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Nowcaster's secret spellbook

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saramortara edited this page Jul 6, 2020 · 6 revisions

Documentação de como rodar códigos, e outros

Rotinas para gerar produtos atuais

Nowcasting de DRS a partir dos dados do estado de SP

Automático: input: Pedro coloca base SIVEP no repo privado estado_SP, robô roda o central_covid: scripts/auto_DRS_nowcast_report.sh que:

  • converte o cabeçalho da base e renomeia o arquivo de dados
  • roda nowcasting pra cada DRS
  • gera relatório com plots
  • outputs e reports vão pro repo estado_SP

Para rodar na mão (sem alterar repos): a partir da pasta nowcasting:

  • usando trim = 5
  • fazendo pra Grande SP (geocode 1)
  • usando base de dados de 2020_05_25
datafolder="../dados/estado_SP/SRAG_hospitalizados/"
Rscript update_nowcasting.R --dir $datafolder/dados --escala drs --sigla SP --geocode 1 --dataBase 2020_05_25 --outputDir $datafolder/outputs --trim 5 --ncores NULL
Rscript update_nowcasting.R --dir $datafolder/dados --escala drs --sigla SP --geocode 1 --dataBase 2020_05_25 --outputDir $datafolder/outputs --trim 5 --ncores NULL --plot TRUE

Pra gerar o relatório, vá pra pasta no repo estado_SP: estado_SP/SRAG_hospitalizados/reports/ e rode:

Rscript -e "rmarkdown::render(input = 'report.Rmd', output_file = 'relatorio_2020_05_25.html', output_dir = './')"

O arquivo report.Rmd exclui na unha algumas cidades que não estavam gerando nenhum plot, pode ser conveniente reinclui-las no futuro.

Nowcasting e plots de município para o site a partir da base do estado

Automático (quase pronto): input: Pedro coloca base no repo privado estado_SP, robô roda o central_covid: scripts/auto_site_municipios.sh que:

  • assume cabeçalho e arquivo de dados renomeado pelo outro script
  • roda nowcasting pro município SP
  • copia conteúdo do tabelas_nowcasting_para_grafico/ pro repo site: /dados/.../tabelas_nowcasting_para_grafico/
  • roda no repo site: _src/update_plots_nowcasting.R que atualiza plots
  • dá commit nos arquivos do site

Para rodar na mão (sem alterar repos):

  • Pro municípo SP (geocode 355030)
  • Com trim=2 (default)
  • sem salvar no git do repo nowcasting
  • assume que tem um clone do repo site em ../site (boa ideia: dar git pull lá antes)

Na raiz do repo nowcasting:

datafolder="../dados/estado_SP/SRAG_hospitalizados"
munpath="municipios/SP/Sao_Paulo"
# roda nowcasting
Rscript update_nowcasting.R --dir $datafolder/dados --escala municipio --geocode 355030 --dataBase 2020_05_25 --outputDir $datafolder/outputs --trim 2
# copia outputs relevantes pro site
cp $datafolder/outputs/$munpath/tabelas_nowcasting_para_grafico/*2020_05_25.csv ../site/dados/$munpath/tabelas_nowcasting_para_grafico/

cd ../site/_src
# roda atualização dos plots
Rscript update_plots_nowcasting.R --escala municipio --geocode 355030 --dataBase 2020_05_25
# checa ANTES por favor
git status
# adiciona dados e plots novos no repo site
# DANGER: usa git add * 
git add dados/$munpath/tabelas_nowcasting_para_grafico/*2020_05_25.csv web/$munpath
git commit -m "outputs e plots município SP-São Paulo"
git push

Nowcasting para Campinas-SP

Consultar as instruções no README.md do repositório de Campinas. É necessário uma cópia local do meta-repo e do repo nowcasting.

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