From 78517ea47a92b85af320bebcea0adbda84374f5e Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 18:49:34 -0500
Subject: [PATCH 01/37] chore: improve package's description

Ref: #206
---
 DESCRIPTION            | 10 ++++++++--
 man/sivirep-package.Rd |  2 +-
 2 files changed, 9 insertions(+), 3 deletions(-)

diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
index 6e8b3d15..34276ad5 100644
--- a/DESCRIPTION
+++ b/DESCRIPTION
@@ -30,8 +30,14 @@ Authors@R:
     person("International Development Research Center (IDRC)", role = "fnd"),
     person("Pontificia Universidad Javeriana", role = "cph")
   )
-Description: Data wrangling and generating automated reports from Colombia's 
-    epidemiological surveillance system, 'SIVIGILA'.
+Description: Data wrangling, pre-processing, and generating automated reports 
+    from Colombia's epidemiological surveillance system, 
+    'SIVIGILA' <https://portalsivigila.ins.gov.co/>. It provides a 
+    customizable R Markdown template for analysis and automatic 
+    generation of epidemiological reports that can be adapted to local, 
+    regional, and national contexts. This tool offers a standardized and 
+    reproducible workflow that helps to reduce manual labor and potential 
+    errors in report generation, improving their efficiency and consistency.
 License: MIT + file LICENSE
 Encoding: UTF-8
 LazyData: true
diff --git a/man/sivirep-package.Rd b/man/sivirep-package.Rd
index 850e4db3..dd20a5db 100644
--- a/man/sivirep-package.Rd
+++ b/man/sivirep-package.Rd
@@ -6,7 +6,7 @@
 \alias{sivirep-package}
 \title{sivirep: Data Wrangling and Automated Reports from 'SIVIGILA' Source}
 \description{
-Data wrangling and generating automated reports from Colombia's epidemiological surveillance system, 'SIVIGILA'.
+Data wrangling, pre-processing, and generating automated reports from Colombia's epidemiological surveillance system, 'SIVIGILA' \url{https://portalsivigila.ins.gov.co/}. It provides a customizable R Markdown template for analysis and automatic generation of epidemiological reports that can be adapted to local, regional, and national contexts. This tool offers a standardized and reproducible workflow that helps to reduce manual labor and potential errors in report generation, improving their efficiency and consistency.
 }
 \seealso{
 Useful links:

From 1b9089616142860d1b2838f7bae50ef6803b8b9e Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:09:45 -0500
Subject: [PATCH 02/37] feat(obtener_ruta_dir): add cache parameter

Ref: #206
---
 R/utils.R               | 13 +++++++------
 man/obtener_ruta_dir.Rd |  6 +++++-
 2 files changed, 12 insertions(+), 7 deletions(-)

diff --git a/R/utils.R b/R/utils.R
index 2c482f78..11c82be6 100644
--- a/R/utils.R
+++ b/R/utils.R
@@ -869,15 +869,16 @@ obtener_config_map <- function(data_agrupada, dpto, mpio,
 #' enfermedad.
 #' @keywords internal
 obtener_ruta_dir <- function(ruta_dir = NULL,
+                             cache = FALSE,
                              mensaje_error) {
-  if (is.null(ruta_dir)) {
+  if (cache) {
     ruta_dir <- tools::R_user_dir("sivirep", which = "cache")
-    if (!dir.exists(ruta_dir)) {
-      creado <- dir.create(ruta_dir, recursive = TRUE)
-      if (!creado) {
-        stop("Por favor indique en el parametro ruta_dir la ruta donde
+  }
+  if (!dir.exists(ruta_dir)) {
+    creado <- dir.create(ruta_dir, recursive = TRUE)
+    if (!creado) {
+      stop("Por favor indique en el parametro ruta_dir la ruta donde
              desea almacenar ", mensaje_error)
-      }
     }
   }
   return(ruta_dir)
diff --git a/man/obtener_ruta_dir.Rd b/man/obtener_ruta_dir.Rd
index 742cf042..7e829e41 100644
--- a/man/obtener_ruta_dir.Rd
+++ b/man/obtener_ruta_dir.Rd
@@ -5,13 +5,17 @@
 \title{Obtener la ruta del directorio donde se almacenarán
 los datos del evento o enfermedad}
 \usage{
-obtener_ruta_dir(ruta_dir = NULL, mensaje_error)
+obtener_ruta_dir(ruta_dir = NULL, cache = FALSE, mensaje_error)
 }
 \arguments{
 \item{ruta_dir}{Un `character` (cadena de caracteres) que contiene la ruta
 del directorio donde se almacenarán los datos del evento o enfermedad.
 Su valor por defecto es `NULL`.}
 
+\item{cache}{Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si los datos
+descargados deben ser almacenados en caché. Su valor por defecto
+es `FALSE`.}
+
 \item{mensaje_error}{Un `character` (cadena de caracteres) con
 el mensaje de error que se debe mostrar en caso de que no se
 encuentre la dirección del directorio especificada en el

From 1fab175de4de0523c42f9f74f8d2e5f8a3f1f564 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:12:05 -0500
Subject: [PATCH 03/37] feat: add ruta_dir parameter and use tempdir() in
 examples

Ref: #206
---
 R/checking_data.R              | 44 ++++++++++++++++++++++++----------
 man/calcular_incidencia.Rd     | 14 ++++++++---
 man/calcular_incidencia_geo.Rd | 11 +++++++--
 man/calcular_incidencia_sex.Rd | 11 +++++++--
 4 files changed, 61 insertions(+), 19 deletions(-)

diff --git a/R/checking_data.R b/R/checking_data.R
index 4843a6a7..7b22c30d 100644
--- a/R/checking_data.R
+++ b/R/checking_data.R
@@ -875,6 +875,9 @@ agrupar_per_etn <- function(data_event, cols_etn = "per_etn",
 #' las proyecciones poblaciones DANE. Si este parámetro está vacío, se importará
 #' la población a riesgo o las proyecciones, dependiendo de la disponibilidad de
 #' la información; su valor por defecto es `NULL`.
+#' @param ruta_dir Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
+#' del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
+#' poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
 #' @param cache Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si la población a
 #' riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser
 #' almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.
@@ -908,7 +911,8 @@ agrupar_per_etn <- function(data_event, cols_etn = "per_etn",
 #'   data_agrupada = data_agrupada_mpios,
 #'   poblacion = "proyecciones",
 #'   dpto = "05",
-#'   year = 2020
+#'   year = 2020,
+#'   cache = TRUE
 #' )
 #' # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por municipio
 #' calcular_incidencia(
@@ -916,22 +920,24 @@ agrupar_per_etn <- function(data_event, cols_etn = "per_etn",
 #'   poblacion = "proyecciones",
 #'   dpto = "Antioquia",
 #'   mpio = "05001",
-#'   year = 2020
+#'   year = 2020,
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' # Cálculo de la incidencia con población a riesgo para Colombia
 #' data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
 #' calcular_incidencia(
 #'   poblacion = "riesgo",
 #'   data_agrupada = data_agrupada_dptos,
-#'   year = 2020
+#'   year = 2020,
+#'   cache = TRUE
 #' )
 #' }
 #' @export
 calcular_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
-                                cache = FALSE, data_agrupada,
-                                poblacion = NULL, year = NULL,
-                                dpto = NULL, mpio = NULL,
-                                sex = NULL) {
+                                cache = FALSE, ruta_dir = NULL,
+                                data_agrupada, poblacion = NULL,
+                                year = NULL, dpto = NULL,
+                                mpio = NULL, sex = NULL) {
   validar_data_agrupada(data_agrupada)
   nombre_evento <- data_agrupada$nombre_evento[1]
   vals_event <-
@@ -949,6 +955,7 @@ calcular_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
       poblacion = poblacion,
       event = nombre_evento,
       year = year,
+      ruta_dir = ruta_dir,
       cache = cache
     )
   data_incidencia <- pop_incidencia$data_incidencia
@@ -1038,6 +1045,9 @@ calcular_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
 #' para todos los departamentos de Colombia o los municipios de un departamento.
 #' @param data_incidencia Un `data.frame` que contiene las proyecciones
 #' poblacionales del DANE; su valor por defecto es `NULL`.
+#' @param ruta_dir Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
+#' del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
+#' poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
 #' @param cache Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si la población a
 #' riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser
 #' almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.
@@ -1061,19 +1071,22 @@ calcular_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
 #' calcular_incidencia_geo(
 #'   poblacion = "riesgo",
 #'   data_agrupada = data_agrupada_mpios,
-#'   year = 2020
+#'   year = 2020,
+#'   cache = TRUE
 #' )
 #' data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
 #' # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales para Colombia
 #' calcular_incidencia_geo(
 #'   poblacion = "proyecciones",
 #'   data_agrupada = data_agrupada_dptos,
-#'   year = 2020
+#'   year = 2020,
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' }
 #' @export
 calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
                                     cache = FALSE,
+                                    ruta_dir = NULL,
                                     data_agrupada,
                                     poblacion = NULL,
                                     year = NULL) {
@@ -1095,6 +1108,7 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
       poblacion = poblacion,
       event = nombre_evento,
       year = year,
+      ruta_dir = ruta_dir,
       cache = cache
     )
   data_incidencia <- pop_incidencia$data_incidencia
@@ -1171,6 +1185,9 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
 #' por cada sexo.
 #' @param data_incidencia Un `data.frame` que contiene las proyecciones
 #' poblacionales del DANE; su valor por defecto es `NULL`.
+#' @param ruta_dir Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
+#' del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
+#' poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
 #' @param cache Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si la población a
 #' riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser
 #' almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.
@@ -1201,7 +1218,8 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
 #' calcular_incidencia_sex(
 #'   data_agrupada = data_agrupada,
 #'   dpto = "05",
-#'   year = 2020
+#'   year = 2020,
+#'   cache = TRUE
 #' )
 #' #' Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por sexo y
 #' # municipio
@@ -1213,11 +1231,13 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
 #' calcular_incidencia_sex(
 #'   data_agrupada = data_agrupada,
 #'   dpto = "05",
-#'   mpio = "Medellin"
+#'   mpio = "Medellin",
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' }
 #' @export
 calcular_incidencia_sex <- function(data_incidencia = NULL,
+                                    ruta_dir = NULL,
                                     cache = FALSE,
                                     data_agrupada,
                                     year = NULL, dpto = NULL,
@@ -1231,7 +1251,7 @@ calcular_incidencia_sex <- function(data_incidencia = NULL,
   if (is.null(data_incidencia)) {
     data_incidencia <-
       import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = year,
-                            cache = cache)
+                            cache = cache, ruta_dir = ruta_dir)
     message(
       "Las incidencias se calcularon con las proyecciones ",
       "poblacionales DANE. Si usted cuenta con la poblacion ",
diff --git a/man/calcular_incidencia.Rd b/man/calcular_incidencia.Rd
index 26b0543c..0520f0f1 100644
--- a/man/calcular_incidencia.Rd
+++ b/man/calcular_incidencia.Rd
@@ -7,6 +7,7 @@
 calcular_incidencia(
   data_incidencia = NULL,
   cache = FALSE,
+  ruta_dir = NULL,
   data_agrupada,
   poblacion = NULL,
   year = NULL,
@@ -25,6 +26,10 @@ la información; su valor por defecto es `NULL`.}
 riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser
 almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.}
 
+\item{ruta_dir}{Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
+del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
+poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.}
+
 \item{data_agrupada}{Un `data.frame` que contiene los datos de la enfermedad
 agrupados por departamento o municipio y número de casos.}
 
@@ -67,7 +72,8 @@ calcular_incidencia(
   data_agrupada = data_agrupada_mpios,
   poblacion = "proyecciones",
   dpto = "05",
-  year = 2020
+  year = 2020,
+  cache = TRUE
 )
 # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por municipio
 calcular_incidencia(
@@ -75,14 +81,16 @@ calcular_incidencia(
   poblacion = "proyecciones",
   dpto = "Antioquia",
   mpio = "05001",
-  year = 2020
+  year = 2020,
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 # Cálculo de la incidencia con población a riesgo para Colombia
 data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
 calcular_incidencia(
   poblacion = "riesgo",
   data_agrupada = data_agrupada_dptos,
-  year = 2020
+  year = 2020,
+  cache = TRUE
 )
 }
 }
diff --git a/man/calcular_incidencia_geo.Rd b/man/calcular_incidencia_geo.Rd
index 3aa9acb2..cc5af8c0 100644
--- a/man/calcular_incidencia_geo.Rd
+++ b/man/calcular_incidencia_geo.Rd
@@ -7,6 +7,7 @@
 calcular_incidencia_geo(
   data_incidencia = NULL,
   cache = FALSE,
+  ruta_dir = NULL,
   data_agrupada,
   poblacion = NULL,
   year = NULL
@@ -20,6 +21,10 @@ poblacionales del DANE; su valor por defecto es `NULL`.}
 riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser
 almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.}
 
+\item{ruta_dir}{Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
+del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
+poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.}
+
 \item{data_agrupada}{Un `data.frame` que contiene los datos de la enfermedad
 agrupados por departamento o municipio y número de casos.}
 
@@ -49,14 +54,16 @@ data_agrupada_mpios <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
 calcular_incidencia_geo(
   poblacion = "riesgo",
   data_agrupada = data_agrupada_mpios,
-  year = 2020
+  year = 2020,
+  cache = TRUE
 )
 data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
 # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales para Colombia
 calcular_incidencia_geo(
   poblacion = "proyecciones",
   data_agrupada = data_agrupada_dptos,
-  year = 2020
+  year = 2020,
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 }
 }
diff --git a/man/calcular_incidencia_sex.Rd b/man/calcular_incidencia_sex.Rd
index 7a8f07c0..cbfad67c 100644
--- a/man/calcular_incidencia_sex.Rd
+++ b/man/calcular_incidencia_sex.Rd
@@ -6,6 +6,7 @@
 \usage{
 calcular_incidencia_sex(
   data_incidencia = NULL,
+  ruta_dir = NULL,
   cache = FALSE,
   data_agrupada,
   year = NULL,
@@ -17,6 +18,10 @@ calcular_incidencia_sex(
 \item{data_incidencia}{Un `data.frame` que contiene las proyecciones
 poblacionales del DANE; su valor por defecto es `NULL`.}
 
