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# Les différents systèmes graphiques dont R dispose

<!-- KC: Développer la philosophie des différents packages sous R. -->

R dispose de nombreux outils pour faire un travail approfondi de visualisation
des données. Lorsque R est installé, nous avons à notre disposition de multiple
fonctionnalités pour créer, éditer et exporter des figures.
L'édition de graphique sous R peut être divisé en trois branches : d'un côté
l'approche développée dans le package _graphics_, celle du package _grid_ (qui inclus ggplot2) et une troisième, hétérogène, qui est l'ensemble des libraries qui utilisent d'autres languages, comme par exemple javascript, (et ainsi créer des figures dans un navigateur web).


<!-- KC ici je rajouterais un schéma de comment ça fonctionne -->

## Les étapes pour créer un graphique avec R


## Le système graphique du package _graphics_

Le package _graphics_ est une implémentation du système graphique historique de
_S_. Il s'agit, en effet, de la ré-écriture des fonctionnalités de la
bibliothèque GRZ pour les utiliser avec R. Ce travail a été en large partie mené
par Ross Ihaka, l'un des deux initiateurs de R. Avec ce package, nous pouvons
obtenir en très peu de lignes de commandes des graphiques tout à fait convenable
(grâce, par exemple, à la fonction _plot()_). Nous pouvons également travailler
par couches successive pour ajouter un à un les éléments du graphiques et
obtenir un rendu graphique plus aboutit. l'utilisation de _graphics_ est
répandue, simple, intuitive et sa puissance est souvent mésestimée. C'est pour
ces raisons que nous avons choisi de la détailler dans ce livre. De manière
générale, pour faire un graphique avec ce système on procède en trois
étapes\&nbsp:

1. On définit les paramètre graphiques globaux (fonction _par()_ voir chapitre)
2. On trace le plot ajoute la fonction que nous souhaitons (_plot()_, _boxplot()_,....)
3. On ajoute les différents éléments supplémentaire : points, lignes, textes, légendes.

Dans la suite, nous reprenons point par point ces différentes étapes. Une des
principales faiblesses de ce système réside dans la difficulté à changer les
éléments déjà placés. La plupart du temps, il est nécessaire de ré-exécuter tout
le code modifier. Ce système est riche en fonctionnalités et plusieurs package
de R utilise ce système pour implémenter des graphiques plus spécifiques. Le
package _plotrix_, développé par Jim Lemon, utilise _graphics_ et ajoute à
celui-ci de nombreux types de graphiques supplémentaires dont les graphiques en
co-ordonnées polaires.



## Le système graphique du package _grid_

Le package _grid_, que nous devons à Paul Murrel, est un système graphique puissant qui donne un cadre performant pour développer des graphiques précis. Il y a plusieurs éléments importants sur lesquels nous revenons en annexe. Le premier est le concept de _viewPort_ : il s'agit de zone rectangulaire qui sont définis dans l'espace et avec un système de co-ordonnées. Il est possible d'en utiliser autant que souhaité, elles peuvent se recouper ou non et posséder des paramètres. C'est en quelques sortes un ensemble très flexibles de calques. Il est possible de naviguer à travers pour placer à tout moment n'importe quel élément du future graphique. Le package _grid_  définis ces propres fonctions primitives pour dessiner points, lignes et polygones. En plus d'un affichage et contrairement à ce que nous avons dans le package _graphics_, dans _grid_, les objets affichés sont aussi des objets que l'on peut modifier à sa guise. Cela donne au package _grid_ une grande puissance. Il serait bien long de redévelopper chaque graphique avec grid et comparer _graphics_ et _grid_ est un peu bancal en se sens qu'il ne sont pas réellement implémenté et qu'il faut les faire à la main. Néanmoins c'est grâce à sa puissance que sont nés deux autres systèmes de graphique à succès. Le premier est le système développé par Deepayan Sarkar dans le package _lattice_. Le second est une implémentation de la grammaire des graphiques de (voir la section précédente), _ggplot2_ que nous devons à Hadley Wickham. Notez que depuis peu, _grid_ et _graphics_ ont été reliés partiellement grâce au package _gridGraphics_ qui permet d'écrire les fonctions graphics en _grid_.
Ces packages doivent beaucoup au travail de Paul Murrel dont le livre _R graphics_ [ref] et aussi un chapitre sur lattice demeure une référence pour approfondir l'édition de graphiques avec R.

Lorsque les graphiques sont produits que ce soit avec _grid_ ou _graphics_, pour les exporter dans différent format, on fait appel à un troisième package : _grDevices_.


## Les graphiques interactives

Les graphiques qui font appel à des bibliothèques JS.



## Interfaces


<!-- Permettrait de d'expliquer pourquoi on décompose -->