tools.Rmd

# tools {#tools}

## git 和 github

- push到github的时候每次都需要输入用户名密码

  首先，克隆到本地的时候选择ssh方式
  
  ```sh
  git clone git@github.com:<repo>
  
  ## 如果本地已经选择https方式克隆，可以先删除原来的远程仓库，重新添加
  ## ssh方式
  # 查看本地clone方式
  git remote -v 
  # 删除远程仓库
  git remote rm origin
  # 重新添加
  git remote add origin git@github.com:<repo>
  ```
  
  然后本地生成ssh密匙添加至github账户，获得访问github权限,详细步骤参考
  [这里](https://github.com/waylau/github-help/blob/master/Generating%20SSH%20keys%20%E7%94%9F%E6%88%90%20SSH%20%E5%AF%86%E9%92%A5.md)
  
  ```sh
  # 一路回车，在~/.ssh文件夹下生成了id_rsa文件
  ssh-keygen -t rsa -C "<github账户邮箱"
  # 拷贝~/.ssh/id_rsa.pub到github账户进行设置
  ```
  最后push即可
  
  ```
  git push --set-upstream origin master
  ```

- 修改commit的message

```sh
# 想要修改的commit的父提交hash值
git rebase -i <commit_hash>
  
# 修改要修改message行首的pick为r(reword)，然后修改该条message，保存退出即可
  
# 如果同时修改github仓库的commit，强制push即可
git push -f
```

- 显示某一次提交中某个文件的变化

```sh
git log <commit_hash> <file_name>
```

- 删除远程仓库(如github)的错误提交，在本地处理好之后，如删除错误提交，然后强制push到远程进行修改

```sh
git push --force
```

- 删除远程分支

```sh
git push origin --delete <remote_branch>
```

- 修改本地仓库关联的远程仓库，提交修改至另一个远程仓库

  ```sh
  git remote set-url origin https://github.com/yiluheihei/beginr.git
  ```

- [删除本地 untracted files](https://stackoverflow.com/questions/61212/how-to-remove-local-untracked-files-from-the-current-git-working-tree)
  
  ```sh
  # 查看哪些文件将被删除
  git clean -n 
  
  # 删除文件
  git clean -f
  
  # 删除文件和文件夹
  git clean -f -d
  
  # 删除 ignore 的文件
  git clean -f -X
  
  # 删除 ignore 和非 ignore 文件
  git clean -f -x
  ```

- unstage `git add`的文件
 
  ```sh
  git reset HEAD <file>
  ```
  
- 忽略本地文件修改

  ```sh
  # 若文件状态为unstage
  git checkout <file>
  
  # 若文件已经通过`git add` stage，首先文件状态修改为unstage
  git reset HEAD <file>
  git checkout <file>
  ```
  
- 拉取远程分支时保持本地修改

  ```sh
  # 备份当前工作区内容，从最近一次提交中读取内容
  git stash
  # 拉取远程分支内容
  git pull <remote branch>
  # 从stash中读取备份的内容
  git stash pop
  ```

- 远程仓库已经有新的commit，在本地开发的时候没有pull到本地，就直接进行修改并
  commit，这时候再push到远程仓库就会提示远程仓库中有本地不存在的commit。这时候就
  需要在远程仓库基础上merge本地的最新commit
  
  ```sh
  # 首先抓取远程仓库数据
  git fetch
  
  # 然后在本地分支内，在origin仓库的基础上变基提交，如果没有冲突，则直接基于远程
  # 仓库合并了本地提交。如果有冲突，则解决冲突后合并
  git rebase origin/master
  ```
- 删除已经提交的文件，并添加到ignore

 ```sh
 # 从版本控制中的index中删除该文件
 git rm -r --cached <file>
 
 # 该文件添加至ignore，然后commit
 git commit
 ```

- 恢复已经push到远程仓库的误删的文件

```sh
# 找到误删文件的commit
git log --diff-filter=D -- <filename>

# 恢复文件, ~n表示该commit的第n个祖先
git checkout <commit>~1 -- <filename>
```

- 查看仓库中代码行数
  
  参考[这里](https://stackoverflow.com/questions/26881441/can-you-get-the-number-of-lines-of-code-from-a-github-repository)
  
  ```sh
  git ls-files | xargs wc -l
  # R 代码行数
  git ls-files | grep '.R$' | xargs wc -l
  ```

- windows下命令行git中文显示乱码
  
  设置环境变量`LESSCHARSET=utf-8`

## hugo

- 基于hugo采用blogdown建站的时候出现错误`panic: BUG: Expected valid escape code 
after \, but got '\r'.`

  是由于配置文件`config.toml`中采用多行字符中`"""`的换行符引起的`\`,去掉换行符即
  可,参考[这](https://github.com/gcushen/hugo-academic/issues/852).

