notes-meetings.txt

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Pour meeting du 2022-10-27

- Questions sur le metadata de Laura (nom des samples, etc.)
- Questions sur la région qui est séquencée
- Questions sur si je fait la raréfaction combinée ou pas (spider + web).

# Verdict : Pas d'avenue établie...
# Verdict2 : réglé
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# Code pour le median sequencing depth
total = median(sample_sums(GP))
standf = function(x, t=total) round(t * (x / sum(x)))
gps = transform_sample_counts(GP, standf)

# Voir quel type d'objet est GP avec la page web : https://web.stanford.edu/class/bios221/labs/phyloseq/lab_phyloseq.html
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Pour meeting du 2022-11-17

- Arranger barplots au phylum (ou classe?)
- Essayer d'homogénéiser les méthodes (LVM - NMDS)
- Diagramme de Venn global Desert vs Urban
- sortir les taxons qui overlap dans les venn
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