update_tests.py

import os
import pandas as pd


dir_datos_abiertos = os.path.join(os.pardir, "datos_abiertos", "")
dir_series = os.path.join(dir_datos_abiertos, "series_de_tiempo", "nuevos", "")
dir_formato = os.path.join(dir_datos_abiertos, "formato_especial", "")

pos = (
    pd.read_csv(dir_series + "covid19_mex_confirmados.csv")
    .set_index("Fecha")["Nacional"]
    .rename("positivos")
)
pos.index = pd.to_datetime(pos.index)
neg = (
    pd.read_csv(dir_series + "covid19_mex_negativos.csv")
    .set_index("Fecha")["Nacional"]
    .rename("negativos")
)
neg.index = pd.to_datetime(neg.index)
pend = (
    pd.read_csv(dir_series + "covid19_mex_sospechosos.csv")
    .set_index("Fecha")["Nacional"]
    .rename("pendientes")
)
# TODO: rename pendientes to sospechosos, but this needs to be fixed on the website too
pend.index = pd.to_datetime(pend.index)

left = pd.concat((pos, neg), axis=1)

pruebas_diarias = left.join(pend, how="outer").fillna(0).astype(int)
pruebas_acumuladas = pruebas_diarias.cumsum()

cutoff = "2020-02-28"
order = ["positivos", "pendientes", "negativos"]


# Escribimos archivos
(
    pruebas_diarias.loc[cutoff:, :][order].to_csv(
        dir_formato + "pruebas_casos_nuevos.csv"
    )
)

(
    pruebas_acumuladas.loc[cutoff:,][
        order
    ].to_csv(dir_formato + "pruebas_casos_acumulados.csv")
)