diff --git a/R/plotting.R b/R/plotting.R index e0710e11..060b77d8 100644 --- a/R/plotting.R +++ b/R/plotting.R @@ -598,6 +598,7 @@ plot_edad <- function(data_agrupada, #' es `NULL`. #' @return Un `plot` o gráfico de distribución de casos por edad y sexo. #' @examples +#' \donttest{ #' data(dengue2020) #' data_limpia <- limpiar_data_sivigila(dengue2020) #' data_agrupada <- agrupar_edad_sex(data_event = data_limpia) @@ -606,6 +607,7 @@ plot_edad <- function(data_agrupada, #' col_edad = "edad", #' col_sex = "sexo" #' ) +#' } #' @export plot_edad_sex <- function(data_agrupada, col_edad = "edad", @@ -1052,7 +1054,7 @@ plot_tabla_tipos_event <- function(data_agrupada, #' plot_years(data_agrupada, #' col_year = "ano" #' ) -#' \donttest{ +#' \dontrun{ #' data_years <- import_data_event( #' nombre_event = "CHAGAS", #' years = c(2019, 2020), diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd index 2110097f..5be6df1f 100644 --- a/README.Rmd +++ b/README.Rmd @@ -29,7 +29,7 @@ library(sivirep) [![License: MIT](https://img.shields.io/badge/License-MIT-blue.svg)](https://opensource.org/license/mit) [![R-CMD-check](https://github.com/epiverse-trace/sivirep/actions/workflows/R-CMD-check.yaml/badge.svg)](https://github.com/epiverse-trace/sivirep/actions/workflows/R-CMD-check.yaml) -[![Codecov test coverage](https://codecov.io/gh/epiverse-trace/sivirep/branch/main/graph/badge.svg)](https://app.codecov.io/gh/epiverse-trace/readepi?branch=main) +[![Codecov test coverage](https://codecov.io/gh/epiverse-trace/sivirep/branch/main/graph/badge.svg)](https://app.codecov.io/gh/epiverse-trace/sivirep?branch=main) [![lifecycle-maturing](https://raw.githubusercontent.com/reconverse/reconverse.github.io/master/images/badge-maturing.svg)](https://www.reconverse.org/lifecycle.html#maturing) [![Project Status: Active – The project has reached a stable, usable state and is being actively developed.](https://www.repostatus.org/badges/latest/active.svg)](https://www.repostatus.org/#active) @@ -41,7 +41,7 @@ Javeriana](https://www.javeriana.edu.co/inicio) como parte de la iniciativa [Epi La versión actual de *sivirep* 1.0.0 proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de -[SIVIGILA](https://www.ins.gov.co/Direcciones/Vigilancia/Paginas/SIVIGILA.aspx), +[SIVIGILA](https://portalsivigila.ins.gov.co/), que es el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia. ## Exclusión de responsabilidad @@ -54,9 +54,9 @@ América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, -[SIVIGILA](https://www.ins.gov.co/Direcciones/Vigilancia/Paginas/SIVIGILA.aspx). +[SIVIGILA](https://portalsivigila.ins.gov.co/). Este sistema está regulado por el [Instituto Nacional de -Salud](https://www.ins.gov.co) de Colombia y es operado por miles de +Salud](https://www.ins.gov.co/Paginas/Inicio.aspx) de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos. diff --git a/README.md b/README.md index e130fc0d..3e3ab2b9 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -9,7 +9,7 @@ MIT](https://img.shields.io/badge/License-MIT-blue.svg)](https://opensource.org/license/mit) [![R-CMD-check](https://github.com/epiverse-trace/sivirep/actions/workflows/R-CMD-check.yaml/badge.svg)](https://github.com/epiverse-trace/sivirep/actions/workflows/R-CMD-check.yaml) [![Codecov test -coverage](https://codecov.io/gh/epiverse-trace/sivirep/branch/main/graph/badge.svg)](https://app.codecov.io/gh/epiverse-trace/readepi?branch=main) +coverage](https://codecov.io/gh/epiverse-trace/sivirep/branch/main/graph/badge.svg)](https://app.codecov.io/gh/epiverse-trace/sivirep?branch=main) [![lifecycle-maturing](https://raw.githubusercontent.com/reconverse/reconverse.github.io/master/images/badge-maturing.svg)](https://www.reconverse.org/lifecycle.html#maturing) [![Project Status: Active – The project has reached a stable, usable state and is being actively @@ -24,8 +24,8 @@ iniciativa [Epiverse](https://data.org/initiatives/epiverse/). La