+\item{ruta_dir}{Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
+del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
+poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.}
+
 \item{cache}{Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si la población a
 riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser
 almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.}
@@ -59,7 +64,8 @@ data_agrupada <- agrupar_sex(data_filtrada)
 calcular_incidencia_sex(
   data_agrupada = data_agrupada,
   dpto = "05",
-  year = 2020
+  year = 2020,
+  cache = TRUE
 )
 #' Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por sexo y
 # municipio
@@ -71,7 +77,8 @@ data_filtrada <- geo_filtro(
 calcular_incidencia_sex(
   data_agrupada = data_agrupada,
   dpto = "05",
-  mpio = "Medellin"
+  mpio = "Medellin",
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 }
 }

From 0f899aae20aba8a11b8235287967b728064aa01e Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:14:48 -0500
Subject: [PATCH 04/37] chore: wrap examples with donttest

Ref: #206
---
 R/import_data.R        | 2 ++
 man/import_geo_cods.Rd | 2 ++
 2 files changed, 4 insertions(+)

diff --git a/R/import_data.R b/R/import_data.R
index ac9287f0..f262ad15 100644
--- a/R/import_data.R
+++ b/R/import_data.R
@@ -53,7 +53,9 @@ realizar_peticion_http <- function(url) {
 #' @return Un `data.frame` con los nombres y códigos de los departamentos
 #' y municipios de Colombia.
 #' @examples
+#' \donttest{
 #' import_geo_cods(descargar = FALSE)
+#' }
 #' @export
 import_geo_cods <- function(descargar = FALSE) {
   stopifnot("El parametro descargar debe ser un booleano"
diff --git a/man/import_geo_cods.Rd b/man/import_geo_cods.Rd
index 41623e01..5be1d4d2 100644
--- a/man/import_geo_cods.Rd
+++ b/man/import_geo_cods.Rd
@@ -20,5 +20,7 @@ Función que importa los nombres y códigos de
 los departamentos y municipios de Colombia a través de una URL.
 }
 \examples{
+\donttest{
 import_geo_cods(descargar = FALSE)
 }
+}

From 9462e083f1885a931ecf5e7d54f55a44d483b3d6 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:16:39 -0500
Subject: [PATCH 05/37] chore: replace dontrun with dontest in examples

Ref: #206
---
 R/import_data.R    | 10 +++++++---
 man/list_events.Rd |  6 ++++--
 2 files changed, 11 insertions(+), 5 deletions(-)

diff --git a/R/import_data.R b/R/import_data.R
index f262ad15..aea77dd1 100644
--- a/R/import_data.R
+++ b/R/import_data.R
@@ -79,8 +79,10 @@ import_geo_cods <- function(descargar = FALSE) {
 #' @return Una `list` con las enfermedades y los años disponibles
 #' para su descarga desde los microdatos del SIVIGILA.
 #' @examples
-#' \dontrun{
-#' list_events()
+#' \donttest{
+#' if (interactive()) {
+#'   list_events()
+#'  }
 #' }
 #' @export
 list_events <- function() {
@@ -160,7 +162,8 @@ list_events <- function() {
 #' @return Un `data.frame` con los datos del año de la enfermedad o evento
 #' seleccionado desde los microdatos del SIVIGILA.
 #' @examples
-#' \dontrun{
+#' \donttest{
+#' if (interactive()) {
 #' import_data_event(nombre_event = "DENGUE",
 #'                   years = 2020,
 #'                   cache = TRUE)
@@ -170,6 +173,7 @@ list_events <- function() {
 #' import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
 #'                   years = seq(2018, 2020),
 #'                   cache = TRUE)
+#'  }
 #' }
 #' @export
 import_data_event <- function(nombre_event,
diff --git a/man/list_events.Rd b/man/list_events.Rd
index d98d5c26..dce5b34a 100644
--- a/man/list_events.Rd
+++ b/man/list_events.Rd
@@ -16,7 +16,9 @@ Función que obtiene las enfermedades y los años
 disponibles para su descarga desde los microdatos del SIVIGILA.
 }
 \examples{
-\dontrun{
-list_events()
+\donttest{
+if (interactive()) {
+  list_events()
+ }
 }
 }

From 9ec3855127d0d313e8734e69013fca334c7ca2ff Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:18:14 -0500
Subject: [PATCH 06/37] chore: use ruta_dir = tempdir() and cache paramer in
 examples

Ref: #206
---
 R/import_data.R                | 34 +++++++++++++++++++---------------
 man/import_data_event.Rd       |  6 ++++--
 man/import_pob_incidencia.Rd   |  8 +++++---
 man/import_pob_proyecciones.Rd |  2 +-
 man/import_pob_riesgo.Rd       |  2 +-
 5 files changed, 30 insertions(+), 22 deletions(-)

diff --git a/R/import_data.R b/R/import_data.R
index aea77dd1..4cca057c 100644
--- a/R/import_data.R
+++ b/R/import_data.R
@@ -169,7 +169,7 @@ list_events <- function() {
 #'                   cache = TRUE)
 #' import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
 #'                   years = c(2019, 2020),
-#'                   cache = TRUE)
+#'                   ruta_dir = tempdir())
 #' import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
 #'                   years = seq(2018, 2020),
 #'                   cache = TRUE)
@@ -260,8 +260,8 @@ import_sep_data <- function(ruta_data = NULL,
                             cache = FALSE) {
   data_archivo <- data.frame()
   ruta_dir <-
-    obtener_ruta_dir(ruta_dir,
-                     "los datos de la enfermedad o evento")
+    obtener_ruta_dir(ruta_dir = ruta_dir, cache = cache,
+                     mensaje_error = "los datos de la enfermedad o evento")
   if (!dir.exists(ruta_dir)) {
     stop("La ruta ingresada en el parametro ruta_dir no existe")
   }
@@ -320,9 +320,11 @@ import_sep_data <- function(ruta_data = NULL,
 #' @examples
 #'  \donttest{
 #' # Importación proyecciones poblaciones DANE
-#' import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = 2020)
+#' import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = 2020,
+#'                       cache = TRUE)
 #' # Importación población a riesgo de Dengue del año 2020
-#' import_pob_incidencia(poblacion = "riesgo", event = "dengue", year = 2020)
+#' import_pob_incidencia(poblacion = "riesgo", event = "dengue", year = 2020,
+#'                       ruta_dir = tempdir())
 #' }
 #' @export
 import_pob_incidencia <- function(
@@ -339,9 +341,11 @@ import_pob_incidencia <- function(
   poblacion <- match.arg(poblacion)
 
     if (poblacion == "proyecciones") {
-    poblacion <- import_pob_proyecciones(year = year)
+    poblacion <- import_pob_proyecciones(year = year, cache = cache,
+                                         ruta_dir = ruta_dir)
   } else {
-    poblacion <- import_pob_riesgo(event = event, year = year)
+    poblacion <- import_pob_riesgo(event = event, year = year, cache = cache,
+                                   ruta_dir = ruta_dir)
   }
   return(poblacion)
 }
@@ -355,7 +359,7 @@ import_pob_incidencia <- function(
 #' @return Un `data.frame` con las proyecciones poblacionales DANE.
 #' @examples
 #' \donttest{
-#' import_pob_proyecciones(year = 2020)
+#' import_pob_proyecciones(year = 2020, ruta_dir = tempdir())
 #' }
 #' @export
 import_pob_proyecciones <- function(year,
@@ -372,8 +376,8 @@ import_pob_proyecciones <- function(year,
                          stringr::fixed("{year}"),
                          year)
   ruta_dir <-
-    obtener_ruta_dir(ruta_dir,
-                     "las proyeciones poblacionales DANE")
+    obtener_ruta_dir(ruta_dir = ruta_dir, cache = cache,
+                     mensaje_error = "las proyeciones poblacionales DANE")
   ruta_proyecs <- file.path(ruta_dir,
                             paste0(nomb_proyecs,
                                    ruta_proyecciones$extension))
@@ -401,7 +405,7 @@ import_pob_proyecciones <- function(year,
 #' @return Un `data.frame` con la población a riesgo de un año específico.
 #' @examples
 #' \donttest{
-#' import_pob_riesgo(event = "Dengue", year = 2020)
+#' import_pob_riesgo(event = "Dengue", year = 2020, ruta_dir = tempdir())
 #' }
 #' @export
 import_pob_riesgo <- function(event, year,
@@ -417,8 +421,8 @@ import_pob_riesgo <- function(event, year,
   etiqueta_year <- obtener_val_config("label_year")
   etiqueta_year <- paste0(tolower(etiqueta_year), "s")
   ruta_dir <-
-    obtener_ruta_dir(ruta_dir,
-                     "las poblaciones a riesgo")
+    obtener_ruta_dir(ruta_dir = ruta_dir, cache = cache,
+                     mensaje_error = "las poblaciones a riesgo")
   pop_event <- NULL
   years_disponibles <- NULL
   pob_riesgo_event <- NULL
@@ -477,8 +481,8 @@ import_pob_riesgo <- function(event, year,
 #' @keywords internal
 import_shape_map <- function(ruta_dir = NULL,
                              cache = FALSE) {
-  ruta_dir <- obtener_ruta_dir(ruta_dir = ruta_dir,
-                               "el Shapefile del mapa")
+  ruta_dir <- obtener_ruta_dir(ruta_dir = ruta_dir, cache = cache,
+                               mensaje_error = "el Shapefile del mapa")
   archivo_zip <- obtener_val_config("map_shape_zip_file")
   ruta_zip <- file.path(ruta_dir, archivo_zip)
   if (!file.exists(ruta_zip)) {
diff --git a/man/import_data_event.Rd b/man/import_data_event.Rd
index 646b0fdc..0ada0133 100644
--- a/man/import_data_event.Rd
+++ b/man/import_data_event.Rd
@@ -31,15 +31,17 @@ Función que importa los datos de una enfermedad o evento por
 año desde los microdatos del SIVIGILA.
 }
 \examples{
-\dontrun{
+\donttest{
+if (interactive()) {
 import_data_event(nombre_event = "DENGUE",
                   years = 2020,
                   cache = TRUE)
 import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
                   years = c(2019, 2020),
-                  cache = TRUE)
+                  ruta_dir = tempdir())
 import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
                   years = seq(2018, 2020),
                   cache = TRUE)
+ }
 }
 }
diff --git a/man/import_pob_incidencia.Rd b/man/import_pob_incidencia.Rd
index c191e52a..cb4db658 100644
--- a/man/import_pob_incidencia.Rd
+++ b/man/import_pob_incidencia.Rd
@@ -9,7 +9,7 @@ import_pob_incidencia(
   event,
   year,
   ruta_dir = NULL,
-  cache = NULL
+  cache = FALSE
 )
 }
 \arguments{
@@ -45,8 +45,10 @@ el 2035.
 \examples{
  \donttest{
 # Importación proyecciones poblaciones DANE
-import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = 2020)
+import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = 2020,
+                      cache = TRUE)
 # Importación población a riesgo de Dengue del año 2020
-import_pob_incidencia(poblacion = "riesgo", event = "dengue", year = 2020)
+import_pob_incidencia(poblacion = "riesgo", event = "dengue", year = 2020,
+                      ruta_dir = tempdir())
 }
 }
diff --git a/man/import_pob_proyecciones.Rd b/man/import_pob_proyecciones.Rd
index 7c26f69c..7d69f18a 100644
--- a/man/import_pob_proyecciones.Rd
+++ b/man/import_pob_proyecciones.Rd
@@ -27,6 +27,6 @@ DANE desde el año 2005 hasta el 2035.
 }
 \examples{
 \donttest{
-import_pob_proyecciones(year = 2020)
+import_pob_proyecciones(year = 2020, ruta_dir = tempdir())
 }
 }
diff --git a/man/import_pob_riesgo.Rd b/man/import_pob_riesgo.Rd
index 79a6503e..12a84cdd 100644
--- a/man/import_pob_riesgo.Rd
+++ b/man/import_pob_riesgo.Rd
@@ -30,6 +30,6 @@ o enfermedad para un año específico.
 }
 \examples{
 \donttest{
-import_pob_riesgo(event = "Dengue", year = 2020)
+import_pob_riesgo(event = "Dengue", year = 2020, ruta_dir = tempdir())
 }
 }

From 92da1b1730feb9675d30a73851fc7f9d51dceb80 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:18:33 -0500
Subject: [PATCH 07/37] chore: set cache = FALSE

Ref: #206
---
 R/import_data.R | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/R/import_data.R b/R/import_data.R
index 4cca057c..b7f51906 100644
--- a/R/import_data.R
+++ b/R/import_data.R
@@ -332,7 +332,7 @@ import_pob_incidencia <- function(
     event,
     year,
     ruta_dir = NULL,
-    cache = NULL
+    cache = FALSE
   ) {
   stopifnot("El parametro poblacion no debe estar vacio" =
               !missing(poblacion),

From 071e2bd66860383fcbe68c84590f76ce45f7ad5a Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:19:14 -0500
Subject: [PATCH 08/37] chore(plot_fecha_ini): wrap example with donttest

Ref: #206
---
 R/plotting.R                  | 2 ++
 man/plot_fecha_inisintomas.Rd | 2 ++
 2 files changed, 4 insertions(+)

diff --git a/R/plotting.R b/R/plotting.R
index 337170b5..d14f7878 100644
--- a/R/plotting.R
+++ b/R/plotting.R
@@ -230,6 +230,7 @@ plot_map <- function(data_agrupada,
 #' @return Un `plot` o gráfico de la distribución de casos por fecha de inicio
 #' de síntomas.
 #' @examples
+#' \donttest{
 #' data(dengue2020)
 #' data_limpia <- limpiar_data_sivigila(dengue2020)
 #' data_agrupada <- agrupar_fecha_inisintomas(
@@ -240,6 +241,7 @@ plot_map <- function(data_agrupada,
 #'   col_fecha = "ini_sin",
 #'   uni_marca = "semanaepi"
 #' )
+#' }
 #' @export
 plot_fecha_inisintomas <- function(data_agrupada,
                                    col_fecha = "ini_sin",
diff --git a/man/plot_fecha_inisintomas.Rd b/man/plot_fecha_inisintomas.Rd
index cd7c513a..41f7ddc0 100644
--- a/man/plot_fecha_inisintomas.Rd
+++ b/man/plot_fecha_inisintomas.Rd
@@ -41,6 +41,7 @@ Función que genera un gráfico de distribución de casos
 por fecha de inicio de síntomas.
 }
 \examples{
+\donttest{
 data(dengue2020)
 data_limpia <- limpiar_data_sivigila(dengue2020)
 data_agrupada <- agrupar_fecha_inisintomas(
@@ -52,3 +53,4 @@ plot_fecha_inisintomas(
   uni_marca = "semanaepi"
 )
 }
+}