## docker

- 安装(centos)

  ```sh
  curl -sSL get.docker.com	-o	get-docker.sh
  # 可选择合适的源
  sh get-docker.sh --mirror Aliyun
  
  ## 启动docker
  sudo systemctl enable docker
  sudo systemctl start docker
  
  ## docker 默认只能root用户才能运行
  ## 可以把需要用docker的用户加入docker用户组
  sudo usermod -aG dokcer $USER
  # 以docker 用户组登入
  newgrp docker
  
  ```
  

- docker 配置国内源
  
  参考[这](http://mirrors.ustc.edu.cn/help/dockerhub.html?highlight=docker),配置
  文件`/etc/docker/daemon.json`中加入中科大源。
  
  ```
  {
    "registry-mirrors": 
      ["https://docker.mirrors.ustc.edu.cn/"]
  }
  ```
  
  然后重启docker服务`sudo systemctl restart docker`。同时也可以添加阿里云源，
  方法是注册阿里云开发账户后，访问https://cr.console.aliyun.com/#/accelerator，
  点击镜像加速器，就看到加速器地址，添加进去即可。
  
- docker 中运行含图形界面的程序
  
  参考[这里](https://stackoverflow.com/questions/24095968/docker-for-gui-based-environments)
  和[这里](http://fabiorehm.com/blog/2014/09/11/running-gui-apps-with-docker/)
  
  ```sh
  # 1. 赋予其他用户访问本机x server的权利
  xhost local:root # xhost +
  
  # 挂载 X11 至docker
  docker run -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix -e DISPLAY=unix$DISPLAY <the image>
  ```
  
  
## conda

- 设置清华源，参考[此](https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/)

  ```sh
  channels:
    - conda-forge
    - bioconda
    - defaults
  show_channel_urls: true
  channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
  default_channels:
    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
  custom_channels:
    conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
    msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
    bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
    menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
    pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
    simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  ```

- 安装 biconda 上的工具的时候，可能出现软件版本冲突错误: `UnsatisfiableError: 
  The following specifications were found to be incompatible with each other: 
  Output in format: Requested package -> Available versions`.
  
  可能是 conda 中 channels 顺序设置错误，按照 [bioconda 文档中建议的顺序](https://bioconda.github.io/user/install.html#set-up-channels)(`conda-forge > bioconda > defaults`)设置. 或参考[这里](https://stackoverflow.com/questions/64081302/conda-install-figtree/64084648#64084648).

Output in format: Requested package -> Available versions

- macOS 10.14 Mojave,conda安装包的时候设计到qt就出现错误，如`conda-forge::qt-5.9.7-h93ee506_1'. PermissionError(1, 'Operation not permitted')`

  解决方法[在此](https://github.com/conda/conda/issues/8440#issuecomment-481167572)
  
  ```
  # for base:
  cd ~/anaconda3/bin
  ls *.app
  rm -rf *.app
  conda update --all --yes
  
  # for some_env:
  cd ~/anaconda3/envs/some_env/bin
  ls *.app
  rm -rf *.app
  conda update -n some_env --all --yes
```

## Zotero

### collecions (分类)

Zotero中可以把文献按层次进行分组(或子组)，比如某一个课题或某一篇文章的参考文献
归为一个分类。相同文献条目可以划分到不同分类不会重复保存该条目的数据(条目只会
保存一次，不同分类下的该条目都指向它)。根目录(My Library)会显示所有条目，在根目
录下多次出现的条目才是重复条目。

常用的与分类有关的操作

- 移动分类，可以在左边面板中利用鼠标拖拽。
- 分类的排序，默认按字母顺序排列
- 条目添加到另一个分类，类似于copy，直接鼠标拖拽该条目到另一个分类即可。
- 条目移动到另一个分类，类似于move，在拖动的时候按住`Mac: Cmd`或`Windows:Shift`
  键。
- 删除分类，右键点击`删除分类`，删除分类及其子分类，但不会删除分类中的条目，条目
  在根目录下仍存在(点击`删除分类及条目`删除分类下条目)。
- 删除分类中的条目
  - remove, 在右边面板中选中相应分类下的条目后按`Delete`删除，或者是点击
  右键选择`从分类中删除条目`, 只会删除该分类下的条目，不会删除其他任何分类中
  相同的条目(如根目录).
  - delete, `Cmd/Ctrol+delete`移动条目到回收站，或点击右键移动条目至回收站。
- 查看条目在哪些分类中，选中条目后，按住`Mac:Option/Windows:Control/Linux:Alt`，
  一定时间后左侧面板中含有该条目的分类会高亮显示。

Zotero自带特殊分类

- 重复条目(Duplicated Items), 重复的条目可以帮助我们合并重复条目。
- 未分类条目(Unfiled Items), 没有在任何分类中(比如位于根目录下)
- 回收站(Trash), 类似于电脑的回收站，可以重新恢复相应条目、永久删除条目等。
  项目默认30天后删除。
  
此外，子分类中的条目默认不会显示在父分类中，可以通过设置`高级(Advanced Pane) -> 
设置编辑器(Config Editor), 把`extensions.zotero.recursiveCollections`设置为
`True`


### 合并重复条目

重复条目分类中列出了相应Library下的重复条目。合并重复条目(不是删除重复条目)，
这样可以保证条目所有的分类和标签都能保留，而删除重复条目可能删除相应的信息，并且
word插件也会自动识别合并。

在重复条目分类中选中相应的重复条目，然后在右侧面板中进行合并即可。也可以在相应的
分类中选择相同的条目点击右键`合并条目`。


## VSCode

### python

- python代码块有空行的时候，通过REPL运行的时候会出现缩进错误， 这是因为空行中没
  有缩进，设置`editor.trimAutoWhitespace": false`.