Este proyecto permite realizar el mapeo de interacciones proteicas a partir de datos provenientes de diversas fuentes como PDB, UniProt o archivos locales. Utilizando la base de datos STRING, el programa genera un mapeo de todas las proteínas que interactúan con la proteína objetivo, permitiendo además la visualización y almacenamiento de estas interacciones en formato JSON.
La herramienta permite:
- Cargar secuencias de proteínas a partir de un ID PDB, archivo PDB local, o ID UniProt.
- Consultar las interacciones de proteínas en la base de datos STRING.
- Visualizar las interacciones obtenidas.
- Guardar las interacciones en un archivo JSON.
Pasos para la Instalación
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Crear un entorno virtual con Python 3.10.12:
python3.10 -m venv myenv
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Activar el entorno virtual:
- Windows:
myenv\Scripts\activate
- macOS/Linux:
source myenv/bin/activate
- Windows:
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Instalar las dependencias necesarias:
pip install biopython matplotlib networkx
El proyecto ha sido desarrollado utilizando Python y hace uso de varias bibliotecas. Los requisitos específicos para su ejecución son los siguientes:
- Python 3.7 o superior
- Librerías necesarias:
argparse: Para el manejo de argumentos de línea de comandos.re: Para validación de expresiones regulares.requests: Para la comunicación con las APIs de UniProt y STRING.json: Para trabajar con archivos JSON.
--pdb : ID de PDB para cargar la secuencia de proteína. --archivo : Ruta a un archivo local en formato .pdb. --uniprot : ID de UniProt para cargar la secuencia de proteína. --visualizar : Visualiza las interacciones proteicas. --salida : Formato de salida (uniprot, ensembl, pdb). --guardar : Ruta para guardar el archivo JSON con las interacciones.
Cargar un ID de PDB y visualizar interacciones: "python main.py --pdb 1A2B --visualizar"
Guardar interacciones en un archivo JSON: "python main.py --uniprot P12345 --guardar interacciones.json"