hangout_fuzzySim_modEvA

## [actualizado 13 marzo 2017] ##
## dudas y bugs: barbosa@uevora.pt (contestare' segun pueda)

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### OBTENER DATOS DE DISTRIBUCION ###
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# paquete para importar datos del GBIF:
if (!require(rgbif)) install.packages("rgbif")

# si hay errores al instalar el paquete, pegarlos en un buscador de internet para descubrir como solucionar el problema
# en Linux, hay que tener instalados al menos 'libgeos-dev' y 'libv8-dev' en el sistema

# importar presencias de desman iberico:
library(rgbif)
Galpyr_GBIF <- occ_data(scientificName = "Galemys pyrenaicus")
sapply(Galpyr_GBIF, names)
Galpyr_coords <- as.data.frame(na.omit(Galpyr_GBIF$data[ , c("decimalLongitude", "decimalLatitude")]))
nrow(Galpyr_coords)  # 484 (cuando yo hice el download)

# obtener presencias de salamandra lusitanica:
Chilus_GBIF <- occ_data(scientificName = "Chioglossa lusitanica")
Chilus_coords <- as.data.frame(na.omit(Chilus_GBIF$data[ , c("decimalLongitude", "decimalLatitude")]))
nrow(Chilus_coords)  # 303 (cuando yo hice el download)

# mapear las presencias:
if (!require(maps)) install.packages("maps")
library(maps)

map("world")
points(Galpyr_coords, col = "red")

# mapear solo el area que contiene nuestras presencias:
map("world",
    xlim = range(Galpyr_coords[ , "decimalLongitude"], na.rm = T),
    ylim = range(Galpyr_coords[ , "decimalLatitude"], na.rm = T)
)
points(Galpyr_coords, col = "red", cex = 0.5)
title("Galpyr")

map("world",
    xlim = range(Chilus_coords[ , "decimalLongitude"], na.rm = T),
    ylim = range(Chilus_coords[ , "decimalLatitude"], na.rm = T)
)
points(Chilus_coords, col = "blue", cex = 0.5)
title("Chilus")


# OBSERVAR LOS DATOS DISPONIBLES!

# hay datos erroneos (ej. Latitud y Longitud cero) -> excluirlos:

erroneous <- which(Chilus_coords[ , "decimalLatitude"] == 0)
Chilus_coords[erroneous, ]
Chilus_coords <- Chilus_coords[-erroneous, ]
nrow(Chilus_coords)  # 302 (una menos)

# volver a mapear para confirmar que todo esta bien:
map("world",
    xlim = range(Chilus_coords[ , "decimalLongitude"], na.rm = T),
    ylim = range(Chilus_coords[ , "decimalLatitude"], na.rm = T)
)
points(Chilus_coords, col = "blue", cex = 0.5)
title("Chilus")


# para ambas especies, los datos solo estan minimamente completos en Espana (en GBIF, pero hay otras fuentes!) -> restringir el area de estudio si no tenemos mejores datos

# los "puntos de presencia" son demasiado regulares: centroides de cuadriculas! (en este caso, UTM 10x10 km) -> utilizarlas como unidad de analisis


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### OBTENER UNIDADES GEOGRAFICAS ###
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# importar malla UTM 10 km de Espana:
# citar FUENTE: Ministerio de Agricultura y Pesca, Alimentacion y Medio Ambiente (Espana)
# disponible en "Inventario Nacional de Especies Terrestres", MAGRAMA (URL puede cambiar!)

cuadrics_url <- "http://www.mapama.gob.es/es/cartografia-y-sig/ide/descargas/biodiversidad/riqueza-especies_tcm7-439214.zip"
getwd()  # carpeta donde se va a descargar
download.file(cuadrics_url, destfile = "cuadrics.zip")
unzip("cuadrics.zip", exdir = "cuadriculas")
#unlink("cuadrics.zip")  # si se quiere borrar el zip de la carpeta
list.files("cuadriculas")  # ver el nombre del shapefile

# importar el shapefile a R:
if (!require(rgdal)) install.packages("rgdal")
library(rgdal)
cuadrics <- readOGR(dsn = "cuadriculas", layer = "RiquezaEspecies")
par(mar = c(1, 1, 1, 1))
plot(cuadrics, border = "grey")
# deberiamos tal vez excluir las islas, porque la ausencia alli puede deberse a la inaccesibilidad mas que a las condiciones ambientales...

