diff --git a/phables/phables.VERSION b/phables/phables.VERSION
index 589268e..6261a05 100644
--- a/phables/phables.VERSION
+++ b/phables/phables.VERSION
@@ -1 +1 @@
-1.3.0
\ No newline at end of file
+1.3.1
\ No newline at end of file
diff --git a/phables/workflow/scripts/phables.py b/phables/workflow/scripts/phables.py
index 353b596..64400d1 100755
--- a/phables/workflow/scripts/phables.py
+++ b/phables/workflow/scripts/phables.py
@@ -26,7 +26,7 @@
 __author__ = "Vijini Mallawaarachchi"
 __copyright__ = "Copyright 2022, Phables Project"
 __license__ = "MIT"
-__version__ = "1.3.0"
+__version__ = "1.3.1"
 __maintainer__ = "Vijini Mallawaarachchi"
 __email__ = "viji.mallawaarachchi@gmail.com"
 __status__ = "Stable Release"
diff --git a/phables/workflow/scripts/phables_utils/FD_Inexact.py b/phables/workflow/scripts/phables_utils/FD_Inexact.py
index 8cdc1bd..d3dd577 100644
--- a/phables/workflow/scripts/phables_utils/FD_Inexact.py
+++ b/phables/workflow/scripts/phables_utils/FD_Inexact.py
@@ -6,7 +6,7 @@
 import networkx as nx
 
 # create logger
-logger = logging.getLogger("phables 1.3.0")
+logger = logging.getLogger("phables 1.3.1")
 
 
 def read_input(graphfile, number_subpath):
diff --git a/phables/workflow/scripts/phables_utils/edge_graph_utils.py b/phables/workflow/scripts/phables_utils/edge_graph_utils.py
index 132704a..721e36f 100644
--- a/phables/workflow/scripts/phables_utils/edge_graph_utils.py
+++ b/phables/workflow/scripts/phables_utils/edge_graph_utils.py
@@ -7,7 +7,7 @@
 from igraph import Graph
 
 # Create logger
-logger = logging.getLogger("phables 1.3.0")
+logger = logging.getLogger("phables 1.3.1")
 
 
 class BidirectionalError(Exception):
diff --git a/phables/workflow/scripts/phables_utils/long_utils.py b/phables/workflow/scripts/phables_utils/long_utils.py
index a21f43e..f5516c3 100644
--- a/phables/workflow/scripts/phables_utils/long_utils.py
+++ b/phables/workflow/scripts/phables_utils/long_utils.py
@@ -14,7 +14,7 @@
 LEN_THRESHOLD = 0.95
 
 # Create logger
-logger = logging.getLogger("phables 1.3.0")
+logger = logging.getLogger("phables 1.3.1")
 
 
 def resolve_long(
diff --git a/phables/workflow/scripts/phables_utils/output_utils.py b/phables/workflow/scripts/phables_utils/output_utils.py
index 582e8a4..16e8bc5 100644
--- a/phables/workflow/scripts/phables_utils/output_utils.py
+++ b/phables/workflow/scripts/phables_utils/output_utils.py
@@ -5,7 +5,7 @@
 FASTA_LINE_LEN = 60
 
 # Create logger
-logger = logging.getLogger("phables 1.3.0")
+logger = logging.getLogger("phables 1.3.1")
 
 
 def write_unitigs(nodes, unitig_names, graph_unitigs, filename, output):
diff --git a/phables/workflow/scripts/phables_utils/short_utils.py b/phables/workflow/scripts/phables_utils/short_utils.py
index a268ba0..71b7b6b 100644
--- a/phables/workflow/scripts/phables_utils/short_utils.py
+++ b/phables/workflow/scripts/phables_utils/short_utils.py
@@ -14,7 +14,7 @@
 LEN_THRESHOLD = 0.95
 
 # Create logger
-logger = logging.getLogger("phables 1.3.0")
+logger = logging.getLogger("phables 1.3.1")
 
 
 def resolve_short(