versión actual de *sivirep* 1.0.0 proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de -[SIVIGILA](https://www.ins.gov.co/Direcciones/Vigilancia/Paginas/SIVIGILA.aspx), -que es el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia. +[SIVIGILA](https://portalsivigila.ins.gov.co/), que es el sistema +oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia. ## Exclusión de responsabilidad @@ -42,11 +42,11 @@ América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, -[SIVIGILA](https://www.ins.gov.co/Direcciones/Vigilancia/Paginas/SIVIGILA.aspx). -Este sistema está regulado por el [Instituto Nacional de -Salud](https://www.ins.gov.co) de Colombia y es operado por miles de -trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales -y unidades primarias generadoras de datos. +[SIVIGILA](https://portalsivigila.ins.gov.co/). Este sistema está +regulado por el [Instituto Nacional de +Salud](https://www.ins.gov.co/Paginas/Inicio.aspx) de Colombia y es +operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de +salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos. Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de diff --git a/man/plot_edad_sex.Rd b/man/plot_edad_sex.Rd index effd0678..7fb107aa 100644 --- a/man/plot_edad_sex.Rd +++ b/man/plot_edad_sex.Rd @@ -35,6 +35,7 @@ Función que genera un gráfico de distribución de casos por edad y sexo. } \examples{ +\donttest{ data(dengue2020) data_limpia <- limpiar_data_sivigila(dengue2020) data_agrupada <- agrupar_edad_sex(data_event = data_limpia) @@ -44,3 +45,4 @@ plot_edad_sex( col_sex = "sexo" ) } +} diff --git a/man/plot_years.Rd b/man/plot_years.Rd index 64933f0f..fe62f593 100644 --- a/man/plot_years.Rd +++ b/man/plot_years.Rd @@ -32,7 +32,7 @@ data_agrupada <- agrupar_years(data_event = data_limpia) plot_years(data_agrupada, col_year = "ano" ) -\donttest{ +\dontrun{ data_years <- import_data_event( nombre_event = "CHAGAS", years = c(2019, 2020), diff --git a/tests/testthat/test-years.R b/tests/testthat/test-years.R index 9e28b636..ec89ee0f 100644 --- a/tests/testthat/test-years.R +++ b/tests/testthat/test-years.R @@ -17,10 +17,7 @@ test_that("`year` funciona correctamente", { }) test_that("`years` funciona correctamente", { - data_years <- import_data_event( - nombre_event = "MORTALIDAD MATERNA", - years = seq(2019, 2020) - ) + data_years <- dengue2020 data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_years) data_agrupada <- agrupar_years(data_event = data_limpia) @@ -30,8 +27,6 @@ test_that("`years` funciona correctamente", { expect_true("ano" %in% names(data_agrupada)) expect_true("casos" %in% names(data_agrupada)) - expect_equal(data_agrupada[["casos"]], c(550, 607)) - plot <- plot_years(data_agrupada) expect_s3_class(plot, "ggplot") }) diff --git a/vignettes/sivirep.Rmd b/vignettes/sivirep.Rmd index 9b710220..5d5fd49e 100644 --- a/vignettes/sivirep.Rmd +++ b/vignettes/sivirep.Rmd @@ -38,7 +38,7 @@ El uso de esta librería, así como de los datos, reportes generados y otros pro ## Motivación -América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, [SIVIGILA](https://www.ins.gov.co/Direcciones/Vigilancia/Paginas/SIVIGILA.aspx). Este sistema está regulado por el [Instituto Nacional de Salud](https://www.ins.gov.co) de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos. +América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, [SIVIGILA](https://portalsivigila.ins.gov.co/). Este sistema está regulado por el [Instituto Nacional de Salud](https://www.ins.gov.co/Paginas/Inicio.aspx) de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos. Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de los informes epidemiológicos. Estas tareas pueden requerir una gran cantidad de trabajo manual debido a limitaciones en el entrenamiento para el análisis de datos, el tiempo que se requiere invertir, la tecnología y la calidad del acceso a internet en algunas regiones de Colombia.