From 23192facb5a3c42a1ac8043e8013e0b243cc8bb0 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: chgl <chgl@users.noreply.github.com>
Date: Tue, 7 May 2024 11:39:18 +0200
Subject: [PATCH] fix: create output xml folder if not exists and update
 snapshots (#176)

* fix: create output folder for XMLs if not exists

* test: update snapshot tests (not yet ran in pipeline)
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 .../__snapshots__/decompose_xmls_test.ambr    | 396 +++++++++++++++++-
 src/decompose_xmls/decompose_xmls.py          |   7 +
 2 files changed, 399 insertions(+), 4 deletions(-)

diff --git a/src/decompose_xmls/__snapshots__/decompose_xmls_test.ambr b/src/decompose_xmls/__snapshots__/decompose_xmls_test.ambr
index e6238f57..772bffb4 100644
--- a/src/decompose_xmls/__snapshots__/decompose_xmls_test.ambr
+++ b/src/decompose_xmls/__snapshots__/decompose_xmls_test.ambr
@@ -1,9 +1,397 @@
 # serializer version: 1
 # name: test_decompose_sammelmeldung[input-obds-reports/test-2patients.xml]
   list([
-    {"xml": "<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>\n<ADT_GEKID xmlns=\"http://www.gekid.de/namespace\" Schema_Version=\"2.2.1\"><Absender Absender_ID=\"UKKK_ONKOSTAR\" Software_ID=\"ONKOSTAR\" Installations_ID=\"2.11.1.4\">\n    <Absender_Bezeichnung>UKKK</Absender_Bezeichnung>\n    <Absender_Ansprechpartner />\n    <Absender_Anschrift>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx</Absender_Anschrift>\n  </Absender>\n  <Menge_Patient><Patient>\n      <Patienten_Stammdaten Patient_ID=\"1004444444\">\n        <KrankenversichertenNr>F00000000</KrankenversichertenNr>\n        <KrankenkassenNr>9999999</KrankenkassenNr>\n        <Patienten_Nachname>Hafnero</Patienten_Nachname>\n        <Patienten_Vornamen>B</Patienten_Vornamen>\n        <Patienten_Geburtsname>E</Patienten_Geburtsname>\n        <Patienten_Geschlecht>W</Patienten_Geschlecht>\n        <Patienten_Geburtsdatum>14.01.1900</Patienten_Geburtsdatum>\n        <Menge_Adresse>\n          <Adresse>\n            <Patienten_Land>DE</Patienten_Land>\n            <Patienten_PLZ>91058</Patienten_PLZ>\n            <Patienten_Ort>Erlangen</Patienten_Ort>\n          </Adresse>\n        </Menge_Adresse>\n      </Patienten_Stammdaten>\n      <Menge_Meldung>\n        <Meldung Meldung_ID=\"FK0037276\" Melder_ID=\"FK\">\n          <Meldedatum>10.03.1900</Meldedatum>\n          <Meldebegruendung>I</Meldebegruendung>\n          <Meldeanlass>behandlungsende</Meldeanlass>\n          <Tumorzuordnung Tumor_ID=\"1\">\n            <Primaertumor_ICD_Code>D07.3</Primaertumor_ICD_Code>\n            <Primaertumor_ICD_Version>10 2022 GM</Primaertumor_ICD_Version>\n            <Diagnosedatum>08.08.1900</Diagnosedatum>\n            <Seitenlokalisation>L</Seitenlokalisation>\n          </Tumorzuordnung>\n          <Menge_OP>\n            <OP OP_ID=\"280098\">\n              <OP_Intention>K</OP_Intention>\n              <OP_Datum>01.09.2022</OP_Datum>\n              <Menge_OPS>\n                <OP_OPS>5-543.42</OP_OPS>\n                <OP_OPS>5-683.00</OP_OPS>\n              </Menge_OPS>\n              <OP_OPS_Version>2022</OP_OPS_Version>\n              <Histologie Histologie_ID=\"280094\">\n                <Tumor_Histologiedatum>01.09.1900</Tumor_Histologiedatum>\n                <Histologie_EinsendeNr>12226123</Histologie_EinsendeNr>\n                <Morphologie_Code>8460/2</Morphologie_Code>\n                <Morphologie_ICD_O_Version>33</Morphologie_ICD_O_Version>\n                <Grading>B</Grading>\n              </Histologie>\n              <TNM TNM_ID=\"280117_d\">\n                <TNM_Datum>01.09.2022</TNM_Datum>\n                <TNM_Version>8</TNM_Version>\n                <TNM_c_p_u_Praefix_T>p</TNM_c_p_u_Praefix_T>\n                <TNM_T>1c3</TNM_T>\n                <TNM_c_p_u_Praefix_N>c</TNM_c_p_u_Praefix_N>\n                <TNM_N>0</TNM_N>\n                <TNM_c_p_u_Praefix_M>c</TNM_c_p_u_Praefix_M>\n                <TNM_M>0</TNM_M>\n                <TNM_L>L0</TNM_L>\n                <TNM_V>V0</TNM_V>\n                <TNM_Pn>Pn0</TNM_Pn>\n              </TNM>\n              <Residualstatus>\n                <Lokale_Beurteilung_Residualstatus>R0</Lokale_Beurteilung_Residualstatus>\n                <Gesamtbeurteilung_Residualstatus>R0</Gesamtbeurteilung_Residualstatus>\n              </Residualstatus>\n              <Menge_Komplikation>\n                <OP_Komplikation>N</OP_Komplikation>\n              </Menge_Komplikation>\n              <Menge_Operateur>\n                <Name_Operateur>jjjjj</Name_Operateur>\n                <Name_Operateur>xxxxx</Name_Operateur>\n              </Menge_Operateur>\n              <Anmerkung>Makroskopischer Tumorrest: R0</Anmerkung>\n            </OP>\n          </Menge_OP>\n        </Meldung>\n      </Menge_Meldung>\n    </Patient>\n    </Menge_Patient></ADT_GEKID>", "patient_id": "1004444444", "meldung_id": "FK0037275"},
-    {"xml": "<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>\n<ADT_GEKID xmlns=\"http://www.gekid.de/namespace\" Schema_Version=\"2.2.1\"><Absender Absender_ID=\"UKKK_ONKOSTAR\" Software_ID=\"ONKOSTAR\" Installations_ID=\"2.11.1.4\">\n    <Absender_Bezeichnung>UKKK</Absender_Bezeichnung>\n    <Absender_Ansprechpartner />\n    <Absender_Anschrift>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx</Absender_Anschrift>\n  </Absender>\n  <Menge_Patient><Patient>\n      <Patienten_Stammdaten Patient_ID=\"1004444444\">\n        <KrankenversichertenNr>F00000000</KrankenversichertenNr>\n        <KrankenkassenNr>9999999</KrankenkassenNr>\n        <Patienten_Nachname>Hafnero</Patienten_Nachname>\n        <Patienten_Vornamen>B</Patienten_Vornamen>\n        <Patienten_Geburtsname>E</Patienten_Geburtsname>\n        <Patienten_Geschlecht>W</Patienten_Geschlecht>\n        <Patienten_Geburtsdatum>14.01.1900</Patienten_Geburtsdatum>\n        <Menge_Adresse>\n          <Adresse>\n            <Patienten_Land>DE</Patienten_Land>\n            <Patienten_PLZ>91058</Patienten_PLZ>\n            <Patienten_Ort>Erlangen</Patienten_Ort>\n          </Adresse>\n        </Menge_Adresse>\n      </Patienten_Stammdaten>\n      <Menge_Meldung>\n        <Meldung Meldung_ID=\"FK0037276\" Melder_ID=\"FK\">\n          <Meldedatum>10.03.1900</Meldedatum>\n          <Meldebegruendung>I</Meldebegruendung>\n          <Meldeanlass>behandlungsende</Meldeanlass>\n          <Tumorzuordnung Tumor_ID=\"1\">\n            <Primaertumor_ICD_Code>D07.3</Primaertumor_ICD_Code>\n            <Primaertumor_ICD_Version>10 2022 GM</Primaertumor_ICD_Version>\n            <Diagnosedatum>08.08.1900</Diagnosedatum>\n            <Seitenlokalisation>L</Seitenlokalisation>\n          </Tumorzuordnung>\n          <Menge_OP>\n            <OP OP_ID=\"280098\">\n              <OP_Intention>K</OP_Intention>\n              <OP_Datum>01.09.2022</OP_Datum>\n              <Menge_OPS>\n                <OP_OPS>5-543.42</OP_OPS>\n                <OP_OPS>5-683.00</OP_OPS>\n              </Menge_OPS>\n              <OP_OPS_Version>2022</OP_OPS_Version>\n              <Histologie Histologie_ID=\"280094\">\n                <Tumor_Histologiedatum>01.09.1900</Tumor_Histologiedatum>\n                <Histologie_EinsendeNr>12226123</Histologie_EinsendeNr>\n                <Morphologie_Code>8460/2</Morphologie_Code>\n                <Morphologie_ICD_O_Version>33</Morphologie_ICD_O_Version>\n                <Grading>B</Grading>\n              </Histologie>\n              <TNM TNM_ID=\"280117_d\">\n                <TNM_Datum>01.09.2022</TNM_Datum>\n                <TNM_Version>8</TNM_Version>\n                <TNM_c_p_u_Praefix_T>p</TNM_c_p_u_Praefix_T>\n                <TNM_T>1c3</TNM_T>\n                <TNM_c_p_u_Praefix_N>c</TNM_c_p_u_Praefix_N>\n                <TNM_N>0</TNM_N>\n                <TNM_c_p_u_Praefix_M>c</TNM_c_p_u_Praefix_M>\n                <TNM_M>0</TNM_M>\n                <TNM_L>L0</TNM_L>\n                <TNM_V>V0</TNM_V>\n                <TNM_Pn>Pn0</TNM_Pn>\n              </TNM>\n              <Residualstatus>\n                <Lokale_Beurteilung_Residualstatus>R0</Lokale_Beurteilung_Residualstatus>\n                <Gesamtbeurteilung_Residualstatus>R0</Gesamtbeurteilung_Residualstatus>\n              </Residualstatus>\n              <Menge_Komplikation>\n                <OP_Komplikation>N</OP_Komplikation>\n              </Menge_Komplikation>\n              <Menge_Operateur>\n                <Name_Operateur>jjjjj</Name_Operateur>\n                <Name_Operateur>xxxxx</Name_Operateur>\n              </Menge_Operateur>\n              <Anmerkung>Makroskopischer Tumorrest: R0</Anmerkung>\n            </OP>\n          </Menge_OP>\n        </Meldung>\n      </Menge_Meldung>\n    </Patient>\n    </Menge_Patient></ADT_GEKID>", "patient_id": "1004444444", "meldung_id": "FK0037276"},
-    {"xml": "<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>\n<ADT_GEKID xmlns=\"http://www.gekid.de/namespace\" Schema_Version=\"2.2.1\"><Absender Absender_ID=\"UKKK_ONKOSTAR\" Software_ID=\"ONKOSTAR\" Installations_ID=\"2.11.1.4\">\n    <Absender_Bezeichnung>UKKK</Absender_Bezeichnung>\n    <Absender_Ansprechpartner />\n    <Absender_Anschrift>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx</Absender_Anschrift>\n  </Absender>\n  <Menge_Patient><Patient>\n      <Patienten_Stammdaten Patient_ID=\"101777777777\">\n        <KrankenversichertenNr>277777777</KrankenversichertenNr>\n        <KrankenkassenNr>9777777777</KrankenkassenNr>\n        <Patienten_Nachname>Riedelo</Patienten_Nachname>\n        <Patienten_Titel />\n        <Patienten_Namenszusatz />\n        <Patienten_Vornamen>M</Patienten_Vornamen>\n        <Patienten_Geburtsname />\n        <Patienten_Geschlecht>M</Patienten_Geschlecht>\n        <Patienten_Geburtsdatum>28.10.1900</Patienten_Geburtsdatum>\n        <Menge_Adresse>\n          <Adresse>\n            <Patienten_Strasse>xxxxxxxxx</Patienten_Strasse>\n            <Patienten_Hausnummer />\n            <Patienten_Land>DE</Patienten_Land>\n            <Patienten_PLZ>90</Patienten_PLZ>\n            <Patienten_Ort>xxxxxxx</Patienten_Ort>\n          </Adresse>\n        </Menge_Adresse>\n      </Patienten_Stammdaten>\n      <Menge_Meldung>\n        <Meldung Meldung_ID=\"ST0047290\" Melder_ID=\"ST\">\n          <Meldedatum>10.03.1900</Meldedatum>\n          <Meldebegruendung>I</Meldebegruendung>\n          <Meldeanlass>behandlungsbeginn</Meldeanlass>\n          <Tumorzuordnung Tumor_ID=\"1\">\n            <Primaertumor_ICD_Code>C61</Primaertumor_ICD_Code>\n            <Primaertumor_ICD_Version>10 2022 GM</Primaertumor_ICD_Version>\n            <Diagnosedatum>29.07.1900</Diagnosedatum>\n            <Seitenlokalisation>T</Seitenlokalisation>\n          </Tumorzuordnung>\n          <Menge_ST>\n            <ST ST_ID=\"361237\">\n              <ST_Intention>K</ST_Intention>\n              <ST_Stellung_OP>O</ST_Stellung_OP>\n              <Menge_Bestrahlung>\n                <Bestrahlung>\n                  <ST_Zielgebiet>5.4.