-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathlagepakke.r
184 lines (164 loc) · 6.03 KB
/
lagepakke.r
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
# oppstart, tilgang til pakker anbefalt av Gandrud
# og Wickham, og Rmpfr:
# bare kjøre install.packages en gang:
install.packages("brew","countrycode","devtools","dplyr","ggplot2",
"googleVis","knitr","MCMCpack","repmis","RCurl",
"rmarkdown","texreg","tidyr","WDI",
"xtable","Zelig", "roxygen2","Rmpfr")
# virker ikke, tuller med at installasjonsomr?det for R er
# skrivebeskyttet selv om jeg har valgt det i egen mappe og
# fjernet skrivebeskyttelsen, det blir dill, den g?r ikke
# vekk likevel. Ikke ok, jeg kj?rer dette som adm-bruker.
# prøver å følge et råd på
# https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/205370887-install-packages-problem
install.packages("brew","countrycode","devtools","dplyr","ggplot2",
"googleVis","knitr","MCMCpack","repmis","RCurl",
"rmarkdown","texreg","tidyr","WDI",
"xtable","Zelig", "roxygen2","Rmpfr",
repos = getOption("repos")[["CRAN"]])
# fortsatt warning og feilmelding,
# Warning in install.packages :
# 'lib = "countrycode"' is not writable
#Error in install.packages : unable to install packages
# kjører på nytt med å svare ja på spørsmålet om
# "personalized library instead", annen feilmelding:
# Warning in install.packages :
# 'lib = "countrycode"' is not writable
#Error in install.packages : argument is not interpretable as logical
# Installsjons fra Package-omr?det virker med f?lgende
# pakkeliste limt inn der:
# Rmpfr needed for crossrun
brew,countrycode,devtools,dplyr,ggplot2,
googleVis,knitr,MCMCpack,repmis,RCurl,
rmarkdown,texreg,tidyr,WDI,
xtable,Zelig,roxygen2,Rmpfr
# laste ned pakkene:
library(brew)
library(countrycode)
library(devtools)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(googleVis)
library(knitr)
library(MCMCpack)
library(repmis)
library(RCurl)
library(rmarkdown)
library(texreg)
library(tidyr)
library(WDI)
library(xtable)
library(Zelig)
library(XML)
library(formatR)
# og roxygen2 og testthat, og pakke for crossrun:
library(roxygen2)
library(testthat)
library(Rmpfr)
# ikke kjøre dette hver gang:
devtools::install_github("r-lib/devtools")
# dette tar lang tid og det hender mye, det kommer også
# opp følgende innimellom:
# * installing *source* package 'git2r' ...
# **********************************************
# WARNING: this package has a configure script
# It probably needs manual configuration
# **********************************************
# men manual configuration er jo ikke sagt noe sted
# hvordan kan gjøres
# også
# installing to C:/Users/Tore_2/Documents/R/win-library/3.5/git2r/libs/x64
# Warning in file.copy(files, dest, overwrite = TRUE) :
# problem copying .\git2r.dll to C:\Users\Tore_2\Documents\R\win-library\3.5\git2r\libs\x64\git2r.dll: Permission denied
# som ikke er forwståelig, og
# package ‘stringi’ successfully unpacked and MD5 sums checked
# Warning: cannot remove prior installation of package ‘stringi’
# som heller ikke er mulig å forstå hva kan gjøres med
# opprette pakke:
#devtools::create("./crossrun") # melding om erstattet med:
# usethis::create_package("./crossrun", rstudio=TRUE)
# gir opp å kjøre dette fullt ut reproduserbart ved
# kommandoer i skriptet, men går tilbake til å kjøre
# det fra File, New project og dialogbokser der
# det åpner seg et nytt RStudio.vindu, lukker det
# gamle og åpner lagepakke.r i det nye og fortsetter her
# sjekke om alt som skal være er der:
devtools::has_devel() # skal slutte med TRUE, oks
# kjøre dev_mode fra devtools:
devtools::load_all()
# dev_mode() # da kommer denne:
# Error in read.dcf(con) :
# Line starting 'Run in a series of ...' is malformed!
# og den er det jeg har lastet ned R fra patch og alt
# annet reinstallert for å bli kvitt. Kommer ikke videre.
# tidy_dir("R") # kommentert vekk etter kjørt en gang
# legge inn dependency i DESCRIPTION:
devtools::use_package(package="Rmpfr")
# kjøre etter å ha lagt inn roxygen2-kommandoer
devtools::document() #nda kommer denne:
# Error in read.dcf(path_desc) :
# Line starting 'Run in a series of ...' is malformed!
# kommer ikke videre
# ser på dokumentasjon:
?cumsumm
?cumsummcol
?boxprobt
?exactbin
?clshift
?simclbin
?crossrunsymm
?crossrunbin
# testing (kommentert bort inntil videre):
#use_testthat()
#test()
# det er nok mer innviklet, tar det seinere
# namespace:
search() # viser alle tilgjengelige pakker, og
# .GlobalEnv og Autoloads
# det blir feilmeldinger ved Check hvis ikke alle
# funksjoner eksporteres. Er det en måte rundt det?
# I mellomtida eksporterer jeg alle funksjoner.
# bruker funksjoner fra rmfpr og noen fra stats
# med :: , så tar ikke med import i namespace .
# data:
# kjører ikke dette nå, datafilene er for store:
# henter inn workspace og bruker use_data fra det:
# changes to the article 1 directory and loads data:
setwd("..")
setwd("..")
setwd("./crossrun.art1")
getwd() # ok
load("crossrun1.RData")
# back to package directory:
setwd("..")
setwd("./Pakke/crossrun")
getwd() # ok
# included main data in package:
crossrun100sym <- cr100$pt
use_data(crossrun100sym, overwrite=TRUE)
use_data(crb100..6, overwrite=TRUE)
use_data(crb100..7, overwrite=TRUE)
use_data(crb100..8, overwrite=TRUE)
use_data(crb100..9, overwrite=TRUE)
use_data(cl100simbin, overwrite=TRUE)
# removes other data:
obj1 <- ls()
obj2 <- obj1[!(obj1 %in% c("crossrun100sym","crb100..6","crb100..7","crb100..8",
"crb100..9","crb100.2p","cl100simbin"))]
rm(list=obj2)
rm(obj1,obj2)
ls()
# datafilene er store, sjekker komprimring:
tools::checkRdaFiles("/data")
# ikke noe forståelig der, tar vekk data
# og workspace manuelt
build("../crossrun")
# sjekk som cran:
?document
# lage vignett:
devtools::use_vignette("vignetteCrossrun")
# da kommer den forferdelige feilmeldinga
# Error in read.dcf(path_desc) :
# Line starting 'Run in a series of ...' is malformed!
# igjen. Så dette virker ikke. Lager vignett direkte
# som Rmd-fil.