#unlink("cuadriculas", recursive = TRUE)  # si se quiere borrar del disco la carpeta con el shapefile


# consultar la proyeccion geografica:
cuadrics@proj4string@projargs  # "+proj=longlat +ellps=GRS80 +no_defs"

# convertir a coordenadas geograficas, como nuestros datos de presencia (GBIF):
library(sp)
cuadrics <- spTransform(cuadrics, CRS("+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs"))

# ver si todo esta' en su sitio (cuadriculas + presencias):
plot(cuadrics, border = "grey")
points(Galpyr_coords, cex = 0.5, col = "red")
points(Chilus_coords, cex = 0.5, col = "blue")

# convertir coordenadas de presencias a objetos espaciales (puntos):
Galpyr_pts <- na.omit(Galpyr_coords)
coordinates(Galpyr_pts) <- Galpyr_pts  # al atribuirle coordenadas, se convierte en objeto espacial
plot(Galpyr_pts)
Chilus_pts <- na.omit(Chilus_coords)
coordinates(Chilus_pts) <- Chilus_pts
plot(Chilus_pts)

Galpyr_pts@proj4string@projargs  # NA, pero sabemos que son coordenadas geograficas (WGS84)
Galpyr_pts@proj4string@projargs <- "+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs"
Chilus_pts@proj4string@projargs <- "+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs"

# "overlay" para sacar las cuadriculas UTM que tienen puntos de presencia:
Galpyr_cuadrics <- over(Galpyr_pts, cuadrics)
head(Galpyr_cuadrics)  # algunos NA
nrow(Galpyr_cuadrics)  # 484
nrow(na.omit(Galpyr_cuadrics))  # 481
# se han "perdido" 3 puntos, que caen fuera de las cuadriculas del area estudio:
plot(cuadrics, border = "grey")
points(Galpyr_coords, cex = 0.5, col = "red")

Chilus_cuadrics <- over(Chilus_pts, cuadrics)
head(Chilus_cuadrics)  # algunos NA
nrow(Chilus_cuadrics)  # 302
nrow(na.omit(Chilus_cuadrics))  # 266
plot(cuadrics, border = "grey")
points(Chilus_coords, cex = 0.5, col = "blue")

# anadir los datos de presencia/ausencia al mapa de cuadriculas:
head(cuadrics@data)  # tabla de atributos del mapa
cuadrics@data$Galpyr <- 0  # anadir columna y llenarla de momento con ceros
cuadrics@data$Galpyr[cuadrics@data$COD10X10 %in% Galpyr_cuadrics$COD10X10] <- 1  # atribuir valor 1 a las cuadriculas que solapan con puntos Galpyr
sum(cuadrics@data$Galpyr)  # 475 cuadriculas con presencia de Galemys
cuadrics@data$Chilus <- 0
cuadrics@data$Chilus[cuadrics@data$COD10X10 %in% Chilus_cuadrics$COD10X10] <- 1
sum(cuadrics@data$Chilus, na.rm = TRUE)  # 161 cuadriculas con presencia de Chioglossa

# mapear las nuevas columnas para ver si todo esta' en su sitio:
spplot(cuadrics,
       zcol = "Galpyr",
       col = NA,  # color del borde de los poligonos
       main = "Galpyr")  # (tarda un poco)

spplot(cuadrics,
       zcol = "Chilus",
       col = NA,  # color del borde de los poligonos
       main = "Chilus")  # (tarda un poco)

# 'col' es el color de los bordes de los poligonos (NA = sin borde)
# 'col.regions' es el color dentro de los poligonos
# se puede hacer paletas variadas con 'RColorBrewer'


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### OBTENER VARIABLES AMBIENTALES ###
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# descargar datos de WorldClim (por ejemplo, a 2.5 minutos de resolucion):
wclim_url <- "http://biogeo.ucdavis.edu/data/climate/worldclim/1_4/grid/cur/bio_2-5m_bil.zip"  # URL donde estan los datos
getwd()  # carpeta donde se va a descargar (se puede cambiar con 'setwd')
wclim_file <- "worldclim2-5m.zip"  # nombre que le vamos a dar al archivo zip
download.file(wclim_url, destfile = wclim_file)  # (puede tardar bastante segun la conexion!)


