Merge pull request #13 from pcvolkmer/features/9_hrd-score

feat: add HRD/GIM score

resources/prefix-data_clinical_sample.tsv

@@ -1,4 +1,4 @@
-#Patient Identifier	Sample Identifier	Lokalisation Tumorprobe Bezug Primarius	Gewinnung der Tumorprobe	Ort der Gewebeentnahme	Alter der Gewebeprobe	Tumorzellgehalt	Sequenzierung DNA Panel	Sequenzierung DNA Plattform	Fusionsanalyse RNA panel	Sequenzierung RNA Plattform	TMB Score	TPS	ICS	CPS	MSI Immun Graphen	MSI aus PCR	MSI aus panel	Her2 Fish	Andere Untersuchung	Andere IHC	Dako Score	Fusionen	Splice Varianten	Mutationen	Copy Number Variations
-#Patient identifier	Sample identifier	Lokalisation Tumorprobe Bezug Primarius	Gewinnung der Tumorprobe	Ort der Gewebeentnahme	Alter der Gewebeprobe	Tumorzellgehalt	Sequenzierung DNA Panel	Sequenzierung DNA Plattform	Fusionsanalyse RNA panel	Sequenzierung RNA Plattform	TMB Score	TPS	ICS	CPS	MSI Immun Graphen	MSI aus PCR	MSI aus panel	Her2 Fish	Andere Untersuchung	Andere IHC	Dako Score	Fusionen	Splice Varianten	Mutationen	Copy Number Variations
-#STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	NUMBER	NUMBER	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING
-#1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1
+#Patient Identifier	Sample Identifier	Lokalisation Tumorprobe Bezug Primarius	Gewinnung der Tumorprobe	Ort der Gewebeentnahme	Alter der Gewebeprobe	Tumorzellgehalt	Sequenzierung DNA Panel	Sequenzierung DNA Plattform	Fusionsanalyse RNA panel	Sequenzierung RNA Plattform	TMB Score	TPS	ICS	CPS	MSI Immun Graphen	MSI aus PCR	MSI aus panel	Her2 Fish	Andere Untersuchung	Andere IHC	Dako Score	Fusionen	Splice Varianten	Mutationen	Copy Number Variations	GIM Score	HRD Score
+#Patient identifier	Sample identifier	Lokalisation Tumorprobe Bezug Primarius	Gewinnung der Tumorprobe	Ort der Gewebeentnahme	Alter der Gewebeprobe	Tumorzellgehalt	Sequenzierung DNA Panel	Sequenzierung DNA Plattform	Fusionsanalyse RNA panel	Sequenzierung RNA Plattform	TMB Score	TPS	ICS	CPS	MSI Immun Graphen	MSI aus PCR	MSI aus panel	Her2 Fish	Andere Untersuchung	Andere IHC	Dako Score	Fusionen	Splice Varianten	Mutationen	Copy Number Variations	GIM Score	HRD Score
+#STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	NUMBER	NUMBER	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING	STRING
+#1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1

samples.go

@@ -222,6 +222,15 @@ func fetchSamplesForDisease(patientID string, diseaseID string, ocaPlusOnly bool
 
 					// TMB_SCORE aus neuem Formular "OS.Molekulargenetik" ab rev 81
 					data = *tmb(fmt.Sprint(id), &data)
+
+					// GIM_/HRD_SCORE
+					data.GimScore = "NA"
+					data.HrdScore = "NA"
+					if panelCode, err := panelCode.Value(); err == nil && panelCode == "OCAPlus" {
+						data.GimScore, _ = hrd(fmt.Sprint(id))
+					} else {
+						data.HrdScore, _ = hrd(fmt.Sprint(id))
+					}
 				}
 
 				data.Her2Fish = "NA"
@@ -311,6 +320,28 @@ func msi(prozedurID string, sampleData *SampleData) *SampleData {
 	return sampleData
 }
 
+// Ermittelt den HRD Score für angegebene Hauptprozedur
+func hrd(prozedurID string) (string, error) {
+	query := `SELECT score FROM prozedur_prozedur pp
+		JOIN dk_molekulargenetik ON pp.prozedur1 = dk_molekulargenetik.id
+		JOIN dk_molekluargenmsi ON pp.prozedur2 = dk_molekluargenmsi.id
+		WHERE pp.prozedur1 = ? AND komplexerbiomarker = 'HRD'`
+
+	var score sql.NullString
+
+	if rows, err := db.Query(query, prozedurID); err == nil {
+		for rows.Next() {
+			if err := rows.Scan(&score); err == nil {
+				if score.Valid {
+					return score.String, nil
+				}
+			}
+		}
+	}
+
+	return "NA", fmt.Errorf("No HRD Score entry found")
+}
+
 func tmb(prozedurID string, sampleData *SampleData) *SampleData {
 	query := `SELECT tumormutationalburden FROM dk_molekluargenmsi
     	JOIN prozedur_prozedur pp ON pp.prozedur2 = dk_molekluargenmsi.id
@@ -372,6 +403,8 @@ type SampleData struct {
 	SpliceVariants        string `csv:"SPLICE_VARIANTS"`
 	Mutations             string `csv:"MUTATIONS"`
 	Cnv                   string `csv:"CNV"`
+	GimScore              string `csv:"GIM_SCORE"`
+	HrdScore              string `csv:"HRD_SCORE"`
 }
 
 func SampleDataHeaders() []string {
@@ -402,6 +435,8 @@ func SampleDataHeaders() []string {
 		"SPLICE_VARIANTS",
 		"MUTATIONS",
 		"CNV",
+		"GIM_SCORE",
+		"HRD_SCORE",
 	}
 }
 
@@ -433,5 +468,7 @@ func (data *SampleData) AsStringArray() []string {
 		data.SpliceVariants,
 		data.Mutations,
 		data.Cnv,
+		data.GimScore,
+		data.HrdScore,
 	}
 }