From 88bdc8907b66f68c692e0392ed63c4e5f07d17b7 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:20:07 -0500
Subject: [PATCH 09/37] chore(plot): use ruta_dir = tempdir() and cache param
 in examples

Ref: #206
---
 R/plotting.R                     | 21 ++++++++++++++-------
 man/plot_map.Rd                  | 15 ++++++++++-----
 man/plot_tabla_incidencia_geo.Rd |  3 ++-
 man/plot_tabla_incidencia_sex.Rd |  3 ++-
 4 files changed, 28 insertions(+), 14 deletions(-)

diff --git a/R/plotting.R b/R/plotting.R
index d14f7878..4ffd295c 100644
--- a/R/plotting.R
+++ b/R/plotting.R
@@ -31,7 +31,8 @@
 #'                               geo_ocurrencia[1:4])
 #' plot_map(
 #'   data_agrupada = data_espacial,
-#'   col_distribucion = "casos"
+#'   col_distribucion = "casos",
+#'   cache = TRUE
 #' )
 #' # Mapa por municipios de un departamento especifico
 #' data_filtrada_dpto <- geo_filtro(
@@ -42,7 +43,8 @@
 #' plot_map(
 #'   data_agrupada = data_espacial_dpto,
 #'   col_codigos = "cod_mun_o",
-#'   col_distribucion = "casos"
+#'   col_distribucion = "casos",
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' # Mapa por municipio especifico
 #' data_filtrada_mpio <- geo_filtro(
@@ -56,15 +58,18 @@
 #'   col_codigos = "cod_mun_o",
 #'   col_distribucion = "casos",
 #'   dpto = "Antioquia",
-#'   mpio = "Medellin"
+#'   mpio = "Medellin",
+#'   cache = TRUE
 #' )
 #' # Mapa con la incidencia por municipios de un departamento específico
 #' incidencia_dpto <-
-#'   calcular_incidencia_geo(data_agrupada = data_espacial_dpto)
+#'   calcular_incidencia_geo(data_agrupada = data_espacial_dpto,
+#'                           ruta_dir = tempdir())
 #' plot_map(
 #'   data_agrupada = incidencia_dpto$data_incidencia,
 #'   col_codigos = "cod_mun_o",
-#'   col_distribucion = "incidencia"
+#'   col_distribucion = "incidencia",
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' }
 #' @export
@@ -1344,7 +1349,8 @@ plot_per_etn <- function(data_agrupada,
 #' data_agrupada <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
 #' incidencia_mpios <- calcular_incidencia_geo(
 #'   data_agrupada =
-#'     data_agrupada
+#'     data_agrupada,
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' plot_tabla_incidencia_geo(
 #'   data_agrupada = incidencia_mpios$data_incidencia,
@@ -1426,7 +1432,8 @@ plot_tabla_incidencia_geo <- function(data_agrupada,
 #' incidencia_mpios <-
 #'   calcular_incidencia_sex(
 #'     data_agrupada = data_agrupada_sex,
-#'     dpto = "Antioquia"
+#'     dpto = "Antioquia",
+#'     ruta_dir = tempdir()
 #'   )
 #' plot_tabla_incidencia_sex(
 #'   data_agrupada = incidencia_mpios$data_incidencia,
diff --git a/man/plot_map.Rd b/man/plot_map.Rd
index 6acd54fb..3957f4c9 100644
--- a/man/plot_map.Rd
+++ b/man/plot_map.Rd
@@ -65,7 +65,8 @@ data_espacial <- agrupar_dpto(data_event = data_estandar,
                               geo_ocurrencia[1:4])
 plot_map(
   data_agrupada = data_espacial,
-  col_distribucion = "casos"
+  col_distribucion = "casos",
+  cache = TRUE
 )
 # Mapa por municipios de un departamento especifico
 data_filtrada_dpto <- geo_filtro(
@@ -76,7 +77,8 @@ data_espacial_dpto <- agrupar_mpio(data_event = data_filtrada_dpto)
 plot_map(
   data_agrupada = data_espacial_dpto,
   col_codigos = "cod_mun_o",
-  col_distribucion = "casos"
+  col_distribucion = "casos",
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 # Mapa por municipio especifico
 data_filtrada_mpio <- geo_filtro(
@@ -90,15 +92,18 @@ plot_map(
   col_codigos = "cod_mun_o",
   col_distribucion = "casos",
   dpto = "Antioquia",
-  mpio = "Medellin"
+  mpio = "Medellin",
+  cache = TRUE
 )
 # Mapa con la incidencia por municipios de un departamento específico
 incidencia_dpto <-
-  calcular_incidencia_geo(data_agrupada = data_espacial_dpto)
+  calcular_incidencia_geo(data_agrupada = data_espacial_dpto,
+                          ruta_dir = tempdir())
 plot_map(
   data_agrupada = incidencia_dpto$data_incidencia,
   col_codigos = "cod_mun_o",
-  col_distribucion = "incidencia"
+  col_distribucion = "incidencia",
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 }
 }
diff --git a/man/plot_tabla_incidencia_geo.Rd b/man/plot_tabla_incidencia_geo.Rd
index d54167cc..33c6fb6e 100644
--- a/man/plot_tabla_incidencia_geo.Rd
+++ b/man/plot_tabla_incidencia_geo.Rd
@@ -30,7 +30,8 @@ data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = dengue2020)
 data_agrupada <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
 incidencia_mpios <- calcular_incidencia_geo(
   data_agrupada =
-    data_agrupada
+    data_agrupada,
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 plot_tabla_incidencia_geo(
   data_agrupada = incidencia_mpios$data_incidencia,
diff --git a/man/plot_tabla_incidencia_sex.Rd b/man/plot_tabla_incidencia_sex.Rd
index b5a6d3b5..5db7bf2b 100644
--- a/man/plot_tabla_incidencia_sex.Rd
+++ b/man/plot_tabla_incidencia_sex.Rd
@@ -29,7 +29,8 @@ data_agrupada_sex <- agrupar_sex(data_limpia)
 incidencia_mpios <-
   calcular_incidencia_sex(
     data_agrupada = data_agrupada_sex,
-    dpto = "Antioquia"
+    dpto = "Antioquia",
+    ruta_dir = tempdir()
   )
 plot_tabla_incidencia_sex(
   data_agrupada = incidencia_mpios$data_incidencia,

From 63ddc0204790fc9a8caa76311ba9c92dc83e7c3b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:21:04 -0500
Subject: [PATCH 10/37] chore(plot_year): replace dontrun with donttest in
 examples

Ref: #206
---
 R/plotting.R      | 11 +++++------
 man/plot_years.Rd | 11 +++++------
 2 files changed, 10 insertions(+), 12 deletions(-)

diff --git a/R/plotting.R b/R/plotting.R
index 4ffd295c..a4691bd8 100644
--- a/R/plotting.R
+++ b/R/plotting.R
@@ -1063,16 +1063,15 @@ plot_tabla_tipos_event <- function(data_agrupada,
 #' plot_years(data_agrupada,
 #'   col_year = "ano"
 #' )
-#' \dontrun{
+#' \donttest{
+#' if (interactive()) {
 #' data_years <- import_data_event(
 #'   nombre_event = "CHAGAS",
-#'   years = c(2019, 2020),
-#' )
+#'   years = c(2019, 2020))
 #' data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_years)
 #' data_agrupada <- agrupar_years(data_event = data_limpia)
-#' plot_years(data_agrupada,
-#'   col_year = "ano"
-#' )
+#' plot_years(data_agrupada, col_year = "ano")
+#'  }
 #' }
 #' @export
 plot_years <- function(data_agrupada,
diff --git a/man/plot_years.Rd b/man/plot_years.Rd
index fe62f593..98aff40b 100644
--- a/man/plot_years.Rd
+++ b/man/plot_years.Rd
@@ -32,15 +32,14 @@ data_agrupada <- agrupar_years(data_event = data_limpia)
 plot_years(data_agrupada,
   col_year = "ano"
 )
-\dontrun{
+\donttest{
+if (interactive()) {
 data_years <- import_data_event(
   nombre_event = "CHAGAS",
-  years = c(2019, 2020),
-)
+  years = c(2019, 2020))
 data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_years)
 data_agrupada <- agrupar_years(data_event = data_limpia)
-plot_years(data_agrupada,
-  col_year = "ano"
-)
+plot_years(data_agrupada, col_year = "ano")
+ }
 }
 }

From ecf71cceccc9ebe97e73ec74079f7f94e7e9a1a2 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:22:11 -0500
Subject: [PATCH 11/37] chore: add ruta_dir parameter to invoke
 import_pob_incidencia

Ref: #206
---
 R/utils.R | 7 +++++--
 1 file changed, 5 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/R/utils.R b/R/utils.R
index 11c82be6..6c0b9583 100644
--- a/R/utils.R
+++ b/R/utils.R
@@ -596,7 +596,9 @@ obtener_pob_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
     data_incidencia <- import_pob_incidencia(
       poblacion = poblacion,
       event = event,
-      year = year
+      year = year,
+      cache = cache,
+      ruta_dir = ruta_dir
     )
     if (poblacion == "riesgo") {
       if (!is.null(data_incidencia)) {
@@ -610,7 +612,8 @@ obtener_pob_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
         data_incidencia <- import_pob_incidencia(
           poblacion = poblacion,
           cache = cache,
-          year = year
+          year = year,
+          ruta_dir = ruta_dir
         )
         message(
           "Las incidencias se calcularon con las proyecciones ",

From 2f91cb39f5c8edc728dcfd489ed7d5888e98d5e8 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 19:23:07 -0500
Subject: [PATCH 12/37] test: use ruta_dir = tempdir() to invoke import
 function

Ref: #206
---
 tests/testthat/test-incidencia.R |  6 ++++--
 tests/testthat/test-map.R        | 30 ++++++++++++++++++++----------
 2 files changed, 24 insertions(+), 12 deletions(-)

diff --git a/tests/testthat/test-incidencia.R b/tests/testthat/test-incidencia.R
index 8b8ef073..f34c9092 100644
--- a/tests/testthat/test-incidencia.R
+++ b/tests/testthat/test-incidencia.R
@@ -9,7 +9,8 @@ test_that("`incidencia_geo` funciona correctamente", {
   incidencia_mpios <- calcular_incidencia_geo(
     data_agrupada =
       data_agrupada,
-    year = 2020
+    year = 2020,
+    ruta_dir = tempdir()
   )$data_incidencia
 
   expect_s3_class(incidencia_mpios, "data.frame")
@@ -54,7 +55,8 @@ test_that("`incidencia_sex` funciona correctamente", {
   incidencia_sex <-
     calcular_incidencia_sex(
       data_agrupada = data_agrupada,
-      dpto = "Antioquia"
+      dpto = "Antioquia",
+      ruta_dir = tempdir()
     )$data_incidencia
 
   expect_s3_class(incidencia_sex, "data.frame")
diff --git a/tests/testthat/test-map.R b/tests/testthat/test-map.R
index 16c706aa..70ecb4c9 100644
--- a/tests/testthat/test-map.R
+++ b/tests/testthat/test-map.R
@@ -10,7 +10,8 @@ test_that("`mapa` maneja errores correctamente", {
     "El parametro data_agrupada debe ser un data.frame"
   )
   expect_error(
-    plot_map(data_agrupada = data_limpia, fuente_data = 1),
+    plot_map(data_agrupada = data_limpia, fuente_data = 1,
+             ruta_dir = tempdir()),
     "El parametro fuente_data debe ser un cadena de caracteres"
   )
 })
@@ -29,7 +30,8 @@ test_that("`mapa_colombia` funciona correctamente", {
 
   map <- plot_map(
     data_agrupada = data_espacial,
-    col_distribucion = "casos"
+    col_distribucion = "casos",
+    ruta_dir = tempdir()
   )
 
   expect_s3_class(map, "ggplot")
@@ -55,7 +57,8 @@ test_that("`mapa_dpto` funciona correctamente", {
   map <- plot_map(
     data_agrupada = data_espacial_dpto,
     col_codigos = "cod_mun_o",
-    col_distribucion = "casos"
+    col_distribucion = "casos",
+    ruta_dir = tempdir()
   )
 
   expect_s3_class(map, "ggplot")
@@ -83,7 +86,8 @@ test_that("`mapa_mpio` funciona correctamente", {
     data_agrupada = data_espacial_mpio,
     col_distribucion = "casos",
     dpto = "Antioquia",
-    mpio = "Envigado"
+    mpio = "Envigado",
+    ruta_dir = tempdir()
   )
 
   expect_s3_class(map, "ggplot")
@@ -94,7 +98,8 @@ test_that("`mapa_indicidencia_colombia` funciona correctamente", {
                                 geo_ocurrencia[1:4])
   incidencia_dptos <- calcular_incidencia_geo(
     data_agrupada =
-      data_agrupada
+      data_agrupada,
+    ruta_dir = tempdir()
   )$data_incidencia
   expect_s3_class(incidencia_dptos, "data.frame")
   expect_true("cod_eve" %in% names(incidencia_dptos))
@@ -104,7 +109,8 @@ test_that("`mapa_indicidencia_colombia` funciona correctamente", {
   expect_true("casos" %in% names(incidencia_dptos))
   expect_true("incidencia" %in% names(incidencia_dptos))
 
-  map <- plot_map(data_agrupada = incidencia_dptos)
+  map <- plot_map(data_agrupada = incidencia_dptos,
+                  ruta_dir = tempdir())
   expect_s3_class(map, "ggplot")
 })
 
@@ -115,7 +121,8 @@ test_that("`mapa_indicidencia_dpto` funciona correctamente", {
   )
   incidencia_dpto <- calcular_incidencia_geo(
     data_agrupada =
-      data_agrupada
+      data_agrupada,
+    ruta_dir = tempdir()
   )$data_incidencia
   expect_s3_class(incidencia_dpto, "data.frame")
   expect_true("nombre_evento" %in% names(incidencia_dpto))
@@ -126,7 +133,8 @@ test_that("`mapa_indicidencia_dpto` funciona correctamente", {
   expect_true("casos" %in% names(incidencia_dpto))
   expect_true("incidencia" %in% names(incidencia_dpto))
 
