From 7b1f12b8b441aa552c08df3e0bd653b5f57c9401 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Holger Stenzhorn Date: Fri, 10 Dec 2021 14:16:21 +0100 Subject: [PATCH] 0.7.5 --- pom.xml | 8 +++++++- src/main/resources/odm/redcap/datadictionary-pre.csv | 8 ++++---- src/main/resources/odm/redcap/datadictionary.csv | 8 ++++---- 3 files changed, 15 insertions(+), 9 deletions(-) diff --git a/pom.xml b/pom.xml index 62ce968..b8b1823 100644 --- a/pom.xml +++ b/pom.xml @@ -8,7 +8,7 @@ de.difuture.uds odm2fhir - 0.7.4 + 0.7.5 ODM2FHIR Mapper for GECCO based study/patient data in CDISC ODM to HL7 FHIR @@ -27,6 +27,7 @@ 5.6.1 2.13.0 + 2.15.0 1.18.22 ${project.parent.version} 1.3.1 @@ -39,6 +40,11 @@ + + org.apache.logging.log4j + log4j-to-slf4j + ${log4j.version} + com.fasterxml.jackson.core jackson-annotations diff --git a/src/main/resources/odm/redcap/datadictionary-pre.csv b/src/main/resources/odm/redcap/datadictionary-pre.csv index b765022..717af0c 100644 --- a/src/main/resources/odm/redcap/datadictionary-pre.csv +++ b/src/main/resources/odm/redcap/datadictionary-pre.csv @@ -18,7 +18,7 @@ gee_projekt_codex_zusatz,einwilligungserklaerung_mii_broad_consent,,dropdown,Wei covid19_aufnahme_code,studieneinschluss_einschlusskriterien,COVID-19-Aufnahme,text,NoCodeSystem_NoCode,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""NoCodeSystem_NoCode""" covid19_aufnahme,studieneinschluss_einschlusskriterien,COVID-19-Aufnahme,dropdown,Bestätigte COVID-19-Diagnose als Hauptursache für Aufnahme in Studie,"2.16.840.1.113883.6.96_373066001,Ja | 2.16.840.1.113883.6.96_373067005,Nein | 2.16.840.1.113883.6.96_261665006,Unbekannt ",,,,,,,,,,,, interventionelle_studienteilnahme_code,studieneinschluss_einschlusskriterien,Interventionelle Studienteilnahme,text,NoCodeSystem_NoCode,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""NoCodeSystem_NoCode""" -interventionelle_studienteilnahme,studieneinschluss_einschlusskriterien,Interventionelle Studienteilnahme,dropdown,Hat der / die Patient*in an einer oder mehreren interventionellen klinischen Studie teilgenommen?,"2.16.840.1.113883.6.96_373066001,Ja | 2.16.840.1.113883.6.96_373067005,Nein | 2.16.840.1.113883.6.96_261665006,Unbekannt",,,,,,,,,,,, +interventionelle_studienteilnahme,studieneinschluss_einschlusskriterien,Interventionelle Studienteilnahme,dropdown,Hat der / die Patient*in an einer oder mehreren interventionellen klinischen Studien teilgenommen?,"2.16.840.1.113883.6.96_373066001,Ja | 2.16.840.1.113883.6.96_373067005,Nein | 2.16.840.1.113883.6.96_261665006,Unbekannt",,,,,,,,,,,, aufnahmedatum,krankheitsbeginn_aufnahme,Aufnahmedatum,text,Aufnahmedatum,,DD-MM-YYYY,date_dmy,,,,,,,,,, erkrankungsphase_zum_zeitpunkt_der_diagnose_code,krankheitsbeginn_aufnahme,Erkrankungsphase zum Zeitpunkt der COVID-19-Diagnose,text,2.16.840.1.113883.6.1_88859-4,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""2.16.840.1.113883.6.1_88859-4""" erkrankungsphase_zum_zeitpunkt_der_diagnose,krankheitsbeginn_aufnahme,Erkrankungsphase zum Zeitpunkt der COVID-19-Diagnose,dropdown,Erkrankungsphase zum Zeitpunkt der COVID-19-Diagnose,"2.16.840.1.113883.6.96_255604002,Phase ohne Komplikationen | 2.16.840.1.113883.6.96_6736007,Phase mit Komplikationen | 2.16.840.1.113883.6.96_24484000,Kritische Phase | 2.16.840.1.113883.6.96_277022003,Genesungsphase | 2.16.840.1.113883.6.96_399166001,Tod | 2.16.840.1.113883.6.96_261665006,Unbekannt",,,,,,,,,,,, @@ -195,9 +195,9 @@ bildgebung_table,bildgebung,,descriptive,"