# para sacar la media de las variables por cuadricula, hay que convertir mapa cuadrics a raster, a la misma resolucion y extension que las variables ambientales

# primero descomprimir e importar uno de los mapas de variables a R:
unzip(wclim_file, list = TRUE)  # con "list=TRUE", solo se ve que nombres tienen los archivos dentro del zip
unzip(wclim_file, files = c("bio1.bil", "bio1.hdr"))  # descomprimir solo el primer mapa (ambos archivos)

if (!require(raster)) install.packages("raster")
library(raster)
wclim_bio1 <- raster("bio1.bil")  # importar a formato raster en R
plot(wclim_bio1, main = "WorldClim - bio1")  # confirmar que el mapa parece bien

head(cuadrics@data)
length(unique(cuadrics@data$COD10X10))  # 5604
length(unique(cuadrics@data$OBJECTID))  # 5604 - se puede utilizar como identificador unico
str(cuadrics@data)  # 'OBJECTID' tiene classe 'factor'; convertir a numero entero:
cuadrics@data$OBJECTID <- as.integer(cuadrics@data$OBJECTID)

cuadrics_rast <- rasterize(x = cuadrics,  # mapa vectorial a rasterizar
                           y = wclim_bio1,  # mapa raster a utilizar como molde
                           field = "OBJECTID")  # columna con los valores para el raster
# (la rasterizacion tarda un rato)
plot(cuadrics_rast)  # mapa total con el mismo 'extent' que las variables (mundial), pero valores solo en las cuadriculas de nuestro area de estudio
plot(cuadrics_rast, xlim = c(-24, 6), ylim = c(26, 45))


# pegar funcion "zonalFromZip" de https://modtools.wordpress.com/2014/11/28/zonal-from-zip
# y utilizarla para sacar la media de cada variable por cuadricula:

wclim_cuadrics <- zonalFromZip(zip.file = wclim_file,  # zip con las variables raster
                               zones.rast = cuadrics_rast,  # mapa con las unidades geograficas
                               fun = "mean",  # funcion para sacar las variables (en este caso, media por cuadricula)
                               rast.file.ext = ".bil",  # extension de los archivos raster
                               aux.file.ext = ".hdr")  # extension del archivo auxiliar
# (el 'zonal' tambien tarda un buen rato)

head(wclim_cuadrics)

#unlink(wclim_file)  # si se quiere borrar el zip del disco
#unlink(c("bio1.bil", "bio1.hdr"))  # si se quiere borrar el mapa raster descomprimido


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###     UNIR LAS VARIABLES AMBIENTALES    ###
###  CON LOS DATOS DE PRESENCIA/AUSENCIA  ###
###      EN LAS UNIDADES GEOGRAFICAS      ###
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names(cuadrics@data)  # tabla de atributos del mapa de cuadriculas
names(wclim_cuadrics)  # tabla de 'zonal statistics' de nuestras variables
datos <- merge(cuadrics@data,
               wclim_cuadrics,
               by.x = "OBJECTID",
               by.y = "zone")
nrow(cuadrics@data)  # 5604
nrow(wclim_cuadrics)  # 5560
head(datos)
nrow(datos)  # 5560
nrow(unique(datos))

## anadir los datos al mapa de cuadriculas:
names(datos)
names(cuadrics@data)
# aqui no utilizar merge, que los datos de shapefile se desordenan!! hacer asi:
cuadrics@data <- data.frame(cuadrics@data,
                            datos[match(cuadrics@data$OBJECTID, datos$OBJECTID), c(6:ncol(datos))])
head(cuadrics@data)
nrow(cuadrics@data)  # 5604
nrow(unique(cuadrics@data))  # 5604

# mirar si todo esta' en su sitio:
spplot(cuadrics,
       zcol = "bio1",  # columna con los datos a mapear
       col = NA,  # color del borde de las cuadriculas
       main = "WorldClim - bio1")  # titulo

# para evitar unir tablas a los mapas (potencialmente peligroso)
# y representar los mapas de forma mas rapida y sencilla,
# utilizar el paquete 'cartography' (pero instala unos cuantos paquetes mas):

if (!require(cartography)) install.packages("cartography")
library(cartography)
choroLayer(spdf = cuadrics,  # mapa
           df = datos,  # tabla de datos
           spdfid = "OBJECTID",  # columna con ID en el mapa
           dfid = "OBJECTID",  # columna con ID correspondiente en la tabla de datos
           var = "bio1",  # columna con la variable a representar
           border = NA)  # color del borde de los poligonos