-  map <- plot_map(data_agrupada = incidencia_dpto)
+  map <- plot_map(data_agrupada = incidencia_dpto,
+                  ruta_dir = tempdir())
   expect_s3_class(map, "ggplot")
 })
 
@@ -142,7 +150,8 @@ test_that("`mapa_indicidencia_mpio` funciona correctamente", {
   )
   incidencia_mpio <- calcular_incidencia_geo(
     data_agrupada =
-      data_agrupada
+      data_agrupada,
+    ruta_dir = tempdir()
   )$data_incidencia
   expect_s3_class(incidencia_mpio, "data.frame")
   expect_true("nombre_evento" %in% names(incidencia_mpio))
@@ -153,6 +162,7 @@ test_that("`mapa_indicidencia_mpio` funciona correctamente", {
   expect_true("casos" %in% names(incidencia_mpio))
   expect_true("incidencia" %in% names(incidencia_mpio))
 
-  map <- plot_map(data_agrupada = incidencia_mpio)
+  map <- plot_map(data_agrupada = incidencia_mpio,
+                  ruta_dir = tempdir())
   expect_s3_class(map, "ggplot")
 })

From fe96282c7382a756e6212328116163aba6337259 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 20:12:54 -0500
Subject: [PATCH 13/37] chore(custom_analysis): add cache parameter

Ref: #206
---
 vignettes/articles/custom_analysis.Rmd | 3 ++-
 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/vignettes/articles/custom_analysis.Rmd b/vignettes/articles/custom_analysis.Rmd
index b348d744..d0d60c87 100644
--- a/vignettes/articles/custom_analysis.Rmd
+++ b/vignettes/articles/custom_analysis.Rmd
@@ -46,7 +46,8 @@ parametrizado basado en la enfermedad y el año.
 ```{r import-data-event}
 data_event <- import_data_event(
   year = 2020,
-  nombre_event = "Dengue"
+  nombre_event = "Dengue",
+  cache = TRUE
 )
 ```
 

From 69b0c683c431e9306e3b692af2f6faf43e9e09f7 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Tue, 12 Nov 2024 21:51:20 -0500
Subject: [PATCH 14/37] chore(custom_analysis): add cache parameter

Ref: #206
---
 vignettes/articles/custom_analysis.Rmd | 3 ++-
 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/vignettes/articles/custom_analysis.Rmd b/vignettes/articles/custom_analysis.Rmd
index d0d60c87..0069f49e 100644
--- a/vignettes/articles/custom_analysis.Rmd
+++ b/vignettes/articles/custom_analysis.Rmd
@@ -264,7 +264,8 @@ departamentos y municipios.
 ```{r plot-mapa, results = 'hide', echo = TRUE, error = FALSE, warning = FALSE, include = FALSE, message = FALSE}
 mapa <- plot_map(
   data_agrupada = dist_esp_dept, dpto = "Choco",
-  col_distribucion = "casos"
+  col_distribucion = "casos",
+  cache = TRUE
 )
 ```
 

From 1b754795fa70a64895b991bdd7eaec9c0d63cc5d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Wed, 13 Nov 2024 15:35:00 -0500
Subject: [PATCH 15/37] feat(incidence): add cache and ruta_dir parameter

Ref: #206
---
 R/checking_data.R | 12 ++++++++----
 1 file changed, 8 insertions(+), 4 deletions(-)

diff --git a/R/checking_data.R b/R/checking_data.R
index 7b22c30d..257a088b 100644
--- a/R/checking_data.R
+++ b/R/checking_data.R
@@ -1108,8 +1108,8 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
       poblacion = poblacion,
       event = nombre_evento,
       year = year,
-      ruta_dir = ruta_dir,
-      cache = cache
+      cache = cache,
+      ruta_dir = ruta_dir
     )
   data_incidencia <- pop_incidencia$data_incidencia
   poblacion <- pop_incidencia$poblacion
@@ -1164,7 +1164,9 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
         poblacion = poblacion,
         dpto = mpio_fila[[nomb_cols[1]]],
         mpio = mpio_fila[[nomb_cols[3]]],
-        year = year
+        year = year,
+        cache = cache,
+        ruta_dir = ruta_dir
       )
       geo_incidencia[fila] <- incidencia$incidencia
     }
@@ -1301,7 +1303,9 @@ calcular_incidencia_sex <- function(data_incidencia = NULL,
       dpto = dpto,
       mpio = mpio,
       sex = sex_fila[["sexo"]],
-      year = year
+      year = year,
+      cache = cache,
+      ruta_dir = ruta_dir
     )
     incidencia[fila] <- incidencia_sex$incidencia
   }

From f9ad459988172e174cd00aded0a9c3ec99a4dce3 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Wed, 13 Nov 2024 16:24:53 -0500
Subject: [PATCH 16/37] chore(skeleton): add cache input

Ref: #206
---
 inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd | 4 ++++
 1 file changed, 4 insertions(+)

diff --git a/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd b/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd
index 008b1469..640a5ed9 100644
--- a/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd
+++ b/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd
@@ -48,6 +48,10 @@ params:
   municipio:
     value: ""
     label: Municipio
+  cache:
+    value: FALSE
+    input: checkbox
+    label: Seleccione si desea que los datos descargados del evento e incidencia se almacenen en la caché de la sesión de usuario para evitar redescargas al generar el reporte con los mismos datos
   types_distribution:
     value: TRUE
     input: checkbox

From b089d724132c7f5b05ebe66a75a8a623249daa1b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Wed, 13 Nov 2024 16:25:31 -0500
Subject: [PATCH 17/37] chore(skeleton): add logic for ruta_dir and cache
 params

Ref: #206
---
 .../templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd   | 30 ++++++++++++++-----
 1 file changed, 22 insertions(+), 8 deletions(-)

diff --git a/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd b/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd
index 640a5ed9..c266c879 100644
--- a/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd
+++ b/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd
@@ -118,7 +118,7 @@ if (params$municipio != "") {
 fuente <- "Fuente SIVIGILA, Datos libres"
 ```
 
-```{r tam_graficos}
+```{r tam-graficos}
 casos_years_hg <- 5
 gr_casos_years_wd <- 11
 gr_tip_cas_al <- 5
@@ -235,9 +235,14 @@ if (knitr::is_html_output()) {
 ```
 
 ```{r import-data, include = FALSE}
+ruta_dir <- NULL
+if (!params$cache) {
+  ruta_dir <- tempdir()
+}
 data_event <- import_data_event(nombre_event = params$nombre_evento,
                                 years = params$year,
-                                cache = TRUE)
+                                cache = params$cache,
+                                ruta_dir = tempdir())
 mostrar_sex <- stringr::str_detect(tolower(params$nombre_evento),
                                    stringr::fixed("materna"))
 etiqueta_geo <- "municipios"
@@ -304,7 +309,8 @@ data_event_years <-
   import_data_event(nombre_event = params$nombre_evento,
                     years = seq(params$year - 4,
                                 params$year - 1),
-                    cache = TRUE)
+                    cache = params$cache,
+                    ruta_dir = tempdir())
 data_event_years <- rbind(data_event, data_event_years)
 data_years_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event_years)
 data_years_filtrada <- data_years_limpia
@@ -463,7 +469,9 @@ if (params$departamento == "" && params$municipio == "") {
   text_mapa_casos <- ""
 }
 mapa <- plot_map(data_agrupada = dist_espacial_casos,
-                 col_distribucion = "casos")
+                 col_distribucion = "casos",
+                 cache = params$cache,
+                 ruta_dir = tempdir())
 ```
 
 ```{r mapa-casos, echo = FALSE, error = FALSE, warning = FALSE, include = TRUE, message = FALSE, cache = FALSE, results = FALSE, comment = FALSE, fig.height = gr_mapa_al, fig.width = gr_mapa_an, fig.align = 'center', fig.cap = paste0("Distribución espacial de casos ", text_mapa_casos , " - ", text_ext_geo), include = params$spatial_distribution}
@@ -508,7 +516,8 @@ plot_per_etn(data_agrupada = casos_per_etn)
 ```{r incidencia-total, results='hide', echo = FALSE, error = FALSE, warning = FALSE, include = FALSE, message = FALSE}
 incidencia_total <- calcular_incidencia(data_agrupada =
                                          dist_espacial,
-                                        cache = TRUE)
+                                        cache = params$cache,
+                                        ruta_dir = tempdir())
 cond_incidencia <-
   obtener_cond_inciden_event(cod_eve = dist_espacial$cod_eve[1])
 ```
@@ -532,7 +541,8 @@ if (params$departamento != "") {
 incidencias_sex <-
   calcular_incidencia_sex(data_agrupada = casos_sex,
                           dpto = nomb_dpto,
-                          cache = TRUE)
+                          cache = params$cache,
+                          ruta_dir = tempdir())
 incidencia_mayor_sex <- obtener_fila_mas_casos(data_event =
                                                 incidencias_sex$data_incidencia,
                                                nomb_col = "incidencia ")
@@ -560,7 +570,9 @@ plot_sex(data_agrupada = incidencias_sex$data_incidencia,
 ```{r incidencia-geo, results='hide', echo = FALSE, error = FALSE, warning = FALSE, include = FALSE, message = FALSE}
 incidencias_geo <-
   calcular_incidencia_geo(data_agrupada =
-                            dist_espacial)
+                            dist_espacial,
+                          cache = params$cache,
+                          ruta_dir = tempdir())
 ```
 
 ```{r text-pop-incidencia-geo}
@@ -593,7 +605,9 @@ if (params$departamento == "" && params$municipio == "") {
 if (params$municipio != "") {
   text_mapa_inciden <- ""
 }
-mapa <- plot_map(data_agrupada = incidencias_geo$data_incidencia)
+mapa <- plot_map(data_agrupada = incidencias_geo$data_incidencia,
+                 cache = params$cache,
+                 ruta_dir = tempdir())
 ```
 
 ```{r mapa-incidencias, echo = FALSE, error = FALSE, warning = FALSE, include = TRUE, message = FALSE, cache = FALSE, results = FALSE, comment = FALSE, fig.height = gr_map_incid_al, fig.width = gr_map_incid_an, fig.align = 'center', fig.cap = paste0("Incidencia según distribución geográfica ", text_mapa_inciden, " - ", text_ext_geo), include = params$spatial_distribution}

From 087096db69a72fbfbda6cb32e3ee204f50bb6c87 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Wed, 13 Nov 2024 17:02:07 -0500
Subject: [PATCH 18/37] feat(incidencia_geo): send ruta_dir and cache params

Ref: #206
---
 R/checking_data.R | 4 +++-
 1 file changed, 3 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/R/checking_data.R b/R/checking_data.R
index 257a088b..6affb1f4 100644
--- a/R/checking_data.R
+++ b/R/checking_data.R
@@ -1136,7 +1136,9 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
         data_agrupada = dpto_fila,
         poblacion = poblacion,
         dpto = dpto_fila[[nomb_cols[1]]],
-        year = year
+        year = year,
+        cache = cache,
+        ruta_dir = ruta_dir
       )
       geo_incidencia[fila] <- incidencia$incidencia
     }

From bd849387d6e9c21adefca8ec4954f4868937a0b9 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Wed, 13 Nov 2024 18:15:33 -0500
Subject: [PATCH 19/37] fix(skeleton): logic of ruta_dir and cache

Ref: #206
---
 .../templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd    | 18 ++++++++++--------
 1 file changed, 10 insertions(+), 8 deletions(-)

diff --git a/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd b/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd
index c266c879..a5211c8b 100644
--- a/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd
+++ b/inst/rmarkdown/templates/reports/skeleton/skeleton.Rmd
@@ -242,7 +242,7 @@ if (!params$cache) {
 data_event <- import_data_event(nombre_event = params$nombre_evento,
                                 years = params$year,
                                 cache = params$cache,
-                                ruta_dir = tempdir())
+                                ruta_dir = ruta_dir)
 mostrar_sex <- stringr::str_detect(tolower(params$nombre_evento),
                                    stringr::fixed("materna"))
 etiqueta_geo <- "municipios"
@@ -310,7 +310,7 @@ data_event_years <-
                     years = seq(params$year - 4,
                                 params$year - 1),
                     cache = params$cache,
-                    ruta_dir = tempdir())
+                    ruta_dir = ruta_dir)
 data_event_years <- rbind(data_event, data_event_years)
 data_years_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event_years)
 data_years_filtrada <- data_years_limpia
@@ -471,7 +471,7 @@ if (params$departamento == "" && params$municipio == "") {
 mapa <- plot_map(data_agrupada = dist_espacial_casos,
                  col_distribucion = "casos",
                  cache = params$cache,
-                 ruta_dir = tempdir())
+                 ruta_dir = ruta_dir)
 ```
 
