novo status de recrutamento para esse centro.

Para acessar uma lista de centros não identificados, clique aqui.

Relatórios Disponíveis

• Você poderá consultar relatórios disponíveis na aba estatísticas (em produção ainda).

Estrutura do Repositório

O repositório é organizado da seguinte maneira:

• Na pasta user_input estão os logs de sugestões dos usuários para atualização dos dados. As sugestões são divididas em três grupos: inclusão de centros (locations_inclusion), identificação de centros (locations_identification) e atualização de status de recrutamento (locations_status).

• Na pasta data encontra-se o banco de dados propriamente dito em formato excel.

Para acessar o repositório, clique aqui

Tecnologias Utilizadas

• O site, todo o código de atualização dos dados e o código de geração dos PDFs foi escrito na linguagem R com uso do Rmarkdown e RShiny.
• No momento, o código não se encontra disponível publicamente, apenas os dados gerados por ele.

Citação

Os dados desse projeto são baseados nos dados do clinicaltrials.gov e foram processados e disponibilizados por esse repositório após modificação e revisão, seguindo os termos de uso dos dados do clinicaltrials.gov, que podem ser encontrados aqui.

Antes de utilizar os dados, leia os termos de uso do clinicaltrials.gov e certifique-se de que está de acordo com eles.

Para citar o repositório, utilize a seguinte citação:

@misc{cancertrialsBR,
  author       = {CancerTrialsBR},
  title        = {Plataforma Colaborativa de Estudos Clínicos em Oncologia Baseado no ClinicalTrials.gov},
  howpublished = {\url{https://github.com/felippelazar/CancerTrialsBR}},
  year         = {2024}
}

NOTA: Essa citação pode ser facilmente importada para programas de gerenciamento de referências (como Zotero, Mendeley ou EndNote) permite que você importe arquivos BibTeX. Copie o código abaixo, salve em uma arquivo de texto com o final .bib e importe diretamente nos programa que utiliza.