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###  SELECCION DE VARIABLES  ###
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# instalar y cargar el paquete fuzzySim (disponible en R-Forge):
if (!require(fuzzySim)) install.packages("fuzzySim", repos = "http://R-Forge.R-project.org")
library(fuzzySim)

names(datos)
head(datos)

# analizar el "false discovery rate" (significacion corregida) para cada especie:
?FDR
names(datos)
FDR(data = datos, sp.cols = 4, var.cols = 6:ncol(datos))
FDR(data = datos, sp.cols = 5, var.cols = 6:ncol(datos))

# analizar las correlaciones (multicolinealidad) entre variables y el factor de inflaccion:
?multicol
multicol(datos[ , 6:ncol(datos)])  # especificar solo las columnas con variables!

# analizar las correlaciones entre pares de variables:
?cor
cor(datos[ , 6:ncol(datos)], use = "pairwise.complete.obs")

# analizar las correlaciones de dos en dos, y combinadas con la significacion sobre la especie:
?corSelect
names(datos)
corSelect(data = datos, var.cols = 6:ncol(datos), cor.thresh = 0.8, use = "pairwise.complete.obs")
corSelect(data = datos, sp.cols = 4, var.cols = 6:ncol(datos), cor.thresh = 0.8, use = "pairwise.complete.obs")
corSelect(data = datos, sp.cols = 5, var.cols = 6:ncol(datos), cor.thresh = 0.8, use = "pairwise.complete.obs")


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###  CONSTRUCCION DE MODELOS DE DISTRIBUCION  ###
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# hacer modelos para una o mas especies:
names(datos)
?multGLM
mods_1 <- multGLM(data = na.omit(datos),  # pero mirar que na.omit no excluya datos de algunas especies
                sp.cols = 4:5,
                var.cols = 6:ncol(datos),
                id.col = 1)

# mirar  la estructura del resultado:
names(mods_1)
names(mods_1$predictions)
head(mods_1$predictions)
names(mods_1$models)
mods_1$models
# atencion que la estructura es la misma (models, predictions), sea con una o mas especies

# opciones adicionales de la funcion multGLM:
names(datos)
mods_2 <- multGLM(data = na.omit(datos),
                  sp.cols = 4:5,
                  var.cols = 6:ncol(datos),
                  id.col = 1,
                  test.sample = 0.15,  # permite reservar datos para test
                  FDR = TRUE,  # permite seleccionar variables segun la "false discovery rate"
                  corSelect = TRUE,  # permite seleccionar variables segun sus correlaciones
                  cor.thresh = 0.75,  # define el umbral de correlacion permitido entre variables
                  step = TRUE,  # define si hacer seleccion de variables por pasos
                  start = "full.model",  # define si la seleccion empieza con el modelo nulo o saturado
                  direction = "both",   # define si los pasos van hacia delante, hacia atras o ambos
                  trim = TRUE)  # define si las variables no significativas deben ser retiradas
# hay algunas opciones mas - ver help(multGLM)

# mirar los resultados:
names(mods_1$predictions)
names(mods_2$predictions)  # nueva columna "sample"
head(mods_2$predictions)
names(mods_2$models)
lapply(mods_2$models, summary)


## anadir los valores predichos a nuestra tabla de datos:

names(datos)
names(mods_2$predictions)
nrow(datos)  # 5560
nrow(mods_2$predictions)  # 5501
datos <- merge(datos, mods_2$predictions, all.x = TRUE)
nrow(datos)

# visualizar (mapear) los valores predichos:
if (!require(cartography)) install.packages("cartography")
library(cartography)
choroLayer(spdf = cuadrics,  # mapa
           df = datos,  # tabla de datos
           spdfid = "OBJECTID",  # columna con ID en el mapa
           dfid = "OBJECTID",  # columna con ID correspondiente en la tabla de datos
           var = "Galpyr_F",  # columna con la variable a representar
           border = NA)  # color del borde de los poligonos
title("Galpyr - Favorabilidad")

choroLayer(spdf = cuadrics,  # mapa
           df = datos,  # tabla de datos
           spdfid = "OBJECTID",  # columna con ID en el mapa
           dfid = "OBJECTID",  # columna con ID correspondiente en la tabla de datos
           var = "Chilus_F",  # columna con la variable a representar
           border = NA)  # color del borde de los poligonos
title("Chilus - Favorabilidad")


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###  EVALUACION DE LOS MODELOS  ###
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if (!require(modEvA)) install.packages("modEvA")
library(modEvA)