 ```{r mapa-casos, echo = FALSE, error = FALSE, warning = FALSE, include = TRUE, message = FALSE, cache = FALSE, results = FALSE, comment = FALSE, fig.height = gr_mapa_al, fig.width = gr_mapa_an, fig.align = 'center', fig.cap = paste0("Distribución espacial de casos ", text_mapa_casos , " - ", text_ext_geo), include = params$spatial_distribution}
@@ -517,7 +517,7 @@ plot_per_etn(data_agrupada = casos_per_etn)
 incidencia_total <- calcular_incidencia(data_agrupada =
                                          dist_espacial,
                                         cache = params$cache,
-                                        ruta_dir = tempdir())
+                                        ruta_dir = ruta_dir)
 cond_incidencia <-
   obtener_cond_inciden_event(cod_eve = dist_espacial$cod_eve[1])
 ```
@@ -542,7 +542,7 @@ incidencias_sex <-
   calcular_incidencia_sex(data_agrupada = casos_sex,
                           dpto = nomb_dpto,
                           cache = params$cache,
-                          ruta_dir = tempdir())
+                          ruta_dir = ruta_dir)
 incidencia_mayor_sex <- obtener_fila_mas_casos(data_event =
                                                 incidencias_sex$data_incidencia,
                                                nomb_col = "incidencia ")
@@ -572,7 +572,7 @@ incidencias_geo <-
   calcular_incidencia_geo(data_agrupada =
                             dist_espacial,
                           cache = params$cache,
-                          ruta_dir = tempdir())
+                          ruta_dir = ruta_dir)
 ```
 
 ```{r text-pop-incidencia-geo}
@@ -600,14 +600,16 @@ if (params$departamento == "" && params$municipio == "") {
                                       col_dpto = geo_ocurrencia[1:4])
   incidencias_geo <-
   calcular_incidencia_geo(data_agrupada =
-                            dist_espacial_mpios)
+                            dist_espacial_mpios,
+                          cache = params$cache,
+                          ruta_dir = ruta_dir)
 }
 if (params$municipio != "") {
   text_mapa_inciden <- ""
 }
 mapa <- plot_map(data_agrupada = incidencias_geo$data_incidencia,
                  cache = params$cache,
-                 ruta_dir = tempdir())
+                 ruta_dir = ruta_dir)
 ```
 
 ```{r mapa-incidencias, echo = FALSE, error = FALSE, warning = FALSE, include = TRUE, message = FALSE, cache = FALSE, results = FALSE, comment = FALSE, fig.height = gr_map_incid_al, fig.width = gr_map_incid_an, fig.align = 'center', fig.cap = paste0("Incidencia según distribución geográfica ", text_mapa_inciden, " - ", text_ext_geo), include = params$spatial_distribution}

From b969219061fd012da7a5c22a7d5b760922cc44ce Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Mon, 18 Nov 2024 16:33:38 -0500
Subject: [PATCH 20/37] chore: add new CRAN comments

Ref: #206
---
 cran-comments.md | 31 ++++++++++++++++++++++---------
 1 file changed, 22 insertions(+), 9 deletions(-)

diff --git a/cran-comments.md b/cran-comments.md
index f78788b4..e5dde1a5 100644
--- a/cran-comments.md
+++ b/cran-comments.md
@@ -18,12 +18,25 @@
 
 This is a resubmission. In this version:
 
-* The links in the README file to the pages of Colombia's National Institute of
-  Health have been modified to avoid DNS or regional access issues.
-
-* The examples for the functions `import_data_event`, `list_events` and
-  `plot_year` are wrapped in a `dontrun` tag because they connect to the
-  SIVIGILA API. We have observed that, in some regions, it is not possible to
-  establish a connection with the API for security reasons. These functions
-  cannot be wrapped in a `try-catch` block, as this may lead confusion in our
-  users.
+* Expanded the Description field to provide a more detailed overview of the 
+  package's functionality, benefits and the methods it implements, as requested.
+  
+* Added a direct link to the web services used in the package, formatted with 
+  angle brackets for auto-linking, following the recommended format.
+
+* Replaced `\dontrun{}` with `\donttest{}` in the examples of the following 
+  functions: `import_data_event()`, `list_events()` and `plot_year()`.
+
+* Added `\donttest{}` in examples of `import_geo_codes` function, since it was
+  involve data downloading and was the only function that did not have 
+  this tag.
+
+* Used `tempdir()` in examples and tests of functions that require data import
+  for execution.
+
+* In the internal function `obtener_ruta_dir()` of `R\utils.R`, the `cache` 
+  parameter was added, and the functions that use it were modified to always 
+  pass it. This parameter requests explicit confirmation from the user if they 
+  want the data to be stored in the respective user directory, which is 
+  obtained from `tools::R_user_dir()`. These files are cleaned up and actively 
+  managed in accordance with CRAN policy.

From 4db889951fc1ea285325d57913b3b99095907fef Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Mon, 18 Nov 2024 16:34:07 -0500
Subject: [PATCH 21/37] chore(README): add CRAN badge

Ref: #206
---
 README.Rmd |   2 +-
 README.md  | 157 +++++++++++++++++++++++++++--------------------------
 2 files changed, 80 insertions(+), 79 deletions(-)

diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd
index 020d1263..8b4ce598 100644
--- a/README.Rmd
+++ b/README.Rmd
@@ -32,7 +32,7 @@ library(sivirep)
 [![Codecov test coverage](https://codecov.io/gh/epiverse-trace/sivirep/branch/main/graph/badge.svg)](https://app.codecov.io/gh/epiverse-trace/sivirep?branch=main)
 [![lifecycle-maturing](https://raw.githubusercontent.com/reconverse/reconverse.github.io/master/images/badge-maturing.svg)](https://www.reconverse.org/lifecycle.html#maturing)
 [![Project Status: Active – The project has reached a stable, usable state and is being actively developed.](https://www.repostatus.org/badges/latest/active.svg)](https://www.repostatus.org/#active)
-
+[![CRAN status](https://www.r-pkg.org/badges/version/sivirep)](https://CRAN.R-project.org/package=sivirep)
 <!-- badges: end -->
 
 ***sivirep*** es desarrollado por la [Pontificia Universidad
diff --git a/README.md b/README.md
index d66891be..0953cf33 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -14,7 +14,8 @@ coverage](https://codecov.io/gh/epiverse-trace/sivirep/branch/main/graph/badge.s
 [![Project Status: Active – The project has reached a stable, usable
 state and is being actively
 developed.](https://www.repostatus.org/badges/latest/active.svg)](https://www.repostatus.org/#active)
-
+[![CRAN
+status](https://www.r-pkg.org/badges/version/sivirep)](https://CRAN.R-project.org/package=sivirep)
 <!-- badges: end -->
 
 ***sivirep*** es desarrollado por la [Pontificia Universidad
@@ -157,83 +158,83 @@ knitr::kable(lista_eventos)
 
 <br>
 
-| Codigo | Enfermedad                                                            | Año                                                                                                        |
-|:-------|:----------------------------------------------------------------------|:-----------------------------------------------------------------------------------------------------------|
-| 100    | Accidente Ofídico                                                     | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 300    | Agresiones Por Animales Potencialmente Transmisores De Rabia          | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 735    | Anomalías Congénitas                                                  | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                         |
-| 110    | Bajo Peso Al Nacer                                                    | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022                                           |
-| 155    | Cáncer De La Mama Y Cuello Uterino                                    | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2023                                                                   |
-| 459    | Cáncer Infantil                                                       | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                                 |
-| 205    | Chagas                                                                | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                     |
-| 217    | Chikunguya                                                            | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                                 |
-| 210    | Dengue                                                                | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 220    | Dengue Grave                                                          | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 112    | Desnutrición Aguda En Menores De 5 Años                               | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                                             |
-| 230    | Difteria                                                              | 2018, 2019, 2021                                                                                           |
-| 345    | Esi - Irag (Vigilancia Centinela)                                     | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023             |
-| 349    | Eta Colectivo                                                         | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                         |
-| 298    | Evento Adverso Grave Posterior A La Vacunación                        | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 228    | Exposición A Flúor                                                    | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019                                                             |
-| 310    | Fiebre Amarilla                                                       | 2007, 2008, 2009                                                                                           |
-| 320    | Fiebre Tifoidea Y Paratifoidea                                        | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 330    | Hepatitis A                                                           | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 340    | Hepatitis B, C Y Coinfección Hepatitis B Y Delta                      | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 341    | Hepatitis C                                                           | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                                 |
-| 343    | Hipotiroidismo Congénito                                              | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 348    | Infección Respiratoria Aguda Grave Irag Inusitada                     | 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                   |
-| 356    | Intento De Suicidio                                                   | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                                             |
-| 412    | Intoxicación Por Gases                                                | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                         |
-| 370    | Intoxicación Por Medicamentos                                         | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 390    | Intoxicación Por Metales Pesados                                      | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 380    | Intoxicación Por Metanol                                              | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 410    | Intoxicación Por Otras Sustancias Químicas                            | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                     |
-| 360    | Intoxicación Por Plaguicidas                                          | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 400    | Intoxicación Por Solventes                                            | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 420    | Leishmaniasis Cutánea                                                 | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 430    | Leishmaniasis Mucosa                                                  | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 440    | Leishmaniasis Visceral                                                | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 450    | Lepra                                                                 | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 455    | Leptospirosis                                                         | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 452    | Lesiones Por Artefactos Explosivos (Pólvora Y Minas Antipersonal)     | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                                 |
-| 458    | Lesiones Por Pólvora Y Explosivos                                     | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014                                                             |
-| 456    | Leucemia Aguda Pediátrica Linfoide                                    | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023             |
-| 457    | Leucemia Aguda Pediátrica Mieloide                                    | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023             |
-| 465    | Malaria                                                               | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 460    | Malaria Asociada (Formas Mixtas)                                      | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 495    | Malaria Complicada                                                    | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 470    | Malaria Falciparum                                                    | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 490    | Malaria Vivax                                                         | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 500    | Meningitis Meningocócica                                              | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 510    | Meningitis Por Haemophilus Influenzae                                 | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 520    | Meningitis Por Neumococo                                              | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 530    | Meningitis Tuberculosa                                                | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 549    | Morbilidad Materna Extrema                                            | 2012, 2013, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                           |
-| 998    | Morbilidad Por Eda                                                    | 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                   |
-| 995    | Morbilidad Por Ira                                                    | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                     |
-| 550    | Mortalidad Materna                                                    | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 560    | Mortalidad Perinatal Y Neonatal Tardía                                | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 580    | Mortalidad Por Dengue                                                 | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 590    | Mortalidad Por Eda 0-4 Años                                           | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 600    | Mortalidad Por Ira                                                    | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 540    | Mortalidad Por Malaria                                                | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 620    | Parotiditis                                                           | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 670    | Rabia Humana                                                          | 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2015, 2016, 2017, 2020                                                       |
-| 710    | Rubeola                                                               | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012                                                                         |
-| 730    | Sarampión                                                             | 2011, 2012, 2013, 2015, 2018, 2019, 2020                                                                   |
-| 739    | Síndrome Inflamatorio Multisistémico En Niños Asociado A Sars-Cov2    | 2022, 2023                                                                                                 |
-| 760    | Tétanos Accidental                                                    | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 770    | Tétanos Neonatal                                                      | 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022                         |