< geburtsdatum_code,demographie,Geburtsdatum,text,2.16.840.1.113883.6.1_21112-8__2.16.840.1.113883.6.96_184099003,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""2.16.840.1.113883.6.1_21112-8__2.16.840.1.113883.6.96_184099003""" geburtsdatum,demographie,Geburtsdatum,text,Geburtsdatum,,DD-MM-YYYY,date_dmy,1900-01-01,,y,,,,,,,@HIDEBUTTON ethnische_zugehorigkeit_code,demographie,Ethnische Zugehörigkeit,text,2.16.840.1.113883.6.96_372148003,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""2.16.840.1.113883.6.96_372148003""" -ethnische_zugehorigkeit,demographie,Ethnische Zugehörigkeit,dropdown,Ethnische Zugehörigkeit,"2.16.840.1.113883.6.96_14045001,Kaukasisch | 2.16.840.1.113883.6.96_18167009,Afrikanisch | 2.16.840.1.113883.6.96_315280000,Asiatisch | 2.16.840.1.113883.6.96_90027003,Arabisch | 2.16.840.1.113883.6.238_2135-2,Latein-Amerikanisch | 2.16.840.1.113883.6.96_186019001,gemischte ethnische Zugehörigkeit | NoCodeSystem_NoCode,Andere",,,,,,,,,,,, +ethnische_zugehorigkeit,demographie,Ethnische Zugehörigkeit,dropdown,Ethnische Zugehörigkeit,"2.16.840.1.113883.6.96_14045001,Kaukasisch | 2.16.840.1.113883.6.96_18167009,Afrikanisch | 2.16.840.1.113883.6.96_315280000,Asiatisch | 2.16.840.1.113883.6.96_90027003,Arabisch | 2.16.840.1.113883.6.238_2135-2,Lateinamerikanisch | 2.16.840.1.113883.6.96_186019001,Gemischte ethnische Zugehörigkeit | NoCodeSystem_NoCode,Andere",,,,,,,,,,,, biologisches_geschlecht_code,demographie,Biologisches Geschlecht,text,2.16.840.1.113883.6.1_76689-9,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""2.16.840.1.113883.6.1_76689-9""" -biologisches_geschlecht,demographie,Biologisches Geschlecht,dropdown,Biologisches Geschlecht,"2.16.840.1.113883.4.642.4.2_male,Männlich | 2.16.840.1.113883.4.642.4.2_female,Weiblich | 1.2.276.0.76.5.483_X,Unbestimmt | 1.2.276.0.76.5.483_D,Divers | 2.16.840.1.113883.4.642.4.2_unknown,Keine Angabe",,,,,,,,,,,, +biologisches_geschlecht,demographie,Biologisches Geschlecht,dropdown,Biologisches Geschlecht,"2.16.840.1.113883.4.642.4.2_male,Männlich | 2.16.840.1.113883.4.642.4.2_female,Weiblich | 1.2.276.0.76.5.483_X,Unbestimmt | 1.2.276.0.76.5.483_D,Divers | 2.16.840.1.113883.4.642.4.2_unknown,Unbekannt",,,,,,,,,,,, schwangerschaft_code,demographie,Schwangerschaft,text,2.16.840.1.113883.6.1_82810-3,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""2.16.840.1.113883.6.1_82810-3""" schwangerschaft,demographie,Schwangerschaft,dropdown,Liegt eine Schwangerschaft vor?,"2.16.840.1.113883.6.1_LA15173-0__2.16.840.1.113883.6.96_77386006,Ja | 2.16.840.1.113883.6.1_LA26683-5__2.16.840.1.113883.6.96_60001007,Nein | 2.16.840.1.113883.6.1_LA4489-6__2.16.840.1.113883.6.96_261665006,Unbekannt",,,,,,"[biologisches_geschlecht] = ""2.16.840.1.113883.4.642.4.2_female""",,,,,, alter_code,demographie,Alter,text,2.16.840.1.113883.6.1_30525-0__2.16.840.1.113883.6.96_424144002,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""2.16.840.1.113883.6.1_30525-0__2.16.840.1.113883.6.96_424144002""" @@ -226,7 +226,7 @@ komplikation_pulmonale_co_infektionen,komplikationen,,dropdown,Pulmonale Koinfek komplikation_blutstrominfektionen,komplikationen,,dropdown,Blutstrominfektionen,"1.2.276.0.76.5.502_A41.9__2.16.840.1.113883.6.96_434156008__2.16.840.1.113883.6.96_410605003,Ja | 1.2.276.0.76.5.502_A41.9__2.16.840.1.113883.6.96_434156008__2.16.840.1.113883.6.96_410594000,Nein | 1.2.276.0.76.5.502_A41.9__2.16.840.1.113883.6.96_434156008__2.16.840.1.113883.6.96_261665006,Unbekannt",,,,,,"[komplikation] = ""1""",,,,,, labor_datum,laborwerte,,text,Untersuchungsdatum,,DD-MM-YYYY