1.6.3

Nouveautés

• Intégration du trigramme dans le champs de recherche de taxon de TaxHub
• Route de recherche de taxon : Possibilité de limiter à un rang
• Ajout de la fonction taxonomie.find_all_taxons_children qui renvoie tous les taxons enfants d'un taxon à partir d'un cd_nom
• Mise à jour de OpenCV en 3.4.2

Corrections

• Suppression de l'index taxref.i_taxref_cd_nom inutile (#192)

Notes de version

• Exécuter le script de migration SQL : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.2to1.6.3.sql
• Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

1.6.2

Nouveautés

• Ajout du rang de l'espèce et du cd_nom sur l'API de recherche des taxons (autocomplete dans la table vm_taxref_list_forautocomplete), utilisée par GeoNature

Corrections

• Ajout d'index uniques pour le rafraichissement des vues matérialisées
• Correction de l'index sur la table taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete pour le trigramme
• Centralisation des logs supervisor et gunicorn dans un seul fichier (taxhub_path/var/log/)

Note de version

• Afin que les logs de l'application (supervisor et gunicorn) soient tous écrits au même endroit, modifier le fichier taxhub-service.conf (sudo nano /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf). A la ligne stdout_logfile, remplacer la ligne existante par : stdout_logfile = /home/<MON_USER>/taxhub/var/log/taxhub-errors.log (en remplaçant <MON_USER> par votre utilisateur linux)
• Pour ne pas avoir de conflits de sessions d'authentification entre TaxHub et GeoNature, ajouter une variable ID_APP dans le fichier de configuration config.py et y mettre l'identifiant de l'application TaxHub tel qu'il est inscrit dans la table utilisateurs.t_applications. Exemple : ID_APP = 2
• Exécuter le script de migration SQL: https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.1to1.6.2.sql
• Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

1.6.1

Corrections

• Mise à jour de la version du sous-module d'authentification
• Mise à jour de SQLAlchemy
• Utilisation par défaut du mode d'authentification plus robuste (hash)
• Clarification des notes de version

Notes de version

• Si vous mettez à jour depuis la version 1.6.0, passez le paramètre PASS_METHOD à hash dans le fichier config.py
• Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes de versions de chaque version
• Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

1.6.0

Nouveautés

• Ajout et utilisation de l'extension PostgreSQL pg_tgrm permettant d'améliorer la pertinence de recherche d'une espèce au niveau de l'API d'autocomplétion de TaxHub, utilisée dans GeoNature, en utilisant l'algortihme des trigrammes (http://si.ecrins-parcnational.com/blog/2019-01-fuzzy-search-taxons.html)
• Suppression du SQL local du schéma utilisateurs pour utiliser celui du dépôt de UsersHub (#165)
• Compatibilité avec UsersHub V2 (nouvelles tables et vues de rétrocompatibilité)
• Ajout d'un taxon synonyme dans les données d'exemple

Corrections

• Import médias INPN - Prise en compte de l'import de photos de synonymes
• Corrections du manuel utilisateur (https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/manuel.html)
• Retour en arrière sur la configuration Apache et l'ajout du ServerName pour les redirections automatiques sans / mais précision dans la documentation : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apache (#125)
• Correction des listes déroulantes à choix multiple pour afficher les valeurs et non les identifiants (par @DonovanMaillard)

Notes de version

• Exécuter la commande suivante pour ajouter l'extension PostgreSQL pg_trgm, en remplaçant la variable $db_name par le nom de votre BDD : sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm;"
• Vous pouvez adapter la configuration Apache de TaxHub pour y intégrer la redirection sans / à la fin de l'URL (https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apache)
• Exécutez le script de mise de la BDD : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.5.1to1.6.0.sql
• Suivez la procédure habituelle de mise à jour de TaxHub: https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

1.5.1

Nouveautés

• Script d'import des médias depuis l'API INPN (data/scripts/import_inpn_media)
• Création d'un manuel d'utilisation dans la documentation : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/manuel.html (merci @DonovanMaillard)
• Amélioration de la configuration Apache pour que l'URL de TaxHub sans / à la fin redirige vers la version avec / (#125)