-| 790    | Tifus Endémico Trasmitido Por Pulgas                                  | 2013, 2014                                                                                                 |
-| 780    | Tifus Epidémico Transmitido Por Piojos                                | 2014                                                                                                       |
-| 800    | Tos Ferina                                                            | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 305    | Tracoma                                                               | 2017, 2018, 2019, 2022                                                                                     |
-| 810    | Tuberculosis Extra Pulmonar                                           | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 825    | Tuberculosis Farmacorresistente                                       | 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                               |
-| 820    | Tuberculosis Pulmonar                                                 | 2010, 2011, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022                                                       |
-| 831    | Varicela Individual                                                   | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023       |
-| 875    | Vigilancia En Salud Pública De La Violencia De Género E Intrafamiliar | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                     |
-| 895    | Zika                                                                  | 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023                                                       |
+| Codigo | Enfermedad | Año |
+|:---|:---|:---|
+| 100 | Accidente Ofídico | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 300 | Agresiones Por Animales Potencialmente Transmisores De Rabia | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 735 | Anomalías Congénitas | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 110 | Bajo Peso Al Nacer | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 |
+| 155 | Cáncer De La Mama Y Cuello Uterino | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2023 |
+| 459 | Cáncer Infantil | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 205 | Chagas | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 217 | Chikunguya | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 210 | Dengue | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 220 | Dengue Grave | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 112 | Desnutrición Aguda En Menores De 5 Años | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 230 | Difteria | 2018, 2019, 2021 |
+| 345 | Esi - Irag (Vigilancia Centinela) | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 349 | Eta Colectivo | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 298 | Evento Adverso Grave Posterior A La Vacunación | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 228 | Exposición A Flúor | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019 |
+| 310 | Fiebre Amarilla | 2007, 2008, 2009 |
+| 320 | Fiebre Tifoidea Y Paratifoidea | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 330 | Hepatitis A | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 340 | Hepatitis B, C Y Coinfección Hepatitis B Y Delta | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 341 | Hepatitis C | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 343 | Hipotiroidismo Congénito | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 348 | Infección Respiratoria Aguda Grave Irag Inusitada | 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 356 | Intento De Suicidio | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 412 | Intoxicación Por Gases | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 370 | Intoxicación Por Medicamentos | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 390 | Intoxicación Por Metales Pesados | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 380 | Intoxicación Por Metanol | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 410 | Intoxicación Por Otras Sustancias Químicas | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 360 | Intoxicación Por Plaguicidas | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 400 | Intoxicación Por Solventes | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 420 | Leishmaniasis Cutánea | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 430 | Leishmaniasis Mucosa | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 440 | Leishmaniasis Visceral | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 450 | Lepra | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 455 | Leptospirosis | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 452 | Lesiones Por Artefactos Explosivos (Pólvora Y Minas Antipersonal) | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 458 | Lesiones Por Pólvora Y Explosivos | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014 |
+| 456 | Leucemia Aguda Pediátrica Linfoide | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 457 | Leucemia Aguda Pediátrica Mieloide | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 465 | Malaria | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 460 | Malaria Asociada (Formas Mixtas) | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 495 | Malaria Complicada | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 470 | Malaria Falciparum | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 490 | Malaria Vivax | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 500 | Meningitis Meningocócica | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 510 | Meningitis Por Haemophilus Influenzae | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 520 | Meningitis Por Neumococo | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 530 | Meningitis Tuberculosa | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 549 | Morbilidad Materna Extrema | 2012, 2013, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 998 | Morbilidad Por Eda | 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 995 | Morbilidad Por Ira | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 550 | Mortalidad Materna | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 560 | Mortalidad Perinatal Y Neonatal Tardía | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 580 | Mortalidad Por Dengue | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 590 | Mortalidad Por Eda 0-4 Años | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 600 | Mortalidad Por Ira | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 540 | Mortalidad Por Malaria | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 620 | Parotiditis | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 670 | Rabia Humana | 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2015, 2016, 2017, 2020 |
+| 710 | Rubeola | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012 |
+| 730 | Sarampión | 2011, 2012, 2013, 2015, 2018, 2019, 2020 |
+| 739 | Síndrome Inflamatorio Multisistémico En Niños Asociado A Sars-Cov2 | 2022, 2023 |
+| 760 | Tétanos Accidental | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 770 | Tétanos Neonatal | 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 |
+| 790 | Tifus Endémico Trasmitido Por Pulgas | 2013, 2014 |
+| 780 | Tifus Epidémico Transmitido Por Piojos | 2014 |
+| 800 | Tos Ferina | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 305 | Tracoma | 2017, 2018, 2019, 2022 |
+| 810 | Tuberculosis Extra Pulmonar | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 825 | Tuberculosis Farmacorresistente | 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 820 | Tuberculosis Pulmonar | 2010, 2011, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 |
+| 831 | Varicela Individual | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 875 | Vigilancia En Salud Pública De La Violencia De Género E Intrafamiliar | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
+| 895 | Zika | 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
 
 </details>
 </blockquote>

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 <br>
 
-| Codigo | Enfermedad | Año |
-|:---|:---|:---|
-| 100 | Accidente Ofídico | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 300 | Agresiones Por Animales Potencialmente Transmisores De Rabia | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 735 | Anomalías Congénitas | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 110 | Bajo Peso Al Nacer | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 |
-| 155 | Cáncer De La Mama Y Cuello Uterino | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2023 |
-| 459 | Cáncer Infantil | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 205 | Chagas | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 217 | Chikunguya | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 210 | Dengue | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 220 | Dengue Grave | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 112 | Desnutrición Aguda En Menores De 5 Años | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 230 | Difteria | 2018, 2019, 2021 |
-| 345 | Esi - Irag (Vigilancia Centinela) | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 349 | Eta Colectivo | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 298 | Evento Adverso Grave Posterior A La Vacunación | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 228 | Exposición A Flúor | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019 |
-| 310 | Fiebre Amarilla | 2007, 2008, 2009 |
-| 320 | Fiebre Tifoidea Y Paratifoidea | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 330 | Hepatitis A | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 340 | Hepatitis B, C Y Coinfección Hepatitis B Y Delta | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 341 | Hepatitis C | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 343 | Hipotiroidismo Congénito | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 348 | Infección Respiratoria Aguda Grave Irag Inusitada | 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 356 | Intento De Suicidio | 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 412 | Intoxicación Por Gases | 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 370 | Intoxicación Por Medicamentos | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 390 | Intoxicación Por Metales Pesados | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 380 | Intoxicación Por Metanol | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 410 | Intoxicación Por Otras Sustancias Químicas | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 360 | Intoxicación Por Plaguicidas | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 400 | Intoxicación Por Solventes | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 420 | Leishmaniasis Cutánea | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 430 | Leishmaniasis Mucosa | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 440 | Leishmaniasis Visceral | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 450 | Lepra | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 455 | Leptospirosis | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 452 | Lesiones Por Artefactos Explosivos (Pólvora Y Minas Antipersonal) | 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 458 | Lesiones Por Pólvora Y Explosivos | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014 |
-| 456 | Leucemia Aguda Pediátrica Linfoide | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 457 | Leucemia Aguda Pediátrica Mieloide | 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 465 | Malaria | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 460 | Malaria Asociada (Formas Mixtas) | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 495 | Malaria Complicada | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 470 | Malaria Falciparum | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 490 | Malaria Vivax | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 500 | Meningitis Meningocócica | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 510 | Meningitis Por Haemophilus Influenzae | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 520 | Meningitis Por Neumococo | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 530 | Meningitis Tuberculosa | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 549 | Morbilidad Materna Extrema | 2012, 2013, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 998 | Morbilidad Por Eda | 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 995 | Morbilidad Por Ira | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 550 | Mortalidad Materna | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 560 | Mortalidad Perinatal Y Neonatal Tardía | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 580 | Mortalidad Por Dengue | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 590 | Mortalidad Por Eda 0-4 Años | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 600 | Mortalidad Por Ira | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 540 | Mortalidad Por Malaria | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 620 | Parotiditis | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 670 | Rabia Humana | 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2015, 2016, 2017, 2020 |
-| 710 | Rubeola | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012 |
-| 730 | Sarampión | 2011, 2012, 2013, 2015, 2018, 2019, 2020 |
-| 739 | Síndrome Inflamatorio Multisistémico En Niños Asociado A Sars-Cov2 | 2022, 2023 |
-| 760 | Tétanos Accidental | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 770 | Tétanos Neonatal | 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 |
-| 790 | Tifus Endémico Trasmitido Por Pulgas | 2013, 2014 |
-| 780 | Tifus Epidémico Transmitido Por Piojos | 2014 |
-| 800 | Tos Ferina | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 305 | Tracoma | 2017, 2018, 2019, 2022 |
-| 810 | Tuberculosis Extra Pulmonar | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 825 | Tuberculosis Farmacorresistente | 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 820 | Tuberculosis Pulmonar | 2010, 2011, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 |
-| 831 | Varicela Individual | 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 875 | Vigilancia En Salud Pública De La Violencia De Género E Intrafamiliar | 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-| 895 | Zika | 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 |
-
+<ul>
+<li>
+<a class="external-link" href="https://epiverse-trace.github.io/sivirep/articles/resources.html#enfermedades-y-a%C3%B1os-disponibles-para-su-descarga">Enfermedades</a>
+</li>
+</ul>
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 URL: https://epiverse-trace.github.io/sivirep/, https://github.com/epiverse-trace/sivirep
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Date: Fri, 22 Nov 2024 07:44:16 -0500
Subject: [PATCH 24/37] chore: replaced cache examples with ruta_dir =
 tempdir()

Ref: #206
---
 R/checking_data.R              | 8 ++++----
 R/import_data.R                | 6 +++---
 R/plotting.R                   | 5 +++--
 man/calcular_incidencia.Rd     | 4 ++--
 man/calcular_incidencia_geo.Rd | 2 +-
 man/calcular_incidencia_sex.Rd | 2 +-
 man/import_data_event.Rd       | 4 ++--
 man/import_pob_incidencia.Rd   | 2 +-
 man/plot_map.Rd                | 4 ++--
 9 files changed, 19 insertions(+), 18 deletions(-)

diff --git a/R/checking_data.R b/R/checking_data.R
index 6affb1f4..a99d6415 100644
--- a/R/checking_data.R
+++ b/R/checking_data.R
@@ -912,7 +912,7 @@ agrupar_per_etn <- function(data_event, cols_etn = "per_etn",
 #'   poblacion = "proyecciones",
 #'   dpto = "05",
 #'   year = 2020,
-#'   cache = TRUE
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por municipio
 #' calcular_incidencia(
@@ -929,7 +929,7 @@ agrupar_per_etn <- function(data_event, cols_etn = "per_etn",
 #'   poblacion = "riesgo",
 #'   data_agrupada = data_agrupada_dptos,
 #'   year = 2020,
-#'   cache = TRUE
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' }
 #' @export
@@ -1072,7 +1072,7 @@ calcular_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
 #'   poblacion = "riesgo",
 #'   data_agrupada = data_agrupada_mpios,
 #'   year = 2020,
-#'   cache = TRUE
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
 #' # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales para Colombia
@@ -1223,7 +1223,7 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
 #'   data_agrupada = data_agrupada,
 #'   dpto = "05",
 #'   year = 2020,
-#'   cache = TRUE
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' #' Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por sexo y
 #' # municipio
diff --git a/R/import_data.R b/R/import_data.R
index b7f51906..fd245ecd 100644
--- a/R/import_data.R
+++ b/R/import_data.R
@@ -166,13 +166,13 @@ list_events <- function() {
 #' if (interactive()) {
 #' import_data_event(nombre_event = "DENGUE",
 #'                   years = 2020,
-#'                   cache = TRUE)