# visualizar las predicciones del modelo frente a los datos observados:
par(mfrow = c(2, 1), mar = c(5, 4, 3, 2))
?plotGLM
plotGLM(model = mods_2$models$Galpyr, main = "Galpyr - modelo")
plotGLM(model = mods_2$models$Chilus, main = "Chilus - modelo")

# visualizar la curva ROC y calcular el AUC:
?AUC
AUC(model = mods_2$models$Galpyr, main = "Galpyr - curva ROC")
AUC(model = mods_2$models$Chilus, main = "Chilus - curva ROC")

# al darle el argumento 'model', solo considera lo datos incluidos en la construccion del modelo (datos de entrenamiento)
# si queremos evaluar con los datos de test (o con otros datos), se los damos en los argumentos 'obs' y 'pred':

datos_entrenam <- datos[datos$sample == "train", ]
datos_test <- datos[datos$sample == "test", ]
head(datos_entrenam)
head(datos_test)

par(mfrow = c(2, 2))
with(datos_entrenam, AUC(obs = Galpyr, pred = Galpyr_P, main = "Galpyr - curva ROC (datos modelo)"))
with(datos_test, AUC(obs = Galpyr, pred = Galpyr_P, main = "Galpyr - curva ROC (datos test)"))
with(datos_entrenam, AUC(obs = Chilus, pred = Chilus_P, main = "Chilus - curva ROC (datos modelo)"))
with(datos_test, AUC(obs = Chilus, pred = Chilus_P, main = "Chilus - curva ROC (datos test)"))

# calcular medidas basadas en un umbral de clasificacion:
?threshMeasures
par(mfrow = c(2, 2))
with(datos_entrenam, threshMeasures(obs = Galpyr, pred = Galpyr_P, thresh = "preval", measures = c("CCR", "Sensitivity", "Specificity", "TSS", "kappa"), ylim = c(0, 1), main = "Galpyr - medidas umbral (datos modelo)"))
with(datos_test, threshMeasures(obs = Galpyr, pred = Galpyr_P, thresh = "preval", measures = c("CCR", "Sensitivity", "Specificity", "TSS", "kappa"), ylim = c(0, 1), main = "Galpyr - medidas umbral (datos test)"))
with(datos_entrenam, threshMeasures(obs = Chilus, pred = Chilus_P, thresh = "preval", measures = c("CCR", "Sensitivity", "Specificity", "TSS", "kappa"), ylim = c(0, 1), main = "Chilus - medidas umbral (datos modelo)"))
with(datos_test, threshMeasures(obs = Chilus, pred = Chilus_P, thresh = "preval", measures = c("CCR", "Sensitivity", "Specificity", "TSS", "kappa"), ylim = c(0, 1), main = "Chilus - medidas umbral (datos test)"))


# calcular umbrales de clasificacion que optimizan distintas medidas:
?optiThresh
with(datos_entrenam, optiThresh(obs = Galpyr, pred = Galpyr_P, pch = 20, measures = c("CCR", "TSS", "kappa")))
title("Galpyr", outer = TRUE)
with(datos_entrenam, optiThresh(obs = Chilus, pred = Chilus_P, pch = 20, measures = c("CCR", "TSS", "kappa")))
title("Chilus", outer = TRUE)


# calcular umbrales de clasificacion que optimizan el equilibrio entre pares de medidas:
?optiPair
par(mfrow = c(2, 1))
with(datos_entrenam, optiPair(obs = Galpyr, pred = Galpyr_P, measures = c("Sensitivity", "Specificity"), main = "Galpyr - optimal balance"))
with(datos_entrenam, optiPair(obs = Chilus, pred = Chilus_P, measures = c("Sensitivity", "Specificity"), main = "Chilus - optimal balance"))

# calcular la devianza explicada:
?Dsquared
Dsquared(model = mods_2$models$Galpyr)
Dsquared(model = mods_2$models$Chilus)
with(datos_test, Dsquared(obs = Galpyr, pred = Galpyr_P, family = "binomial"))
with(datos_test, Dsquared(obs = Chilus, pred = Chilus_P, family = "binomial"))

# calcular los pseudo-R-cuadrados:
?RsqGLM
RsqGLM(model = mods_2$models$Galpyr)
RsqGLM(model = mods_2$models$Chilus)
with(datos_test, RsqGLM(obs = Galpyr, pred = Galpyr_P))
with(datos_test, RsqGLM(obs = Chilus, pred = Chilus_P))