+</ST_Zielgebiet>\n                  <ST_Seite_Zielgebiet>U</ST_Seite_Zielgebiet>\n                  <ST_Beginn_Datum>13.10.1900</ST_Beginn_Datum>\n                  <ST_Applikationsart>PRCN</ST_Applikationsart>\n                  <ST_Einzeldosis>\n                    <Dosis>1.8</Dosis>\n                    <Einheit>Gy</Einheit>\n                  </ST_Einzeldosis>\n                </Bestrahlung>\n                <Bestrahlung>\n                  <ST_Zielgebiet>5.4.-</ST_Zielgebiet>\n                  <ST_Seite_Zielgebiet>U</ST_Seite_Zielgebiet>\n                  <ST_Beginn_Datum>28.11.1900</ST_Beginn_Datum>\n                  <ST_Applikationsart>S</ST_Applikationsart>\n                </Bestrahlung>\n                <Bestrahlung>\n                  <ST_Zielgebiet>5.12.</ST_Zielgebiet>\n                  <ST_Seite_Zielgebiet>L</ST_Seite_Zielgebiet>\n                  <ST_Beginn_Datum>24.11.1900</ST_Beginn_Datum>\n                  <ST_Applikationsart>S</ST_Applikationsart>\n                </Bestrahlung>\n              </Menge_Bestrahlung>\n              <Anmerkung>Boost 1: Brachy-Boost in HDR-Technik ED 9,5 Gy GD 19 Gy Boost 2: SEQ ED 1,8\n                Gy GD 21,6 Gy</Anmerkung>\n            </ST>\n          </Menge_ST>\n        </Meldung>\n      </Menge_Meldung>\n    </Patient>\n  </Menge_Patient></ADT_GEKID>", "patient_id": "101777777777", "meldung_id": "UR0045297"},
-    {"xml": "<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>\n<ADT_GEKID xmlns=\"http://www.gekid.de/namespace\" Schema_Version=\"2.2.1\"><Absender Absender_ID=\"UKKK_ONKOSTAR\" Software_ID=\"ONKOSTAR\" Installations_ID=\"2.11.1.4\">\n    <Absender_Bezeichnung>UKKK</Absender_Bezeichnung>\n    <Absender_Ansprechpartner />\n    <Absender_Anschrift>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx</Absender_Anschrift>\n  </Absender>\n  <Menge_Patient><Patient>\n      <Patienten_Stammdaten Patient_ID=\"101777777777\">\n        <KrankenversichertenNr>277777777</KrankenversichertenNr>\n        <KrankenkassenNr>9777777777</KrankenkassenNr>\n        <Patienten_Nachname>Riedelo</Patienten_Nachname>\n        <Patienten_Titel />\n        <Patienten_Namenszusatz />\n        <Patienten_Vornamen>M</Patienten_Vornamen>\n        <Patienten_Geburtsname />\n        <Patienten_Geschlecht>M</Patienten_Geschlecht>\n        <Patienten_Geburtsdatum>28.10.1900</Patienten_Geburtsdatum>\n        <Menge_Adresse>\n          <Adresse>\n            <Patienten_Strasse>xxxxxxxxx</Patienten_Strasse>\n            <Patienten_Hausnummer />\n            <Patienten_Land>DE</Patienten_Land>\n            <Patienten_PLZ>90</Patienten_PLZ>\n            <Patienten_Ort>xxxxxxx</Patienten_Ort>\n          </Adresse>\n        </Menge_Adresse>\n      </Patienten_Stammdaten>\n      <Menge_Meldung>\n        <Meldung Meldung_ID=\"ST0047290\" Melder_ID=\"ST\">\n          <Meldedatum>10.03.1900</Meldedatum>\n          <Meldebegruendung>I</Meldebegruendung>\n          <Meldeanlass>behandlungsbeginn</Meldeanlass>\n          <Tumorzuordnung Tumor_ID=\"1\">\n            <Primaertumor_ICD_Code>C61</Primaertumor_ICD_Code>\n            <Primaertumor_ICD_Version>10 2022 GM</Primaertumor_ICD_Version>\n            <Diagnosedatum>29.07.1900</Diagnosedatum>\n            <Seitenlokalisation>T</Seitenlokalisation>\n          </Tumorzuordnung>\n          <Menge_ST>\n            <ST ST_ID=\"361237\">\n              <ST_Intention>K</ST_Intention>\n              <ST_Stellung_OP>O</ST_Stellung_OP>\n              <Menge_Bestrahlung>\n                <Bestrahlung>\n                  <ST_Zielgebiet>5.4.