+#'                   ruta_dir = tempdir())
 #' import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
 #'                   years = c(2019, 2020),
 #'                   ruta_dir = tempdir())
 #' import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
 #'                   years = seq(2018, 2020),
-#'                   cache = TRUE)
+#'                   ruta_dir = tempdir())
 #'  }
 #' }
 #' @export
@@ -321,7 +321,7 @@ import_sep_data <- function(ruta_data = NULL,
 #'  \donttest{
 #' # Importación proyecciones poblaciones DANE
 #' import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = 2020,
-#'                       cache = TRUE)
+#'                       ruta_dir = tempdir())
 #' # Importación población a riesgo de Dengue del año 2020
 #' import_pob_incidencia(poblacion = "riesgo", event = "dengue", year = 2020,
 #'                       ruta_dir = tempdir())
diff --git a/R/plotting.R b/R/plotting.R
index a4691bd8..1e4e54b8 100644
--- a/R/plotting.R
+++ b/R/plotting.R
@@ -32,7 +32,7 @@
 #' plot_map(
 #'   data_agrupada = data_espacial,
 #'   col_distribucion = "casos",
-#'   cache = TRUE
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' # Mapa por municipios de un departamento especifico
 #' data_filtrada_dpto <- geo_filtro(
@@ -59,7 +59,7 @@
 #'   col_distribucion = "casos",
 #'   dpto = "Antioquia",
 #'   mpio = "Medellin",
-#'   cache = TRUE
+#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' # Mapa con la incidencia por municipios de un departamento específico
 #' incidencia_dpto <-
@@ -1074,6 +1074,7 @@ plot_tabla_tipos_event <- function(data_agrupada,
 #'  }
 #' }
 #' @export
+
 plot_years <- function(data_agrupada,
                        col_year = "ano",
                        fuente_data = NULL) {
diff --git a/man/calcular_incidencia.Rd b/man/calcular_incidencia.Rd
index 0520f0f1..e8422e9a 100644
--- a/man/calcular_incidencia.Rd
+++ b/man/calcular_incidencia.Rd
@@ -73,7 +73,7 @@ calcular_incidencia(
   poblacion = "proyecciones",
   dpto = "05",
   year = 2020,
-  cache = TRUE
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por municipio
 calcular_incidencia(
@@ -90,7 +90,7 @@ calcular_incidencia(
   poblacion = "riesgo",
   data_agrupada = data_agrupada_dptos,
   year = 2020,
-  cache = TRUE
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 }
 }
diff --git a/man/calcular_incidencia_geo.Rd b/man/calcular_incidencia_geo.Rd
index cc5af8c0..3929ed19 100644
--- a/man/calcular_incidencia_geo.Rd
+++ b/man/calcular_incidencia_geo.Rd
@@ -55,7 +55,7 @@ calcular_incidencia_geo(
   poblacion = "riesgo",
   data_agrupada = data_agrupada_mpios,
   year = 2020,
-  cache = TRUE
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
 # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales para Colombia
diff --git a/man/calcular_incidencia_sex.Rd b/man/calcular_incidencia_sex.Rd
index cbfad67c..8aedeb75 100644
--- a/man/calcular_incidencia_sex.Rd
+++ b/man/calcular_incidencia_sex.Rd
@@ -65,7 +65,7 @@ calcular_incidencia_sex(
   data_agrupada = data_agrupada,
   dpto = "05",
   year = 2020,
-  cache = TRUE
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 #' Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por sexo y
 # municipio
diff --git a/man/import_data_event.Rd b/man/import_data_event.Rd
index 0ada0133..b34f90ec 100644
--- a/man/import_data_event.Rd
+++ b/man/import_data_event.Rd
@@ -35,13 +35,13 @@ año desde los microdatos del SIVIGILA.
 if (interactive()) {
 import_data_event(nombre_event = "DENGUE",
                   years = 2020,
-                  cache = TRUE)
+                  ruta_dir = tempdir())
 import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
                   years = c(2019, 2020),
                   ruta_dir = tempdir())
 import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
                   years = seq(2018, 2020),
-                  cache = TRUE)
+                  ruta_dir = tempdir())
  }
 }
 }
diff --git a/man/import_pob_incidencia.Rd b/man/import_pob_incidencia.Rd
index cb4db658..502f07c1 100644
--- a/man/import_pob_incidencia.Rd
+++ b/man/import_pob_incidencia.Rd
@@ -46,7 +46,7 @@ el 2035.
  \donttest{
 # Importación proyecciones poblaciones DANE
 import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = 2020,
-                      cache = TRUE)
+                      ruta_dir = tempdir())
 # Importación población a riesgo de Dengue del año 2020
 import_pob_incidencia(poblacion = "riesgo", event = "dengue", year = 2020,
                       ruta_dir = tempdir())
diff --git a/man/plot_map.Rd b/man/plot_map.Rd
index 3957f4c9..11dfdae9 100644
--- a/man/plot_map.Rd
+++ b/man/plot_map.Rd
@@ -66,7 +66,7 @@ data_espacial <- agrupar_dpto(data_event = data_estandar,
 plot_map(
   data_agrupada = data_espacial,
   col_distribucion = "casos",
-  cache = TRUE
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 # Mapa por municipios de un departamento especifico
 data_filtrada_dpto <- geo_filtro(
@@ -93,7 +93,7 @@ plot_map(
   col_distribucion = "casos",
   dpto = "Antioquia",
   mpio = "Medellin",
-  cache = TRUE
+  ruta_dir = tempdir()
 )
 # Mapa con la incidencia por municipios de un departamento específico
 incidencia_dpto <-

From 1c58f583b72613569208c53d014078e6ec988051 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 07:44:36 -0500
Subject: [PATCH 25/37] chore: update cran-comments

Ref: #206
---
 cran-comments.md | 26 +++++---------------------
 1 file changed, 5 insertions(+), 21 deletions(-)

diff --git a/cran-comments.md b/cran-comments.md
index e5dde1a5..c61dc70c 100644
--- a/cran-comments.md
+++ b/cran-comments.md
@@ -18,25 +18,9 @@
 
 This is a resubmission. In this version:
 
-* Expanded the Description field to provide a more detailed overview of the 
-  package's functionality, benefits and the methods it implements, as requested.
+* Updated `DESCRIPTION` file to use language tags compliant with RFC 5646. 
+  Specifically, `es_ES` was replaced with `es-ES` as recommended.
   
-* Added a direct link to the web services used in the package, formatted with 
-  angle brackets for auto-linking, following the recommended format.
-
-* Replaced `\dontrun{}` with `\donttest{}` in the examples of the following 
-  functions: `import_data_event()`, `list_events()` and `plot_year()`.
-
-* Added `\donttest{}` in examples of `import_geo_codes` function, since it was
-  involve data downloading and was the only function that did not have 
-  this tag.
-
-* Used `tempdir()` in examples and tests of functions that require data import
-  for execution.
-
-* In the internal function `obtener_ruta_dir()` of `R\utils.R`, the `cache` 
-  parameter was added, and the functions that use it were modified to always 
-  pass it. This parameter requests explicit confirmation from the user if they 
-  want the data to be stored in the respective user directory, which is 
-  obtained from `tools::R_user_dir()`. These files are cleaned up and actively 
-  managed in accordance with CRAN policy.
+* Implemented `tempdir()` for function examples that require data import and 
+  use the `cache` parameter. This change resolves additional `donttest` issues 
+  related to package's size.

From 18ce32f7ea1f411dacae6dd5fa15668dee17484a Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 09:08:38 -0500
Subject: [PATCH 26/37] chore(calcular_incidencia): add interactive for cache
 param

Ref: #206
---
 R/checking_data.R          | 22 +++++++++-------------
 man/calcular_incidencia.Rd | 16 +++++++++-------
 2 files changed, 18 insertions(+), 20 deletions(-)

diff --git a/R/checking_data.R b/R/checking_data.R
index f616206f..753ad46d 100644
--- a/R/checking_data.R
+++ b/R/checking_data.R
@@ -878,9 +878,6 @@ agrupar_per_etn <- function(data_event, cols_etn = "per_etn",
 #' @param ruta_dir Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
 #' del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
 #' poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
-#' @param ruta_dir Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
-#' del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
-#' poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
 #' @param cache Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si la población a
 #' riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser
 #' almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.
@@ -910,13 +907,15 @@ agrupar_per_etn <- function(data_event, cols_etn = "per_etn",
 #' data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = dengue2020)
 #' # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por departamento
 #' data_agrupada_mpios <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
-#' calcular_incidencia(
-#'   data_agrupada = data_agrupada_mpios,
-#'   poblacion = "proyecciones",
-#'   dpto = "05",
-#'   year = 2020,
-#'   ruta_dir = tempdir()
-#' )
+#' if (interactive()) {
+#'   calcular_incidencia(
+#'     data_agrupada = data_agrupada_mpios,
+#'     poblacion = "proyecciones",
+#'     dpto = "05",
+#'     year = 2020,
+#'     cache = TRUE
+#'   )
+#' }
 #' # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por municipio
 #' calcular_incidencia(
 #'   data_agrupada = data_agrupada_mpios,
@@ -925,8 +924,6 @@ agrupar_per_etn <- function(data_event, cols_etn = "per_etn",
 #'   mpio = "05001",
 #'   year = 2020,
 #'   ruta_dir = tempdir()
-#'   year = 2020,
-#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' # Cálculo de la incidencia con población a riesgo para Colombia
 #' data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
@@ -961,7 +958,6 @@ calcular_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
       event = nombre_evento,
       year = year,
       ruta_dir = ruta_dir,
-      ruta_dir = ruta_dir,
       cache = cache
     )
   data_incidencia <- pop_incidencia$data_incidencia
diff --git a/man/calcular_incidencia.Rd b/man/calcular_incidencia.Rd
index e8422e9a..30b3b2ab 100644
--- a/man/calcular_incidencia.Rd
+++ b/man/calcular_incidencia.Rd
@@ -68,13 +68,15 @@ data(dengue2020)
 data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = dengue2020)
 # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por departamento
 data_agrupada_mpios <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
-calcular_incidencia(
-  data_agrupada = data_agrupada_mpios,
-  poblacion = "proyecciones",
-  dpto = "05",
-  year = 2020,
-  ruta_dir = tempdir()
-)
+if (interactive()) {
+  calcular_incidencia(
+    data_agrupada = data_agrupada_mpios,
+    poblacion = "proyecciones",
+    dpto = "05",
+    year = 2020,
+    cache = TRUE
+  )
+}
 # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por municipio
 calcular_incidencia(
   data_agrupada = data_agrupada_mpios,

From 171f8d8c6d5a20d0ef2345586dd33c67a68b8109 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 09:11:02 -0500
Subject: [PATCH 27/37] chore(calcular_incidencia_geo): add interactive for
 cache param

Ref: #206
---
 R/checking_data.R              | 28 ++++++++--------------------
 man/calcular_incidencia_geo.Rd | 14 ++++++++------
 2 files changed, 16 insertions(+), 26 deletions(-)

diff --git a/R/checking_data.R b/R/checking_data.R
index 753ad46d..b39d1e49 100644
--- a/R/checking_data.R
+++ b/R/checking_data.R
@@ -1050,9 +1050,6 @@ calcular_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
 #' @param ruta_dir Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
 #' del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
 #' poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
-#' @param ruta_dir Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
-#' del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
-#' poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
 #' @param cache Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si la población a
 #' riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser
 #' almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.
@@ -1073,12 +1070,14 @@ calcular_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
 #' data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = dengue2020)
 #' data_agrupada_mpios <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
 #' # Cálculo de la incidencia con población a riesgo por departamento
-#' calcular_incidencia_geo(
-#'   poblacion = "riesgo",
-#'   data_agrupada = data_agrupada_mpios,
-#'   year = 2020,
-#'   ruta_dir = tempdir()
-#' )
+#' if (interactive()) {
+#'   calcular_incidencia_geo(
+#'     poblacion = "riesgo",
+#'     data_agrupada = data_agrupada_mpios,
+#'     year = 2020,
+#'     cache = TRUE
+#'   )
+#' }
 #' data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
 #' # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales para Colombia
 #' calcular_incidencia_geo(
@@ -1086,15 +1085,12 @@ calcular_incidencia <- function(data_incidencia = NULL,
 #'   data_agrupada = data_agrupada_dptos,
 #'   year = 2020,
 #'   ruta_dir = tempdir()
-#'   year = 2020,
-#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' }
 #' @export
 calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
                                     cache = FALSE,
                                     ruta_dir = NULL,
-                                    ruta_dir = NULL,
                                     data_agrupada,
                                     poblacion = NULL,
                                     year = NULL) {
@@ -1118,8 +1114,6 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
       year = year,
       cache = cache,
       ruta_dir = ruta_dir
-      cache = cache,
-      ruta_dir = ruta_dir
     )
   data_incidencia <- pop_incidencia$data_incidencia
   poblacion <- pop_incidencia$poblacion
@@ -1149,9 +1143,6 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
         year = year,
         cache = cache,
         ruta_dir = ruta_dir
-        year = year,
-        cache = cache,
-        ruta_dir = ruta_dir
       )
       geo_incidencia[fila] <- incidencia$incidencia
     }
@@ -1182,9 +1173,6 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
         year = year,
         cache = cache,
         ruta_dir = ruta_dir
-        year = year,
-        cache = cache,
-        ruta_dir = ruta_dir
       )
       geo_incidencia[fila] <- incidencia$incidencia
     }
diff --git a/man/calcular_incidencia_geo.Rd b/man/calcular_incidencia_geo.Rd
index 3929ed19..0f9b4979 100644
--- a/man/calcular_incidencia_geo.Rd
+++ b/man/calcular_incidencia_geo.Rd
@@ -51,12 +51,14 @@ data(dengue2020)
 data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = dengue2020)
 data_agrupada_mpios <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
 # Cálculo de la incidencia con población a riesgo por departamento
-calcular_incidencia_geo(
-  poblacion = "riesgo",
-  data_agrupada = data_agrupada_mpios,
-  year = 2020,
-  ruta_dir = tempdir()
-)
+if (interactive()) {
+  calcular_incidencia_geo(
+    poblacion = "riesgo",
+    data_agrupada = data_agrupada_mpios,
+    year = 2020,
+    cache = TRUE
+  )
+}
 data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
 # Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales para Colombia
 calcular_incidencia_geo(

From 1615ef7e9c2d3a655b0a098702598de441eaa9f4 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 09:11:25 -0500
Subject: [PATCH 28/37] chore(calcular_incidencia_sex): add interactive for
 cache param

Ref: #206
---
 R/checking_data.R              | 19 ++++++++-----------
 man/calcular_incidencia_sex.Rd | 14 ++++++++------
 2 files changed, 16 insertions(+), 17 deletions(-)

diff --git a/R/checking_data.R b/R/checking_data.R
index b39d1e49..a3ae8e60 100644
--- a/R/checking_data.R
+++ b/R/checking_data.R
@@ -1196,9 +1196,6 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
 #' @param ruta_dir Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
 #' del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
 #' poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
-#' @param ruta_dir Un `character` (cadena de caracteres) que especifica la ruta
-#' del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones
-#' poblacionales DANE. Su valor por defecto es `NULL`.
 #' @param cache Un `logical` (`TRUE` o `FALSE`) que indica si la población a
 #' riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser
 #' almacenados en caché. Su valor por defecto es `FALSE`.
@@ -1226,12 +1223,14 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
 #'   dpto = "05"
 #' )
 #' data_agrupada <- agrupar_sex(data_filtrada)
-#' calcular_incidencia_sex(
-#'   data_agrupada = data_agrupada,
-#'   dpto = "05",
-#'   year = 2020,
-#'   ruta_dir = tempdir()
-#' )
+#' if (interactive()) {
+#'   calcular_incidencia_sex(
+#'     data_agrupada = data_agrupada,
+#'     dpto = "05",
+#'     year = 2020,
+#'     cache = TRUE
+#'   )
+#' }
 #' #' Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por sexo y
 #' # municipio
 #' data_filtrada <- geo_filtro(
@@ -1244,8 +1243,6 @@ calcular_incidencia_geo <- function(data_incidencia = NULL,
 #'   dpto = "05",
 #'   mpio = "Medellin",
 #'   ruta_dir = tempdir()
-#'   mpio = "Medellin",
-#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' }
 #' @export