Corrections

• Remise à zéro des séquences

Notes de versions

• Suivez la procédure classique de mise à jour de TaxHub
• Exécutez le script de mise à jour de la BDD TaxHub data/update1.5.0to1.5.1.sql

1.5.0

• Ajout de la possibilité de filtrer les attributs par id_theme ou id_attribut au niveau de la route taxoninfo
• Ajout de routes pour récupérer bib_taxref_habitats et bib_taxref_categories_lr (listes rouges nationales)
• Installation : Ajout de paramètres permettant de mieux définir les données à intégrer et séparation des scripts SQL, notamment pour ne pas imposer d'intégrer toutes les données nécéessaires à GeoNature V1 (attributs et listes)
• Mise à jour de Flask (0.11.1 à 1.0.2), Jinja, psycopg2 et Werkzeug

1.4.1

Corrections

• Correction de l'enregistrement lors du peuplement d'une liste

1.4.0

Nouveautés

• Migration de Taxref 9 à 11 et scripts de migration (#155 et #156)
• Ajout d'un champ comments à la table bib_noms et dans le formulaire de saisie
• Passage du champ bib_noms.nom_francais en varchar(1000), du champ taxref.nom_vern en varchar(1000) et du champ taxref.lb_auteur en varchar(250)
• Amélioration des logs et mise en place d'une rotation des logs
• Création d'une fonction pour créer les répertoires système (create_sys_dir())
• Amélioration de la vue permettant de rechercher un taxon (PnX-SI/GeoNature#334)

Note de version

• Ajouter le mode d'authentification dans config.py (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/87fbb11d360488e97eef3a0bb68f566744c54aa6/config.py.sample#L25)
• Exécutez les scripts de migration de Taxref 9 à 11 (data/scripts/update_taxref_v11/) en suivant les indications de #156
• Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD data/update1.3.2to1.4.0.sql
• Suivez la procédure générique de mise à jour de l'application

1.3.2

Nouveautés

• Optimisation du chargement des noms dans les listes
• Optimisation des requêtes
• Affichage du rang sur les fiches des taxons/noms
• Ajout d'un champ source et licence pour les médias (sans interface de saisie pour le moment). Voir #151, #126
• Script de récupération de médias depuis mediawiki-commons (expérimental). Voir #150
• Ajout d'un service de redimensionnement à la volée des images (http://URL_TAXHUB/api/tmedias/thumbnail/2241?h=400&w=600 où 2241 est l'id du média). Il est aussi possible de ne spécifier qu'une largeur ou une hauteur pour que l'image garde ses proportions sans ajouter de bandes noires. Voir #108
• Correction et compléments documentation (compatibilité Debian 9 notamment)
• Compatibilité avec Python 2

Corrections

• Ajout d'une liste vide impossible #148
• Enregistrement d'un attribut de type select (bug de la version 1.3.1, ce n'était pas la valeur qui était enregistrée mais l'index)

Note de version

• Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.3.2 mais en suivant les différentes notes de version.
• Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD data/update1.3.1to1.3.2.sql
• Si vous êtes sur un serveur debian 8 . Installez les librairies suivantes : sudo apt-get install -y libsm6 libxrender1 libfontconfig1 python3.4-dev
• Suivez la procédure générique de mise à jour de l'application

1.3.1

Corrections

• Optimisation des performances pour le rafraichissement d'une vue matérialisée qui est devenue une table controlée (vm_taxref_list_forautocomplete) par trigger (trg_refresh_mv_taxref_list_forautocomplete). Voir #134
• Utilisation du nom francais de la table bib_noms pour la table vm_taxref_list_forautocomplete. Cette table permet de stocker les noms sous la forme nom_vern|lb_nom = nom_valide pour les formulaires de recherche d'un taxon.
• Dans la liste taxref, tous les noms étaient considérés comme nouveaux (plus de possibilité de modification)

Note de version

• Vous pouvez directement passer de la version 1.1.2 à la 1.3.1 mais en suivant les différentes notes de version.
• Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD data/update1.3.0to1.3.1.sql.