HH:MM,datetime_dmy,,,,,,,,,, crp_code,laborwerte,C-reaktives Protein,text,2.16.840.1.113883.6.1_48421-2__2.16.840.1.113883.6.1_71426-1__2.16.840.1.113883.6.1_76486-0__2.16.840.1.113883.6.1_30522-7__2.16.840.1.113883.6.1_1988-5__2.16.840.1.113883.6.1_76485-2,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""2.16.840.1.113883.6.1_48421-2__2.16.840.1.113883.6.1_71426-1__2.16.840.1.113883.6.1_76486-0__2.16.840.1.113883.6.1_30522-7__2.16.840.1.113883.6.1_1988-5__2.16.840.1.113883.6.1_76485-2""" -lab_table,laborwerte,Laborwerte,descriptive,"
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< geburtsdatum_code,demographie,Geburtsdatum,text,1,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""1""" geburtsdatum,demographie,Geburtsdatum,text,Geburtsdatum,,DD-MM-YYYY,date_dmy,1900-01-01,,y,,,,,,,@HIDEBUTTON ethnische_zugehorigkeit_code,demographie,Ethnische Zugehörigkeit,text,1,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""1""" -ethnische_zugehorigkeit,demographie,Ethnische Zugehörigkeit,dropdown,Ethnische Zugehörigkeit,"1,Kaukasisch | 2,Afrikanisch | 3,Asiatisch | 4,Arabisch | 5,Latein-Amerikanisch | 6,gemischte ethnische Zugehörigkeit | 7,Andere",,,,,,,,,,,, +ethnische_zugehorigkeit,demographie,Ethnische Zugehörigkeit,dropdown,Ethnische Zugehörigkeit,"1,Kaukasisch | 2,Afrikanisch | 3,Asiatisch | 4,Arabisch | 5,Lateinamerikanisch | 6,Gemischte ethnische Zugehörigkeit | 7,Andere",,,,,,,,,,,, biologisches_geschlecht_code,demographie,Biologisches Geschlecht,text,1,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""1""" -biologisches_geschlecht,demographie,Biologisches Geschlecht,dropdown,Biologisches Geschlecht,"1,Männlich | 2,Weiblich | 3,Unbestimmt | 4,Divers | 5,Keine Angabe",,,,,,,,,,,, +biologisches_geschlecht,demographie,Biologisches Geschlecht,dropdown,Biologisches Geschlecht,"1,Männlich | 2,Weiblich | 3,Unbestimmt | 4,Divers | 5,Unbekannt",,,,,,,,,,,, schwangerschaft_code,demographie,Schwangerschaft,text,1,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""1""" schwangerschaft,demographie,Schwangerschaft,dropdown,Liegt eine Schwangerschaft vor?,"1,Ja | 2,Nein | 3,Unbekannt",,,,,,"[biologisches_geschlecht] = ""2""",,,,,, alter_code,demographie,Alter,text,1,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""1""" @@ -226,7 +226,7 @@ komplikation_pulmonale_co_infektionen,komplikationen,,dropdown,Pulmonale Koinfek komplikation_blutstrominfektionen,komplikationen,,dropdown,Blutstrominfektionen,"1,Ja | 2,Nein | 3,Unbekannt",,,,,,"[komplikation] = ""1""",,,,,, labor_datum,laborwerte,,text,Untersuchungsdatum,,DD-MM-YYYY HH:MM,datetime_dmy,,,,,,,,,, crp_code,laborwerte,C-reaktives Protein,text,1,,,,,,,,,,,,,"@HIDDEN @DEFAULT=""1""" -lab_table,laborwerte,Laborwerte,descriptive,"
AnalyteLaborwertEinheitLOINC-Code
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Neutrophile absolut{neutrophile_absolut}{neutrophile_absolut_unit}{neutrophile_absolut_loinc_1}
Partielle Thromboplastinzeit{ptt}{ptt_unit}{ptt_loinc_1}
Thrombozyten absolut{thrombozyten_absolut}{thrombozyten_absolut_unit}{thrombozyten_absolut_loinc_1}
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SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM IA Ql (IA QI: Immunoassay-Qualität){sarsco_v2_covid19_ig_m_ia_ql}{sarsco_v2_covid19_ig_m_ia_ql_loinc}
SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM IA Qn (IA QI: Immunoassay-Quantität){sarsco_v2_covid19_ig_m_ia_qn}{sarsco_v2_covid19_ig_m_ia_qn_unit}{sarsco_v2_covid19_ig_m_ia_qn_loinc}
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