diff --git a/man/calcular_incidencia_sex.Rd b/man/calcular_incidencia_sex.Rd
index 8aedeb75..b5f288b5 100644
--- a/man/calcular_incidencia_sex.Rd
+++ b/man/calcular_incidencia_sex.Rd
@@ -61,12 +61,14 @@ data_filtrada <- geo_filtro(
   dpto = "05"
 )
 data_agrupada <- agrupar_sex(data_filtrada)
-calcular_incidencia_sex(
-  data_agrupada = data_agrupada,
-  dpto = "05",
-  year = 2020,
-  ruta_dir = tempdir()
-)
+if (interactive()) {
+  calcular_incidencia_sex(
+    data_agrupada = data_agrupada,
+    dpto = "05",
+    year = 2020,
+    cache = TRUE
+  )
+}
 #' Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por sexo y
 # municipio
 data_filtrada <- geo_filtro(

From 6091a60fbee142c2c25e217ce4eda803d2af38fa Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 09:17:32 -0500
Subject: [PATCH 29/37] fix: remove spaces and restore original examples

Ref: #206
---
 R/import_data.R          | 12 ++----------
 man/import_data_event.Rd |  4 ++--
 2 files changed, 4 insertions(+), 12 deletions(-)

diff --git a/R/import_data.R b/R/import_data.R
index bff0f9ff..a6f8cb6c 100644
--- a/R/import_data.R
+++ b/R/import_data.R
@@ -54,7 +54,6 @@ realizar_peticion_http <- function(url) {
 #' y municipios de Colombia.
 #' @examples
 #' \donttest{
-#' \donttest{
 #' import_geo_cods(descargar = FALSE)
 #' }
 #' @export
@@ -84,10 +83,6 @@ import_geo_cods <- function(descargar = FALSE) {
 #' if (interactive()) {
 #'   list_events()
 #'  }
-#' \donttest{
-#' if (interactive()) {
-#'   list_events()
-#'  }
 #' }
 #' @export
 list_events <- function() {
@@ -169,18 +164,15 @@ list_events <- function() {
 #' @examples
 #' \donttest{
 #' if (interactive()) {
-#' \donttest{
-#' if (interactive()) {
 #' import_data_event(nombre_event = "DENGUE",
 #'                   years = 2020,
-#'                   ruta_dir = tempdir())
+#'                   cache = TRUE)
 #' import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
 #'                   years = c(2019, 2020),
 #'                   ruta_dir = tempdir())
-#'                   ruta_dir = tempdir())
 #' import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
 #'                   years = seq(2018, 2020),
-#'                   ruta_dir = tempdir())
+#'                   cache = TRUE)
 #'  }
 #' }
 #' @export
diff --git a/man/import_data_event.Rd b/man/import_data_event.Rd
index b34f90ec..0ada0133 100644
--- a/man/import_data_event.Rd
+++ b/man/import_data_event.Rd
@@ -35,13 +35,13 @@ año desde los microdatos del SIVIGILA.
 if (interactive()) {
 import_data_event(nombre_event = "DENGUE",
                   years = 2020,
-                  ruta_dir = tempdir())
+                  cache = TRUE)
 import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
                   years = c(2019, 2020),
                   ruta_dir = tempdir())
 import_data_event(nombre_event = "CHAGAS",
                   years = seq(2018, 2020),
-                  ruta_dir = tempdir())
+                  cache = TRUE)
  }
 }
 }

From 4b9756cca52546b314125bda91bce05d097c9d36 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 09:18:30 -0500
Subject: [PATCH 30/37] chore(import_pob_incidencia): add interactive for cache
 param

Ref: #206
---
 R/import_data.R              | 8 ++++----
 man/import_pob_incidencia.Rd | 6 ++++--
 2 files changed, 8 insertions(+), 6 deletions(-)

diff --git a/R/import_data.R b/R/import_data.R
index a6f8cb6c..ea0f6218 100644
--- a/R/import_data.R
+++ b/R/import_data.R
@@ -320,13 +320,13 @@ import_sep_data <- function(ruta_data = NULL,
 #' @examples
 #'  \donttest{
 #' # Importación proyecciones poblaciones DANE
-#' import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = 2020,
-#'                       ruta_dir = tempdir())
+#' if (interactive()) {
+#'   import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = 2020,
+#'                         cache = TRUE)
+#' }
 #' # Importación población a riesgo de Dengue del año 2020
 #' import_pob_incidencia(poblacion = "riesgo", event = "dengue", year = 2020,
 #'                       ruta_dir = tempdir())
-#' import_pob_incidencia(poblacion = "riesgo", event = "dengue", year = 2020,
-#'                       ruta_dir = tempdir())
 #' }
 #' @export
 import_pob_incidencia <- function(
diff --git a/man/import_pob_incidencia.Rd b/man/import_pob_incidencia.Rd
index 502f07c1..e0348f75 100644
--- a/man/import_pob_incidencia.Rd
+++ b/man/import_pob_incidencia.Rd
@@ -45,8 +45,10 @@ el 2035.
 \examples{
  \donttest{
 # Importación proyecciones poblaciones DANE
-import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = 2020,
-                      ruta_dir = tempdir())
+if (interactive()) {
+  import_pob_incidencia(poblacion = "proyecciones", year = 2020,
+                        cache = TRUE)
+}
 # Importación población a riesgo de Dengue del año 2020
 import_pob_incidencia(poblacion = "riesgo", event = "dengue", year = 2020,
                       ruta_dir = tempdir())

From 7b0362f6e94d1cd76ef01e0761348aae0a894793 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 09:19:09 -0500
Subject: [PATCH 31/37] chore(import_pob_proyecciones): add interactive for
 cache param

Ref: #206
---
 R/import_data.R                | 4 +++-
 man/import_pob_proyecciones.Rd | 3 +++
 2 files changed, 6 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/R/import_data.R b/R/import_data.R
index ea0f6218..be628a30 100644
--- a/R/import_data.R
+++ b/R/import_data.R
@@ -362,7 +362,9 @@ import_pob_incidencia <- function(
 #' @examples
 #' \donttest{
 #' import_pob_proyecciones(year = 2020, ruta_dir = tempdir())
-#' import_pob_proyecciones(year = 2020, ruta_dir = tempdir())
+#' if (interactive()) {
+#'   import_pob_proyecciones(year = 2020, cache = TRUE)
+#'   }
 #' }
 #' @export
 import_pob_proyecciones <- function(year,
diff --git a/man/import_pob_proyecciones.Rd b/man/import_pob_proyecciones.Rd
index 7d69f18a..f1ffc6e6 100644
--- a/man/import_pob_proyecciones.Rd
+++ b/man/import_pob_proyecciones.Rd
@@ -28,5 +28,8 @@ DANE desde el año 2005 hasta el 2035.
 \examples{
 \donttest{
 import_pob_proyecciones(year = 2020, ruta_dir = tempdir())
+if (interactive()) {
+  import_pob_proyecciones(year = 2020, cache = TRUE)
+  }
 }
 }

From 8b3f4dd96c01ed97797cde31eb2e723f2c5c1a13 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 09:19:28 -0500
Subject: [PATCH 32/37] chore(import_pob_riesgo): add interactive for cache
 param

Ref: #206
---
 R/import_data.R          | 6 +++---
 man/import_pob_riesgo.Rd | 3 +++
 2 files changed, 6 insertions(+), 3 deletions(-)

diff --git a/R/import_data.R b/R/import_data.R
index be628a30..794e1c81 100644
--- a/R/import_data.R
+++ b/R/import_data.R
@@ -411,7 +411,9 @@ import_pob_proyecciones <- function(year,
 #' @examples
 #' \donttest{
 #' import_pob_riesgo(event = "Dengue", year = 2020, ruta_dir = tempdir())
-#' import_pob_riesgo(event = "Dengue", year = 2020, ruta_dir = tempdir())
+#' if (interactive()) {
+#'   import_pob_riesgo(event = "Dengue", year = 2020, cache = TRUE)
+#'   }
 #' }
 #' @export
 import_pob_riesgo <- function(event, year,
@@ -489,8 +491,6 @@ import_shape_map <- function(ruta_dir = NULL,
                              cache = FALSE) {
   ruta_dir <- obtener_ruta_dir(ruta_dir = ruta_dir, cache = cache,
                                mensaje_error = "el Shapefile del mapa")
-  ruta_dir <- obtener_ruta_dir(ruta_dir = ruta_dir, cache = cache,
-                               mensaje_error = "el Shapefile del mapa")
   archivo_zip <- obtener_val_config("map_shape_zip_file")
   ruta_zip <- file.path(ruta_dir, archivo_zip)
   if (!file.exists(ruta_zip)) {
diff --git a/man/import_pob_riesgo.Rd b/man/import_pob_riesgo.Rd
index 12a84cdd..5b26c5ec 100644
--- a/man/import_pob_riesgo.Rd
+++ b/man/import_pob_riesgo.Rd
@@ -31,5 +31,8 @@ o enfermedad para un año específico.
 \examples{
 \donttest{
 import_pob_riesgo(event = "Dengue", year = 2020, ruta_dir = tempdir())
+if (interactive()) {
+  import_pob_riesgo(event = "Dengue", year = 2020, cache = TRUE)
+  }
 }
 }

From 5d1acd75b2b8863d0dc7771b5de34943d0e1bad9 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 09:19:53 -0500
Subject: [PATCH 33/37] chore(plot_map): add interactive for cache param

Ref: #206
---
 R/plotting.R    | 41 +++++++++++++++++------------------------
 man/plot_map.Rd | 30 +++++++++++++++++-------------
 2 files changed, 34 insertions(+), 37 deletions(-)

diff --git a/R/plotting.R b/R/plotting.R
index 7fa94cc0..5cb0c780 100644
--- a/R/plotting.R
+++ b/R/plotting.R
@@ -29,11 +29,13 @@
 #' geo_ocurrencia <- obtener_tip_ocurren_geo(nombre_event = "dengue")
 #' data_espacial <- agrupar_dpto(data_event = data_estandar,
 #'                               geo_ocurrencia[1:4])
-#' plot_map(
-#'   data_agrupada = data_espacial,
-#'   col_distribucion = "casos",
-#'   ruta_dir = tempdir()
-#' )
+#' if (interactive()) {
+#'   plot_map(
+#'     data_agrupada = data_espacial,
+#'     col_distribucion = "casos",
+#'     cache = TRUE
+#'   )
+#' }
 #' # Mapa por municipios de un departamento especifico
 #' data_filtrada_dpto <- geo_filtro(
 #'   data_event = data_estandar,
@@ -45,8 +47,6 @@
 #'   col_codigos = "cod_mun_o",
 #'   col_distribucion = "casos",
 #'   ruta_dir = tempdir()
-#'   col_distribucion = "casos",
-#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' # Mapa por municipio especifico
 #' data_filtrada_mpio <- geo_filtro(
@@ -55,27 +55,25 @@
 #'   mpio = "Medellin"
 #' )
 #' data_espacial_mpio <- agrupar_mpio(data_event = data_filtrada_mpio)
-#' plot_map(
-#'   data_agrupada = data_espacial_mpio,
-#'   col_codigos = "cod_mun_o",
-#'   col_distribucion = "casos",
-#'   dpto = "Antioquia",
-#'   mpio = "Medellin",
-#'   ruta_dir = tempdir()
-#' )
+#' if (interactive()) {
+#'   plot_map(
+#'     data_agrupada = data_espacial_mpio,
+#'     col_codigos = "cod_mun_o",
+#'     col_distribucion = "casos",
+#'     dpto = "Antioquia",
+#'     mpio = "Medellin",
+#'     cache = TRUE
+#'   )
+#' }
 #' # Mapa con la incidencia por municipios de un departamento específico
 #' incidencia_dpto <-
 #'   calcular_incidencia_geo(data_agrupada = data_espacial_dpto,
 #'                           ruta_dir = tempdir())
-#'   calcular_incidencia_geo(data_agrupada = data_espacial_dpto,
-#'                           ruta_dir = tempdir())
 #' plot_map(
 #'   data_agrupada = incidencia_dpto$data_incidencia,
 #'   col_codigos = "cod_mun_o",
 #'   col_distribucion = "incidencia",
 #'   ruta_dir = tempdir()
-#'   col_distribucion = "incidencia",
-#'   ruta_dir = tempdir()
 #' )
 #' }
 #' @export
@@ -242,7 +240,6 @@ plot_map <- function(data_agrupada,
 #' de síntomas.
 #' @examples
 #' \donttest{
-#' \donttest{
 #' data(dengue2020)
 #' data_limpia <- limpiar_data_sivigila(dengue2020)
 #' data_agrupada <- agrupar_fecha_inisintomas(
@@ -254,7 +251,6 @@ plot_map <- function(data_agrupada,
 #'   uni_marca = "semanaepi"
 #' )
 #' }
-#' }
 #' @export
 plot_fecha_inisintomas <- function(data_agrupada,
                                    col_fecha = "ini_sin",
@@ -1082,7 +1078,6 @@ plot_tabla_tipos_event <- function(data_agrupada,
 #'  }
 #' }
 #' @export
-
 plot_years <- function(data_agrupada,
                        col_year = "ano",
                        fuente_data = NULL) {
@@ -1442,8 +1437,6 @@ plot_tabla_incidencia_geo <- function(data_agrupada,
 #'     data_agrupada = data_agrupada_sex,
 #'     dpto = "Antioquia",
 #'     ruta_dir = tempdir()
-#'     dpto = "Antioquia",
-#'     ruta_dir = tempdir()
 #'   )
 #' plot_tabla_incidencia_sex(
 #'   data_agrupada = incidencia_mpios$data_incidencia,
diff --git a/man/plot_map.Rd b/man/plot_map.Rd
index 11dfdae9..f6db0767 100644
--- a/man/plot_map.Rd
+++ b/man/plot_map.Rd
@@ -63,11 +63,13 @@ data_estandar <- estandarizar_geo_cods(data_limpia)
 geo_ocurrencia <- obtener_tip_ocurren_geo(nombre_event = "dengue")
 data_espacial <- agrupar_dpto(data_event = data_estandar,
                               geo_ocurrencia[1:4])
-plot_map(
-  data_agrupada = data_espacial,
-  col_distribucion = "casos",
-  ruta_dir = tempdir()
-)
+if (interactive()) {
+  plot_map(
+    data_agrupada = data_espacial,
+    col_distribucion = "casos",
+    cache = TRUE
+  )
+}
 # Mapa por municipios de un departamento especifico
 data_filtrada_dpto <- geo_filtro(
   data_event = data_estandar,
@@ -87,14 +89,16 @@ data_filtrada_mpio <- geo_filtro(
   mpio = "Medellin"
 )
 data_espacial_mpio <- agrupar_mpio(data_event = data_filtrada_mpio)
-plot_map(
-  data_agrupada = data_espacial_mpio,
-  col_codigos = "cod_mun_o",
-  col_distribucion = "casos",
-  dpto = "Antioquia",
-  mpio = "Medellin",
-  ruta_dir = tempdir()
-)
+if (interactive()) {
+  plot_map(
+    data_agrupada = data_espacial_mpio,
+    col_codigos = "cod_mun_o",
+    col_distribucion = "casos",
+    dpto = "Antioquia",
+    mpio = "Medellin",
+    cache = TRUE
+  )
+}
 # Mapa con la incidencia por municipios de un departamento específico
 incidencia_dpto <-
   calcular_incidencia_geo(data_agrupada = data_espacial_dpto,

From 9b331ea25f6cbf7dd5ce14539d49497fa4746d09 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 09:21:55 -0500
Subject: [PATCH 34/37] chore: update cran-comments

Ref: #206
---
 cran-comments.md | 4 ++--
 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/cran-comments.md b/cran-comments.md
index c61dc70c..b409013a 100644
--- a/cran-comments.md
+++ b/cran-comments.md
@@ -22,5 +22,5 @@ This is a resubmission. In this version:
   Specifically, `es_ES` was replaced with `es-ES` as recommended.
   
 * Implemented `tempdir()` for function examples that require data import and 
-  use the `cache` parameter. This change resolves additional `donttest` issues 
-  related to package's size.
+  improved the use of `cache` parameter. These changes resolves additional 
+  `donttest` issues related to package's size.

From eca58bd3cbda3876cc570f4daf703da3ed2b6296 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 11:58:21 -0500
Subject: [PATCH 35/37] Increment version number to 1.0.1

---
 DESCRIPTION | 2 +-
 NEWS.md     | 2 ++
 2 files changed, 3 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
index 893d17c0..fed509f2 100644
--- a/DESCRIPTION
+++ b/DESCRIPTION
@@ -1,7 +1,7 @@
 Package: sivirep
 Title: Data Wrangling and Automated Reports from 'SIVIGILA' Source
 Type: Package
-Version: 1.0.0
+Version: 1.0.1
 Authors@R: 
   c(
     person(given = "Geraldine", family = "Gómez-Millán", email = "geralidine.gomez@javeriana.edu.co", role = c("aut", "cre", "ctb"),
diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md
index c41a2084..0f621d9a 100644
--- a/NEWS.md
+++ b/NEWS.md
@@ -1,3 +1,5 @@
+# sivirep 1.0.1
+
 # sivirep 0.0.1
 
 This is the initial version of the package. It contains four modules which are as follows:

From 2c773003a259ae50fbaf1290a31deaed091ad78f Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 12:24:18 -0500
Subject: [PATCH 36/37] chore: add patch version

Ref: #206
---
 NEWS.md | 10 ++++++++++
 1 file changed, 10 insertions(+)

diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md
index 0f621d9a..cc176cf1 100644
--- a/NEWS.md
+++ b/NEWS.md
@@ -80,3 +80,13 @@ The report template `Reporte Basico` now includes five new sections called:
 -   `Distribución por área geográfica`
 -   `Distribución por pertenencia étnica` 
 -   `Incidencia`
+
+# sivirep 1.0.1
+
+This patch release fixes the following items::
+
+-   `es_ES` was replaced with `es-ES` in the `DESCRIPTION` file.
+  
+-   Updated function examples that require data import and 
+    use the `cache` parameter to prevent an increase in the package's size 
+    on CRAN.

From 3fd58aed119b77342faf3786fe2690e0a220e532 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: GeraldineGomez <avocadoenterprise@gmail.com>
Date: Fri, 22 Nov 2024 12:24:37 -0500
Subject: [PATCH 37/37] chore: update cran-comments

Ref: #206
---
 cran-comments.md | 16 +---------------
 1 file changed, 1 insertion(+), 15 deletions(-)

diff --git a/cran-comments.md b/cran-comments.md
index b409013a..187a179d 100644
--- a/cran-comments.md
+++ b/cran-comments.md
@@ -4,23 +4,9 @@
 
 * This is a new release.
 
-* sivirep currently has its documentation, function names, and website in 
-  Spanish, as user testing in various regions of Colombia, such as the Chocó 
-  region, revealed that having these components in English posed a 
-  significant barrier. Many users in these areas are not proficient in English, 
-  which increases learning curves and limits the adoption of the tool. This 
-  package is expected to be used by Health Departments and Professionals 
-  throughout the country to facilitate the generation and access to 
-  epidemiological reports from SIVIGILA (National Public Health Surveillance 
-  System).
-
-## Resubmission
-
-This is a resubmission. In this version:
-
 * Updated `DESCRIPTION` file to use language tags compliant with RFC 5646. 
   Specifically, `es_ES` was replaced with `es-ES` as recommended.
   
 * Implemented `tempdir()` for function examples that require data import and 
   improved the use of `cache` parameter. These changes resolves additional 
-  `donttest` issues related to package's size.
+  `donttest` issues related to package's size on CRAN.