+</ST_Zielgebiet>\n                  <ST_Seite_Zielgebiet>U</ST_Seite_Zielgebiet>\n                  <ST_Beginn_Datum>13.10.1900</ST_Beginn_Datum>\n                  <ST_Applikationsart>PRCN</ST_Applikationsart>\n                  <ST_Einzeldosis>\n                    <Dosis>1.8</Dosis>\n                    <Einheit>Gy</Einheit>\n                  </ST_Einzeldosis>\n                </Bestrahlung>\n                <Bestrahlung>\n                  <ST_Zielgebiet>5.4.-</ST_Zielgebiet>\n                  <ST_Seite_Zielgebiet>U</ST_Seite_Zielgebiet>\n                  <ST_Beginn_Datum>28.11.1900</ST_Beginn_Datum>\n                  <ST_Applikationsart>S</ST_Applikationsart>\n                </Bestrahlung>\n                <Bestrahlung>\n                  <ST_Zielgebiet>5.12.</ST_Zielgebiet>\n                  <ST_Seite_Zielgebiet>L</ST_Seite_Zielgebiet>\n                  <ST_Beginn_Datum>24.11.1900</ST_Beginn_Datum>\n                  <ST_Applikationsart>S</ST_Applikationsart>\n                </Bestrahlung>\n              </Menge_Bestrahlung>\n              <Anmerkung>Boost 1: Brachy-Boost in HDR-Technik ED 9,5 Gy GD 19 Gy Boost 2: SEQ ED 1,8\n                Gy GD 21,6 Gy</Anmerkung>\n            </ST>\n          </Menge_ST>\n        </Meldung>\n      </Menge_Meldung>\n    </Patient>\n  </Menge_Patient></ADT_GEKID>", "patient_id": "101777777777", "meldung_id": "ST0047290"},
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+          <ADT_GEKID xmlns="http://www.gekid.de/namespace" Schema_Version="2.2.1">
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+                          Gy GD 21,6 Gy</Anmerkung>
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+      }),
+    }),
   ])
 # ---
diff --git a/src/decompose_xmls/decompose_xmls.py b/src/decompose_xmls/decompose_xmls.py
index 765097f5..d2c771ae 100644
--- a/src/decompose_xmls/decompose_xmls.py
+++ b/src/decompose_xmls/decompose_xmls.py
@@ -29,6 +29,8 @@ def save_xml_files(meldung_root, patient_id, meldung_id):
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     ET.indent(tree, "  ")
     # ET.ElementTree(meldung_root)
+
+    conditional_folder_create(settings.output_folder_xml)
     tree.write(
         f"{settings.output_folder_xml}/patient_{patient_id}"
         f"_meldung_{meldung_id}.xml",
@@ -45,6 +47,7 @@ def kafka_delivery_report(err, msg):
 
 
 def decompose_sammelmeldung(root: ET.Element, filename: str):
+    results = []
     settings = Settings()
     kafka_producer: Producer = None
     if settings.kafka_enabled:
@@ -119,6 +122,8 @@ def decompose_sammelmeldung(root: ET.Element, filename: str):
                     }
                 }
 
+                results.append(result_data)
+
                 if settings.save_as_files_enabled:
                     with open(
                         f"{settings.output_folder}/"
@@ -152,6 +157,8 @@ def decompose_sammelmeldung(root: ET.Element, filename: str):
     if kafka_producer is not None:
         kafka_producer.flush()
 
+    return results
+
 
 def decompose_folder(input_folder: str):
     settings = Settings()