fix erreur / dépendance magrittr

DESCRIPTION

@@ -1,7 +1,7 @@
 Package: aspe
 Type: Package
 Title: An R Package to Analyse and Visualise River Fish Data in France
-Version: 0.3.9
+Version: 0.4.0
 Date: 2023-08-09
 Authors@R: c(
     person(given = "Pascal",
@@ -19,6 +19,10 @@ Authors@R: c(
            email = "[email protected]",
            role = "ctb",
            comment = c(ORCID = "0000-0003-4522-027X")),
+    person(given = "Emmanuelle",
+           family = "Dortel", 
+           email = "[email protected]",
+           role = "ctb"),       
     person(given = "Lilian",
            family = "Bonnafoux",
            email = "[email protected]",
@@ -47,6 +51,7 @@ Imports:
     ggtext,
     lifecycle,
     lubridate,
+    magrittr,
     patchwork,
     purrr,
     readr,

NAMESPACE

@@ -1,5 +1,6 @@
 # Generated by roxygen2: do not edit by hand
 
+export(def_attribut_id)
 export(expl_commentaires_champs)
 export(expl_lister_champs)
 export(expl_trouver_table)
@@ -66,7 +67,9 @@ export(mef_ajouter_validation)
 export(mef_colo_ext_pops)
 export(mef_compter_pres_abs_env)
 export(mef_creer_passerelle)
+export(mef_filtrer_id)
 export(mef_filtrer_nb_mini_annees)
+export(mef_filtrer_ope_id)
 export(mef_ipr_radar)
 export(mef_pivoter_var_env)
 export(mef_recoder_esp_code_alt)
@@ -76,6 +79,8 @@ export(misc_charger_donnees_test)
 export(misc_derniere_date)
 export(misc_nom_dernier_fichier)
 import(dplyr)
+import(magrittr)
+import(utils)
 importFrom(dplyr,arrange)
 importFrom(dplyr,case_when)
 importFrom(dplyr,distinct)
@@ -161,6 +166,9 @@ importFrom(readr,locale)
 importFrom(readr,read_csv2)
 importFrom(readxl,read_xlsx)
 importFrom(rlang,":=")
+importFrom(rlang,enquo)
+importFrom(rlang,quo_is_null)
+importFrom(rlang,quo_name)
 importFrom(scales,number_format)
 importFrom(scales,pretty_breaks)
 importFrom(sf,st_as_sf)

R/def_attribut_id.R

@@ -78,4 +78,4 @@ def_attribut_id <- function(df,var_id,var_tmp,var_pro=NULL) {
     tb <- do.call("rbind",lapply(1:nrow(id), function(i) def_obs_combin_pro(i)))
   }
   return(tb)
-}
+}

R/gg_colo_ext_pops.R

@@ -13,7 +13,7 @@
 #' @importFrom scales pretty_breaks
 #' @importFrom dplyr pull filter rowwise ungroup
 #' @importFrom stats na.omit
-#' @importFrom purrr map
+#' @importFrom purrr map set_names
 #' @importFrom ggiraph geom_point_interactive girafe opts_sizing
 #' @importFrom shiny HTML
 #'

R/gg_temp_peuplement.R

@@ -37,7 +37,7 @@
 #'  element_blank element_text element_rect
 #'@importFrom ggtext element_markdown
 #'@importFrom patchwork plot_layout
-#'@importFrom purrr map
+#'@importFrom purrr map set_names
 #'@importFrom shiny HTML
 #'@importFrom stringr str_wrap
 #'

R/mef_filtrer_nb_mini_annees.R

@@ -14,6 +14,7 @@
 #' @return Dataframe filtré, c'est-à-dire exourgé des objets qui n'ont pas assez d'années
 #'     de données.
 #' @export
+#' @importFrom purrr set_names
 #'
 #' @examples
 #' \dontrun{
@@ -35,15 +36,4 @@ mef_filtrer_nb_mini_annees <- function(df, nb_mini_annees, var_id)
   df %>%
     filter(get(!!var_id) %in% var_ids)
 
-  # var_ids <- df %>%
-  #   group_by(!!var_id) %>%
-  #     summarise(n = n_distinct(annee)) %>%
-  #   ungroup() %>%
-  #   filter(n >= nb_mini_annees) %>%
-  #   pull(!!var_id) %>%
-  #   as.character()
-  #
-  # df %>%
-  #   filter(var_id %in% var_ids)
-
   }

README.md

@@ -50,12 +50,14 @@ Répertoires Github associés / Associated Github repositories
 ------------
 
 Plusieurs dépôts Github sont associés au package :
+
 - [aspe_data](https://github.com/PascalIrz/aspe_data) : construction des jeux de données inclus dans le package {aspe}
 - [aspe_test](https://github.com/PascalIrz/aspe_test) : Fichiers R Markdown pour tester le package {aspe} et produire les tutos
 - [aspe_demo](https://github.com/PascalIrz/aspe_demo) : Fichiers R Markdown pour prétraiter les données pour [un tableau de bord interactif](https://gitlab.ofb.fr/cedric.mondy1/aspedashboard)
 - [aspeQual](https://github.com/PascalIrz/aspeQual) : package R destiné à la mise en qualité de la base Aspe
 
 The package comes with a number of associated repos :
+
 - [aspe_data](https://github.com/PascalIrz/aspe_data): building of the datasets included in the {aspe} package
 - [aspe_test](https://github.com/PascalIrz/aspe_test): R Markdown files to test the {aspe} package and to build the tutorials
 - [aspe_demo](https://github.com/PascalIrz/aspe_demo): R Markdown files to pre-process the fish data for [a dashboard app](https://gitlab.ofb.fr/cedric.mondy1/aspedashboard)
@@ -68,13 +70,15 @@ Tutoriels / Vignettes
 La documentation générale du package est diffusée sur Github pages : https://pascalirz.github.io/aspe/
 
 Une série de tutoriels est en ligne :
+
 - [Traiter des données Indice Poisson Rivière (IPR)](https://rpubs.com/kamoke/713491)
 - [Faire des traitements de base à partir des lots](https://rpubs.com/kamoke/715102)
 - [Traiter des mesures individuelles](https://rpubs.com/kamoke/715858)
 - [Faire des traitements géographiques](https://rpubs.com/kamoke/716322)
 - [Construire des relations taille-poids](https://rpubs.com/kamoke/729779)
 
 Several vignettes (in French) are available online:
+
 - [Processing the fish-based river health index](https://rpubs.com/kamoke/713491)
 - [Base processing on the fish batches data](https://rpubs.com/kamoke/715102)
 - [Processing the individual measurements](https://rpubs.com/kamoke/715858)