sppDatabaseTidyup

# preparar una tabla con las especies en la primera columna y los codigos de cuadricula en la segunda
# guardarla como .csv

# importar la tabla a R [reemplazando la ruta y nombre del archivo]:
atlas <- read.csv("/datos/atlas/......./Insectivoros.csv", sep = ";")

# ver las primeras filas de la tabla para confirmar que todo esta' en su sitio:
head(atlas)
# (si no esta' bien, quizas cambiar el tipo de SEParador en el comando arriba)

# confirmar que no hay especies mal escritas:
names(atlas) <- c("ESPECIE", "CUTM10")
atlas$ESPECIE <- as.character(atlas$ESPECIE)
sort(unique(atlas$ESPECIE))
# (si hay especies de mas, corregir la tabla original)

# eliminar espacios al final de nombres de especies y cuadriculas:
atlas$ESPECIE <- sub(" +$", "", atlas$ESPECIE)
atlas$CUTM10 <- sub(" +$", "", atlas$CUTM10)

# eliminar dobles espacios en el nombre de las especies:
atlas$ESPECIE <- gsub("  ", " ", atlas$ESPECIE)

# anadir columna con los codigos de especie (4+4 letras):
separados <- strsplit(atlas$ESPECIE, " ")
gen <- sp <- vector("character", length(separados))
for (i in 1:length(separados)) 
  { gen[i] <- separados[[i]][1]
    sp[i] <- separados[[i]][2] }
atlas$SpCode <- paste(substr(gen, 1, 4), substr(sp, 1, 4), sep = "_")

# confirmar que hay el mismo numero de nombres que de codigos de especie:
length(unique(atlas$ESPECIE))
length(unique(atlas$SpCode))
# (si no son iguales, corregir tabla y volver al inicio)

# crear una tabla con los unos y ceros para cada especie:
atlas01 <- as.data.frame(unclass(table(atlas$CUTM10, atlas$SpCode)))
atlas01 <- data.frame(row.names(atlas01), atlas01)
names(atlas01)[1] <- "CUTM10"

# guardar esta tabla en el disco (poner el nombre y ruta de carpeta deseados):
write.csv(atlas01, "/datos/atlas/......./Insectivoros01.csv", row.names = FALSE)