From b599eb61baca5cd584be52b4721baa4f4be6a0dc Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Greg Stupp <gstupp@scripps.edu>
Date: Fri, 14 Jul 2017 10:37:56 -0700
Subject: [PATCH] change wdi_property_store.wd_properties core_id to bool

---
 wikidataintegrator/wdi_core.py           |  20 ++--
 wikidataintegrator/wdi_property_store.py | 140 +++++++++++------------
 2 files changed, 82 insertions(+), 78 deletions(-)

diff --git a/wikidataintegrator/wdi_core.py b/wikidataintegrator/wdi_core.py
index df14aad..536facb 100755
--- a/wikidataintegrator/wdi_core.py
+++ b/wikidataintegrator/wdi_core.py
@@ -337,7 +337,9 @@ def __select_wd_item(self):
 
             if wd_property in wdi_property_store.wd_properties:
                 # check if the property is a core_id and should be unique for every WD item
-                if wdi_property_store.wd_properties[wd_property]['core_id'] == 'True':
+                assert all(isinstance(v['core_id'], bool) for k, v in wdi_property_store.wd_properties.items()), \
+                    "wd_properties 'core_id' must be a bool"
+                if wdi_property_store.wd_properties[wd_property]['core_id'] is True:
                     tmp_qids = []
 
                     if not self.use_sparql:
@@ -634,11 +636,11 @@ def __check_integrity(self):
         :return: boolean True if test passed
         """
         # generate a set containing all property number of the item currently loaded
-        core_props_list = set([
-                                  x.get_prop_nr()
-                                  for x in self.statements if x.get_prop_nr() in wdi_property_store.wd_properties and
-                                  wdi_property_store.wd_properties[x.get_prop_nr()]['core_id'] == 'True'
-                                  ])
+        assert all(isinstance(v['core_id'], bool) for k,v in wdi_property_store.wd_properties.items()), \
+            "wd_properties 'core_id' must be a bool"
+        core_props_list = set([x.get_prop_nr() for x in self.statements if
+                               x.get_prop_nr() in wdi_property_store.wd_properties and
+                               wdi_property_store.wd_properties[x.get_prop_nr()]['core_id'] is True])
 
         # compare the claim values of the currently loaded QIDs to the data provided in self.data
         count_existing_ids = 0
@@ -1597,8 +1599,10 @@ def refs_equal(olditem, newitem):
         oldrefs = olditem.references
         newrefs = newitem.references
 
-        ref_equal = lambda oldref, newref: True if (len(oldref) == len(newref)) and all(x in oldref for x in newref) else False
-        if len(oldrefs) == len(newrefs) and all(any(ref_equal(oldref, newref) for oldref in oldrefs) for newref in newrefs):
+        ref_equal = lambda oldref, newref: True if (len(oldref) == len(newref)) and all(
+            x in oldref for x in newref) else False
+        if len(oldrefs) == len(newrefs) and all(
+                any(ref_equal(oldref, newref) for oldref in oldrefs) for newref in newrefs):
             return True
         else:
             return False
diff --git a/wikidataintegrator/wdi_property_store.py b/wikidataintegrator/wdi_property_store.py
index ba4be45..d935630 100755
--- a/wikidataintegrator/wdi_property_store.py
+++ b/wikidataintegrator/wdi_property_store.py
@@ -65,420 +65,420 @@
         'datatype': 'string',
         'name': 'Drugbank ID',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P279': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'subclass of',
         'domain': ['generic'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P31': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'instance of',
         'domain': ['generic', 'genomes', 'drugs'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P636': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'route of administration',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P267': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'ATC code',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P231': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'CAS registry number',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P486': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'MeSH ID',
         'domain': ['drugs', 'diseases'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P672': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'MeSH Code',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P662': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'PubChem ID (CID)',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P661': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'ChemSpider ID',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P652': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'UNII',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P665': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'KEGG ID',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P683': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'ChEBI ID',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P274': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'chemical formula',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P592': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'ChEMBL ID',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P233': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'SMILES',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P2017': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Isomeric SMILES',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P234': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'InChI',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P235': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'InChIKey',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P1805': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Word Health Organisation International Nonproprietary Name',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P657': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'RTECS Number',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P595': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'IUPHAR ID',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P2115': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'NDF-RT NUI',
         'domain': ['drugs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P699': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Disease Ontology ID',
         'domain': ['diseases'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P1550': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Orphanet ID',
         'domain': ['diseases'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P494': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'ICD-10',
         'domain': ['diseases'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P493': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'ICD-9',
         'domain': ['diseases'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P492': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'OMIM',
         'domain': ['diseases'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P1395': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'National Cancer Thesaurus ID',
         'domain': ['diseases'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P1748': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'NCI Thesaurus ID',
         'domain': ['diseases'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P351': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Entrez Gene ID',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P2393': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'NCBI Locus tag',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P3406': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Saccharomyces Genome Database ID',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P703': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'found in taxon',
         'domain': ['genes', 'chromosome'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P594': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Ensembl Gene ID',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P704': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Ensembl Transcript ID',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P353': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Human Gene symbol',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P354': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'HGNC symbol',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P593': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'homologene id',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P639': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'RefSeq RNA ID',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P1057': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'chromosome',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P684': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'ortholog',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P638': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'PDB ID',
         'domain': ['proteins'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P637': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Refseq Protein ID',
         'domain': ['proteins'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P352': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Uniprot ID',
         'domain': ['proteins'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P591': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'EC Number',
         'domain': ['proteins'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P705': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Ensembl Protein ID',
         'domain': ['proteins'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P702': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'Encoded By',
         'domain': ['proteins'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P18': {
         'datatype': 'url',
         'name': 'Protein Structure Image',
         'domain': ['proteins'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P671': {
         'datatype': 'url',
         'name': 'MGI',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P644': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Genomic start position',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P645': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Genomic end position',
         'domain': ['genes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P688': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'encodes',
         'domain': ['genes', 'proteins'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P225': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'taxon name',
         'domain': ['genomes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P685': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'NCBI Taxonomy ID',
         'domain': ['genomes'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P171': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'parent taxon',
         'domain': ['genomes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P1065': {
         'datatype': 'url',
         'name': 'Archive url',
         'domain': ['genomes'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P856': {
         'datatype': 'url',
         'name': 'offical website',
         'domain': ['genomes'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P680': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'molecular function',
         'domain': ['proteins'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P681': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'cell component',
         'domain': ['proteins'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P682': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'biological process',
         'domain': ['proteins'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P1554': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'uberon id',
         'domain': ['anatomical_structure', 'obo'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P1709': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'equivalent class',
         'domain': ['genes', 'proteins', 'diseases', 'drugs', 'anatomical_structure'],
-        'core_id': 'False'
+        'core_id': False
     },
     'P686': {
         'datatype': 'item',
         'name': 'Gene Ontology ID',
         'domain': ['obo'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P2926': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'InterPro ID',
         'domain': ['interpro'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P2870': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'miRBase pre-miRNA ID',
         'domain': ['microRNAs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P2871': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'miRBase mature miRNA ID',
         'domain': ['microRNAs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P2646': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'mirTarBase ID',
         'domain': ['microRNAs'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P2249': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'Refseq Genome ID',
         'domain': ['chromosome'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     },
     'P698': {
         'datatype': 'string',
         'name': 'PubMed ID',
         'domain': ['scientific_article'],
-        'core_id': 'True'
+        'core_id': True
     }
 }