4.py

import re

with open('Vibrio_cholerae.txt', 'r') as file:
    Vibrio_cholerae_Genome = file.read().rstrip()

def find_positions(Pattern, Genome): 
    pos = []
    for i in range(len(Genome) - len(Pattern)):
        if Genome[i: i+len(Pattern)] == Pattern:
            pos.append(i)     
    return pos

# print(find_positions('ATAT','GATATATGCATATACTT'))

Pattern = 'AGGATGAAG'
Genome = 'TGAAGGATGATGCCAGGATGACGACAGGATGATAAGTTATCGTAGGATGAAGGAGGATGAAGGATGATTGCGGCCCCAAGGATGATAGGATGAAGGATGAAAGGATGAAGGATGAAGGATGATTCCAGGATGACACACCAGGATGACCCTATCAGGATGACAGGATGAACGGGGACAGGATGATAGGGAGGGAGGATGATAGGATGAGGAGGATGATCAAGGATGAAGGATGAAACAGGATGACTGAGGATGAGTAGCATAGGATGAAGGATGAAGGATGAGAGGATGAAGGATGAGTGAGGATGAAGGATGAAGGATGAAAGGATGACAGGATGAAGGATGATAGGATGATCAGGATGAGTGACAGGATGATAAGGATGAAGGATGAGAAAGGATGAAGGATGAGCAGGATGAAGGATGAACGCTGAGGATGAAGAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGGATGAAAAAGGATGACATGGGCCTGAGGATGATGTAGGATGAAAGTCATCAATAGGATGATAATGCAGGATGAGCACAACGAGGATGAAGGATGAAGGATGACAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGGATGACTGCAGCGATTTAGGATGATCCTAGGATGATAGGATGAAGGATGACAGGATGAGTTGTGACGAGGATGAGAGGATGAGGAGGATGAGAAAGCTAGGAGGATGAAGGATGACAATCATTAGGATGACATAGAGCGGTCGAGAGGATGAAGGATGAACTGAGGATGACAGGATGATGCTTTTATTAGGATGAAGGATGAAGGATGAAAGGATGACCAGGATGATAGGATGAAGGATGAGGACAGGATGAGAACAGGATGAAACAGGATGATAAGGATGAAGTTCGTGACCAGGATGAAAGGATGAAGGATGAAGGATGAGGGAGGATGAAGGATGAAGGATGAATAGGATGACCTCGGAAGGATGATACGAAGGATGAAGGATGATTTAAGGATGAAGGATGATCAGGATGACTCTAGGATGAGAGGATGATAGGATGAGAGGATGAGTTCAGTGAGGATGATAGGATAGGATGACCAGGATGAACTTCGCGTACACAGCAGGATGACAGGATGAAGGATGACTAGGATGACCAGGATGACGAGGATGAGAGGATGATCAGGATGAGAGGATGAGAGGATGAGCAGGATGAAGCGTGTTAGGATGATCCAGGATGAAAAGGATGACAGGATGAAGGATGAAGGATGACGAGGATGAAGGATGACCTAGTGAGGATGAAGGATGAAGGATGATAAGGATGAAAGGATGACAGGATGAAGGATGATTAGGATGAAGGATGAAGGATGATAGGATGACTAAAGGATGAAGGATGACTAGGATGACGAGGATGAAGGATGATCAGGATGAAGGATGATTACGCTAGGATGAGAAGGATGACATAGAACACAGGATGAAGGATGAAGGATGATCTGAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGGATGATAGGATGAGTAGGATGACAGGATGATCAGGATGACAGGATGAAAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGAGGATGAGCTTAAGGATGAAGGATGAAGGATGATTCCCCGTAGAGGATGACCCAGGATGATCAGGATGAAAGTAGGATGATGAGTGAGGATGAAGGATGAGTCAAGAAGGATGACCCCAGGATGATATAAGGAAGGGGCAGGATGAAGGATGATCAAGGATGATAGAGGATGACGAAGGATGAGGTGCAGGATGACAGGATGACGGGAGGATGATTACAGGATGATCAGGATGAAGGATGAAGGATGACCGTAAGAGGATGAAAGAAGGATGAGAAGGATGACCAGGATGAAAAGGATGACATGAGGATGACTCAGGATGAAGGATGAAAGGATGATGGTAGGATGACGAGGATGATAGGATGAAGGATGAAGGATGACAGGATGAAGGATGATCTGGAGGATGAGGAGGATGATGTCGAGGATGATAGGATGAGGGAGGATGACGAGGATGAACGACAGGATGAAGGATGAAAGGATGATACAGTGAGGATGACAGGATGAGCAGATATCGAGTACTGAGGTGCACAGGATGAAGGATGAGCGTAGGATGAATTAGGATGAAGGATGAAGGATGAAAGGATGAAGGATGAAGGATGAGTAGGATGATGAGGATGACCTGGAGGATGAAGGATGATAGGATGAAGGATGAACTTAAAAGGATGAAGGATGAATAGGATGATAGGATGACAGGATGAAGGATGACAGGATGAGAAAGAGGATGAGAGGATGAAACTAGGATGATCTGTATAACAACCGAGGATGAGAGTATACTGTCTTAGATAGGATGAGATAATAGGATGATTAGGATGACTTAGAGGATGACGAGGATGAGGAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGGATAGGATGACTTAAATGAGGATGAGAGGATGACGAGGATGAATCAGGATGAGCAAGGATGACGAGGATGATTGAGGATGAGGTTAAGGATGACTTAGGATGAATCTCGTAGAGGATGAACAGGATGAAGGATGAAGGATGAACCACAGGATGACAGCGGATCGTAGAGGATGACAGGATGAAAAGGATGACGAAAAGGATGAAGGATGAGTTTGGTAGGATGAAGGATGACAGGATGAACGTGATATAGGATGAGATTAAGGATGAAGGATGAATATAACTAAACAGGATGACTTGAGGATGATTAGGATGAAGGATGACAGGATGACAAGGATGAAACTTGAAGGATGATAGGATGACAGGATGAGGGAAGGATGAAAGGATGAAGGATGATAGGATGAAGGATGAGGAGGATGAAGGATGAGGAGGATGACAGTCGCTCAGGATGAAGGATGACGAGAGGAAGTACAGGATGAGCAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGGATGAGCAGGATGAAAGGATGAAGGATGAACTCAGGATGACGTCAGGATGACTAGGATGATAGGATGAAGGATGAGATAGTAAGGATGAAGGATGAGCCCACCATCTCAGGATGAGTAGGATGAAGGATGAAGGATGATAAGGATGAGAGGATGAACAGGATGAGTAGGATGAAGGATGAAGGATGAAAAAGGATGAAGGATGATAGGATGAAACCGTCCACTCGTTTAGGATGAAGGATGAAGGATGAAAAGGATGAAGGATGATTGGAGGATGAAGGATGAAGGTCGAGGATGAAGGATGAAGGATGAAAGGATGACTTTCAGGATGAAAACTAGGATGAAGGATGACCCCAGGATGATGTCTTTATCTGAAAAGGATGATAACTAGGATGAGAGGATGATTAGGATGATAATAGGATGAGAAAGGATGAAGGATGAAGGATGAAAAGAGGATGACCAGGATGAAGGATGAAGAAAGGATGAAGGATGACGCAGGATGAGGCAGGATGAGTAGGATGAAGGATGAGAAGACAGGATGACTTACAGGATGAGAAGTAAGGATGAAGGATGATAGGATGAAGTAGGATGAAGGATGAGGAGGATGAAGGATGAAGGATGACCGCGACAGGATGAGACAAGGATGATGGAGGATGAATTTTTGCGAGGATGAAGGATGACTTGTAGGATGAATAGGATGAAGGATGACGCGTGATCTTAGGATGAAGGATGATGAGGATGAAAGGATGAAGGATGAAGGATGACTTGCCGGTAGGATGACCTCGGGTGCAGGATGATGGTAAGGATGAAGCAGGATGAAGGATGAACCTATAAGGATGAGTGGGAAGGATGAGTAAGGATGACGTAGGATGAAAGGATGACAGGATGAGGAGAGGATGAAAACAGGATGATAAGGATGAAGGATGAATTCAGGATGAGAGGATGACGAGTCTTTCCAGGATGAAAGAGGATGAAGGATGAAGGATGAAACCAGGATGAAGGATGATAAGGATGAGAGGATGACAGGATGAAGGATGACCAGGATGAAAGGATGAAAGGATGACCCAGGATGATTGAGGATGAACAGGATGAAGTTAGGATGACGAGGATGAAACGAGGATGAAGGATGAGATGCAGGATGAAGATCCTTTTTACCGTAGGATGACGAGGATGATGTAGGATGAAGGATGAAGGATGACGTAGGATGACGAAAGGATGAAGGATGAAAGGATGAAAAGGATGAAGAGGATGACGGCAGGATGAAGGATGACCCCGTCCTTAGGATGAAGGATGACCGAGGATGAACTGCAGGATGAAGGATGAATAAAGGATGATAAAATGGGGGTAGGATGAAGGATGAAGGATGACTAGGATGAGCAGGATGACAGGATGAAGGATGAAAATTGAGGATGAGAGGATGATCTAGGATGATAGGATGAAAGAGGATGACAAGGATGAAGGATGAAGAGGATGAGGGGAGGATGACCACGCAGGAAAGGATGATTCACCTAGACCAGGATGAAGGCAGAGGATGACAAAAGGATGATGTAGGATGAAGGATGAAGGATGACACAGAAGGATGAAGGATGATTAGAGGATGATATTGCGACAAAGGATGAGCAGGATGAAGGATGAACGATTATGTCAGGATGAAGGATGAGCAGGATGAAGGATGACAGGATGAAGGATGAAGGATGAGAGGATGACGCAGGATGAAAAGGATGATAGGATGAAGGATGAGGAGGATGACGTTGTAGGATGACTCAAGGATGAAGGATGAAAGGATGATTAGGATGAGAGGATGAGAGGATGATACCCTAGGATGAGGAGGATGACATTAGTGCAGGATGACCGCGCCGAGGATGACCATCGGAGGATGACGGCGTTGCCTAGGATGACCAGTCAGGATGACAGGATGAAGGATGAGCCTAGGATGAGAGGATGAAGGATGACAGGATGAGCGTGCAGGATGAGAGGATGAAGAGGATGAAGGATGATGCAGGATGACAGGATGAGGTACTAGGATGAACAGGATGAAGGATGACTGTGAGAGGATGAGAAGGATGATATTAAGGATGACAGGATGATAGGATGATAAGGATGAAGGATGAGAGGATGAAGGAGGAGGATGATGAGCACAGGATGACAAGGATGATAGTAGGATGATGGAGGATGACGCGGAGGATGACAGGATGATAGGATGAAGGATGAGGTAGGATGAACGCATAGGATGAGAGGATGAACCAGGATGACAGGATGACAGGATGAAGGATGAAAGGATGAGCTCCAGGATGAGTTGTCCAGGATGAAGGATGAGCTCTTAGGATGAAGAGAGGATGAAGGATGAAGGATGAAACAGGATGACAGGATGAAGGATGAAAGGATGAGGTAGGATGAAAGGATGACCAGGATGAAGCCCTGGAGGATGAATAGGATGAAGGATGATTAGGATGAAACACGAGGATGATGAAGTAGGATGACCCAGGATGAAGAGGATGAAAAGGATGACTTAGCTGGAGGAAAAGGATGAATAAGGATGAAGGATGATTTAAGGATGATAGGATGAAAGGATGACACAAGGATGATAGGATGAGAGGATGAACAAAGGATGACGGCACAGGATGAAGGATGAGCAGGATGAACCGAAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGGATGACTCGGTCCAAACCTGAGAGAAGCAGGATGAAATAGGATGAGCCATTGTATGGAGGATGATTGAGCAAAGGATGACAACAGGATGAAGGATGATAGTTCAGGATGACGCAGAAGGATGACCGTGCAGGATGAACCAGGATGACCAGGATGAAGGATGAGCTAGGATGAACAGGATGAGTGAAGGATGAGAGGATGAAGGATGAAGGATGATTCGAGTATGAGGATGATAGGATGAAAAGGATGAAGAGGATGATTCGATAGGATGAAAGGATGAGAGCAGGATGATAGTAGCGTCGCTCGAGGATGATTAAGGATGAAGGATGAGAGGATGAGAAGGATGAAGGATGATGTAGGATGAGAGCCCGCAGGATGATAGGATGAATAGGATGAAGGATGAGCGTAGGATGACAGAGGATGAACTCAGGATGACACTTGGAGTCAGGATGATCTAGGATGAAGGATGAAAGGATGACGAGGATGAAGGATGAAACTGAGAGGATGATCAGGATGATTACGAGAGGATGAAGGATGAAGCTAGGATGAGAGGATGAAGGATGAGAAGGATGAAGGATGACAAGGATGAAGGATGACACACAACTAGGATGAAGCAGGATGAAGGATGACAGGATGAGACAGGATGATTAGGATGAAGGATGACAGGATGAGATTAAGGATGAGTAGGATGAGTTAGGATGAGAGGATGATCACTATGAGGATGAAGCAGGATGACAAGGATGAAGGATGATTGACGAAGGATGAAGGATGAAGGATGATTAATGGAGGATGAAGGATGAAGGATGAGATAGGATGAAGGATGAGAGGATGAAGGATGAAGGATGATTAGGATGATTCGGATCGAGGATGAGTAGGATGATAGGATGAGCAAGGATGAAGAGGATGAGGGGGGCTGTGCAGGATGAGTTAGGATGAGACTGTCAGGATGAGAGGATGAAGGATGAAGGATGACGAGTAGGATGACTCAGACAAACAGGATGAGAAGGATGAAGGATGAAGGATGAAAGGATGAAGGATGAAGGATGATTTGAAGCAGGATGACACAGGATGAAGAGGATGATAGGATGACTATTCGAGGATGAGGGCCCAGGATGACAGGATGAGATAGGATGAAGGATGAACAGGATGAAGGATGACGCCAGGATGAAGGATGAAAGGATGACAGGATGACCTAGGATGAAGCGAGAAGGATGAGCTAGGATGAGAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGAAGGATGACCAGGATGAAGGATGAATTCACAAGGATGAAGGATGAAGGATGACCGCGAGGATGAAGCAGGATGAAGGATGAAGGATGATGTTGCCTGACAGGATGAGGATAGGATGACTGGTTAGGATGAAGGATGAGTATGTAGGATGAAGGATGACAGGATGAACTATCGAGGATGAAGGATGAATGAGGATGAAAAGGATGAAGGATGACATAGGATGAAGGATGATAGGATGATTAGGATGAGCAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGGATGACCCCAAGCAGGATGAAGGATGACAGAGGATGAATAGGATGAGAGGATGAGAAAAGAGGATGAAGGATGACTTGGTATAGGATGATATGAGGATGACATACTTCACGTCGCTTAGGATGATAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGGATGAACAAGGATGAGAGGATGAAAGGATGAAGGATGACTCGAGGATGAAGGATGACAGGATGATAAAGGATGACAGGATGAAATAAGGATGATGAGGATGAAGGATGAGGTAGGATGAAGGATGACCAGGATGAAGGATGAGAGAGGATGATGCTGAGGATGATTAAGGGACAGGATGAAGGATGAGCCGTCTCCCTAGGATGAAGGATGAAGGATGACAGGATGACCTAAGGATGAAGGATGAAGGATGACTCAGGATGAAGGATGACCTAGGATGAAGATTCTAGGATGATAGGATGATTAGGATGATAAGGATGAAGGATGAAATAGGATGAATCGCCTTACCCCTCAAAGGATGAAGGATGACAGGATGAAGGATGAAAAGGATGACCCACAGGATGAGGAACCAGGATGAAGGATGAGGAGGATGAAGGATGATGAAGGATGAATGAGGATGAACGAGGATGAAAGGATGAACTCCTCAGGATGAACGGAAAGGATGAGAGGATGAAGGATGAGAACTGGGCAGGATGATAGGATGAACAAGGATGAATGTTTGAAGGATGAAGAGGATGAAGGATGATGTAGGATGAGAAGGATGAGCAAGGATGATCTAAGGATGAAAGGATGAGAAGGATGAGCAGGATGATTCAGGATGAAAAGAGGATGAAAGGATGATTAGGATGACTAATGAGGATGAATAGGATGACCAGGATGAAAGGATGACCAGGATGACAGGATGACCAAGGATGATGTAGGATGAAGGATGATAAGTGGTAGGATGAATGCATCTAGGATGAAGCAATAGGATGACGATAGGATGATAGTAGGATGAAGGATGAGAAGGATGAAAAACAGGAGGATGAAAGGATGATCCTGCAAGGATGACGAGGATGACGCAGGATGAGATTCGTGCGAAGGATGAAACATAGCCTCCTTCCACAGGATGATAGGATGACGTAGGATGAGTCGAGGATGACGGAAGGATGATAAGGATGAGCGATAGGATGAAGGATGAAGGATGAAGGATGATCCGGTGG'

res = find_positions(Pattern='CTTGATCAT',Genome=Vibrio_cholerae_Genome)
print(res)
print(f"Length: {len(res)}\n")

for i in res: print(i)