README.md

Generar arbol filogenetico

Requerimientos

• Se necesita tener docker instalado.

Como se usa

• Poner archivo Fasta (alineado o no) en la carpeta data
• Ejecutar ./phylogeneticTree.sh -f {nombreDelArchivoFasta} -b {numero}
• Al terminar dentro de la carpeta data se encontrara una carpeta output con el .treefile y el log de iqtree.
• Ir a la pagina https://hurrell-y-mottesi.github.io/phylogenetic-map
• cargar el archivo .treefile y un archivo de locación con el siguiente formato:

[
    {
        "seq": "header de la sequencia del archivo fasta",
        "name": "el nombre de la ciudad, EJ: Buenos Aires, Argentina"
    },
    ...
]