# analizar la recta de calibracion de Miller
# (util solo para modelos extrapolados):
?MillerCalib
par(mfrow = c(2, 2))
with(datos_entrenam, MillerCalib(obs = Galpyr, pred = Galpyr_P, main = "Galpyr - recta de Miller (datos modelo)"))
with(datos_entrenam, MillerCalib(obs = Chilus, pred = Chilus_P, main = "Chilus - recta de Miller (datos modelo)"))
with(datos_test, MillerCalib(obs = Galpyr, pred = Galpyr_P, main = "Galpyr - recta de Miller (datos test)"))
with(datos_test, MillerCalib(obs = Chilus, pred = Chilus_P, main = "Chilus - recta de Miller (datos test)"))


# analizar la bondad de ajuste de Hosmer-Lemeshow (atencion, que cambia con los bins!):
?HLfit
HLfit(model = mods_2$models$Galpyr, bin.method = "n.bins", main = "Galpyr - bondad de ajuste de H-L (N bins)")
HLfit(model = mods_2$models$Galpyr, bin.method = "quantiles", main = "Galpyr - bondad de ajuste de H-L (quantiles)")
HLfit(model = mods_2$models$Chilus, bin.method = "n.bins", main = "Chilus - bondad de ajuste de H-L (N bins)")
HLfit(model = mods_2$models$Chilus, bin.method = "quantiles", main = "Chilus - bondad de ajuste de H-L (quantiles)")

# evaluar varios modelos a la vez:
model_eval <- multModEv(models = mods_2$models, thresh = "preval", bin.method = "quantiles")
model_eval


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###  OPERACIONES ENTRE MODELOS  ###
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# similitud de distribuciones (observadas o potenciales):
?fuzSim
?simMat

with(datos, fuzSim(Galpyr, Chilus, na.rm = TRUE, method = "Jaccard"))
with(datos, fuzSim(Galpyr_F, Chilus_F, na.rm = TRUE, method = "Jaccard"))

with(datos, fuzSim(Galpyr, Chilus, na.rm = TRUE, method = "Baroni"))
with(datos, fuzSim(Galpyr_F, Chilus_F, na.rm = TRUE, method = "Baroni"))
# tambien implementados indices 'Sorensen' y 'Simpson'

# solapamiento de nicho:
?modOverlap
with(datos, modOverlap(Galpyr_F, Chilus_F, na.rm = TRUE))

# cambios en la favorabilidad:
?fuzzyRangeChange


######################################################
###  MODELOS PURAMENTE ESPACIALES (MODELOS NULOS)  ###
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# trend surface analysis:
?multTSA  # hacen falta las coordenadas espaciales
names(datos)  # aqui no las tenemos
names(cuadrics@data)  # pero de aqui podemos calcularlas, porque es un objeto espacial, y anadirlas a la tabla de atributos:
cuadrics@data[ , c("x", "y")] <- coordinates(cuadrics)

TSA <- multTSA(data = cuadrics@data,
               sp.cols = 4:5,
               coord.cols = c("x", "y"),
               id.col = 1)
names(TSA)

datos <- merge(datos, TSA, all.x = TRUE)

# mapear las TSA:
par(mfrow = c(2, 1), mar = c(1, 1, 1, 1))
choroLayer(spdf = cuadrics, df = datos, spdfid = "OBJECTID", dfid = "OBJECTID", var = "Galpyr_TS", border = NA)
choroLayer(spdf = cuadrics, df = datos, spdfid = "OBJECTID", dfid = "OBJECTID", var = "Chilus_TS", border = NA)


# distancia a presencia (interpolacion):
?distPres
dist_interpol <- distPres(data = cuadrics@data,
                          sp.cols = 4:5,
                          coord.cols = c("x", "y"),
                          id.col = 1,
                          p = 1,
                          inv = TRUE)
head(dist_interpol)

datos <- merge(datos, dist_interpol, all.x = TRUE)

# mapear la distancia a presencia:
par(mfrow = c(2, 1), mar = c(1, 1, 1, 1))
choroLayer(spdf = cuadrics, df = datos, spdfid = "OBJECTID", dfid = "OBJECTID", var = "Galpyr_D", border = NA)
choroLayer(spdf = cuadrics, df = datos, spdfid = "OBJECTID", dfid = "OBJECTID", var = "Chilus_D", border = NA)