terminalphos.LJbb-RNA.embedded.json

{
    "ambiguous": {
        "AMP": ["AMP_", "AMP_3", "AMP_5p", "AMP_5"],
        "CMP": ["CMP_", "CMP_3", "CMP_5p", "CMP_5"],
        "GMP": ["GMP_", "GMP_3", "GMP_5p", "GMP_5"],
        "UMP": ["UMP_", "UMP_3", "UMP_5p", "UMP_5"]
    },
    "residue_templates": {
        "AMP_": {
            "smiles": "[H]OP(=O)OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])C([H])(O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["HP3", "OP3", "P", "OP1", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"2": "5-prime", "33": "3-prime"}
        },
        "AMP_3": {
            "smiles": "[H]OP(=O)OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
            "atom_name": ["HP3", "OP3", "P", "OP1", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
            "link_labels": {"2": "5-prime"}
        },
        "AMP_5p": {
            "smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "OP3", "HP3", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"34": "3-prime"}
        },
        "AMP_5": {
            "smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])C([H])(O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["H63", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"30": "3-prime"}
        },
        "CMP_": {
            "smiles": "[H]OP(=O)OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["HP3", "OP3", "P", "OP1", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"2": "5-prime", "31": "3-prime"}
        },
        "CMP_3": {
            "smiles": "[H]OP(=O)OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
            "atom_name": ["HP3", "OP3", "P", "OP1", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
            "link_labels": {"2": "5-prime"}
        },
        "CMP_5p": {
            "smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "OP3", "HP3", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"32": "3-prime"}
        },
        "CMP_5": {
            "smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["H43", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"28": "3-prime"}
        },
        "GMP_": {
            "smiles": "[H]OP(=O)OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)C([H])(O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["HP3", "OP3", "P", "OP1", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"2": "5-prime", "34": "3-prime"}
        },
        "GMP_3": {
            "smiles": "[H]OP(=O)OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
            "atom_name": ["HP3", "OP3", "P", "OP1", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
            "link_labels": {"2": "5-prime"}
        },
        "GMP_5p": {
            "smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "OP3", "HP3", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"35": "3-prime"}
        },
        "GMP_5": {
            "smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)C([H])(O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["H23", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"31": "3-prime"}
        },
        "UMP_": {
            "smiles": "[H]OP(=O)OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["HP3", "OP3", "P", "OP1", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"2": "5-prime", "30": "3-prime"}
        },
        "UMP_3": {
            "smiles": "[H]OP(=O)OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
            "atom_name": ["HP3", "OP3", "P", "OP1", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
            "link_labels": {"2": "5-prime"}
        },
        "UMP_5p": {
            "smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "OP3", "HP3", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"31": "3-prime"}
        },
        "UMP_5": {
            "smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O",
            "atom_name": ["H7", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
            "link_labels": {"27": "3-prime"}
        }
    }
}