diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 1a67f32..c81734a 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -1,7 +1,7 @@ Package: aspe Type: Package Title: An R Package to Analyse and Visualise River Fish Data in France -Version: 0.3.9 +Version: 0.4.0 Date: 2023-08-09 Authors@R: c( person(given = "Pascal", @@ -19,6 +19,10 @@ Authors@R: c( email = "benoit.richard@ofb.gouv.fr", role = "ctb", comment = c(ORCID = "0000-0003-4522-027X")), + person(given = "Emmanuelle", + family = "Dortel", + email = "emmanuelle.dortel@cefe.cnrs.fr", + role = "ctb"), person(given = "Lilian", family = "Bonnafoux", email = "l.bonnafoux@peche63.com", @@ -47,6 +51,7 @@ Imports: ggtext, lifecycle, lubridate, + magrittr, patchwork, purrr, readr, diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE index d2fae85..b2dc5e1 100644 --- a/NAMESPACE +++ b/NAMESPACE @@ -1,5 +1,6 @@ # Generated by roxygen2: do not edit by hand +export(def_attribut_id) export(expl_commentaires_champs) export(expl_lister_champs) export(expl_trouver_table) @@ -66,7 +67,9 @@ export(mef_ajouter_validation) export(mef_colo_ext_pops) export(mef_compter_pres_abs_env) export(mef_creer_passerelle) +export(mef_filtrer_id) export(mef_filtrer_nb_mini_annees) +export(mef_filtrer_ope_id) export(mef_ipr_radar) export(mef_pivoter_var_env) export(mef_recoder_esp_code_alt) @@ -76,6 +79,8 @@ export(misc_charger_donnees_test) export(misc_derniere_date) export(misc_nom_dernier_fichier) import(dplyr) +import(magrittr) +import(utils) importFrom(dplyr,arrange) importFrom(dplyr,case_when) importFrom(dplyr,distinct) @@ -161,6 +166,9 @@ importFrom(readr,locale) importFrom(readr,read_csv2) importFrom(readxl,read_xlsx) importFrom(rlang,":=") +importFrom(rlang,enquo) +importFrom(rlang,quo_is_null) +importFrom(rlang,quo_name) importFrom(scales,number_format) importFrom(scales,pretty_breaks) importFrom(sf,st_as_sf) diff --git a/R/def_attribut_id.R b/R/def_attribut_id.R index 033e31a..ac0ae95 100644 --- a/R/def_attribut_id.R +++ b/R/def_attribut_id.R @@ -78,4 +78,4 @@ def_attribut_id <- function(df,var_id,var_tmp,var_pro=NULL) { tb <- do.call("rbind",lapply(1:nrow(id), function(i) def_obs_combin_pro(i))) } return(tb) -} \ No newline at end of file +} diff --git a/R/gg_colo_ext_pops.R b/R/gg_colo_ext_pops.R index 8c5e48d..de4b515 100644 --- a/R/gg_colo_ext_pops.R +++ b/R/gg_colo_ext_pops.R @@ -13,7 +13,7 @@ #' @importFrom scales pretty_breaks #' @importFrom dplyr pull filter rowwise ungroup #' @importFrom stats na.omit -#' @importFrom purrr map +#' @importFrom purrr map set_names #' @importFrom ggiraph geom_point_interactive girafe opts_sizing #' @importFrom shiny HTML #' diff --git a/R/gg_temp_peuplement.R b/R/gg_temp_peuplement.R index 6af1584..99816f3 100644 --- a/R/gg_temp_peuplement.R +++ b/R/gg_temp_peuplement.R @@ -37,7 +37,7 @@ #' element_blank element_text element_rect #'@importFrom ggtext element_markdown #'@importFrom patchwork plot_layout -#'@importFrom purrr map +#'@importFrom purrr map set_names #'@importFrom shiny HTML #'@importFrom stringr str_wrap #' diff --git a/R/mef_filtrer_nb_mini_annees.R b/R/mef_filtrer_nb_mini_annees.R index 3ef43c7..c2f8f68 100644 --- a/R/mef_filtrer_nb_mini_annees.R +++ b/R/mef_filtrer_nb_mini_annees.R @@ -14,6 +14,7 @@ #' @return Dataframe filtré, c'est-à-dire exourgé des objets qui n'ont pas assez d'années #' de données. #' @export +#' @importFrom purrr set_names #' #' @examples #' \dontrun{ @@ -35,15 +36,4 @@ mef_filtrer_nb_mini_annees <- function(df, nb_mini_annees, var_id) df %>% filter(get(!!var_id) %in% var_ids) - # var_ids <- df %>% - # group_by(!!var_id) %>% - # summarise(n = n_distinct(annee)) %>% - # ungroup() %>% - # filter(n >= nb_mini_annees) %>% - # pull(!!var_id) %>% - # as.character() - # - # df %>% - # filter(var_id %in% var_ids) - } diff --git a/README.md b/README.md index 6c12cf5..1eb3b33 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -50,12 +50,14 @@ Répertoires Github associés / Associated Github repositories ------------ Plusieurs dépôts Github sont associés au package : + - [aspe_data](https://github.com/PascalIrz/aspe_data) : construction des jeux de données inclus dans le package {aspe} - [aspe_test](https://github.com/PascalIrz/aspe_test) : Fichiers R Markdown pour tester le package {aspe} et produire les tutos - [aspe_demo](https://github.com/PascalIrz/aspe_demo) : Fichiers R Markdown pour prétraiter les données pour [un tableau de bord interactif](https://gitlab.ofb.fr/cedric.mondy1/aspedashboard) - [aspeQual](https://github.com/PascalIrz/aspeQual) : package R destiné à la mise en qualité de la base Aspe The package comes with a number of associated repos : + - [aspe_data](https://github.com/PascalIrz/aspe_data): building of the datasets included in the {aspe} package - [aspe_test](https://github.com/PascalIrz/aspe_test): R Markdown files to test the {aspe} package and to build the tutorials - [aspe_demo](https://github.com/PascalIrz/aspe_demo): R Markdown files to pre-process the fish data for [a dashboard app](https://gitlab.ofb.fr/cedric.mondy1/aspedashboard) @@ -68,6 +70,7 @@ Tutoriels / Vignettes La documentation générale du package est diffusée sur Github pages : https://pascalirz.github.io/aspe/ Une série de tutoriels est en ligne : + - [Traiter des données Indice Poisson Rivière (IPR)](https://rpubs.com/kamoke/713491) - [Faire des traitements de base à partir des lots](https://rpubs.com/kamoke/715102) - [Traiter des mesures individuelles](https://rpubs.com/kamoke/715858) @@ -75,6 +78,7 @@ Une série de tutoriels est en ligne : - [Construire des relations taille-poids](https://rpubs.com/kamoke/729779) Several vignettes (in French) are available online: + - [Processing the fish-based river health index](https://rpubs.com/kamoke/713491) - [Base processing on the fish batches data](https://rpubs.com/kamoke/715102) - [Processing the individual measurements](https://rpubs.com/kamoke/715858) diff --git a/man/aspe-package.Rd b/man/aspe-package.Rd index 81a41f0..24fccfa 100644 --- a/man/aspe-package.Rd +++ b/man/aspe-package.Rd @@ -25,6 +25,7 @@ Other contributors: \itemize{ \item Cédric Mondy \email{cedric.mondy@ofb.gouv.fr} (\href{https://orcid.org/0000-0003-2788-0936}{ORCID}) [contributor] \item Benoît Richard \email{benoit.richard@ofb.gouv.fr} (\href{https://orcid.org/0000-0003-4522-027X}{ORCID}) [contributor] + \item Emmanuelle Dortel \email{emmanuelle.dortel@cefe.cnrs.fr} [contributor] \item Lilian Bonnafoux \email{l.bonnafoux@peche63.com} [contributor] } diff --git a/man/def_attribut_id.Rd b/man/def_attribut_id.Rd index 25048eb..9d692e0 100644 --- a/man/def_attribut_id.Rd +++ b/man/def_attribut_id.Rd @@ -2,24 +2,24 @@ % Please edit documentation in R/def_attribut_id.R \name{def_attribut_id} \alias{def_attribut_id} -\title{Définir les attributs des points de prélèvement} +\title{Définir les attributs des prélèvements} \usage{ def_attribut_id(df, var_id, var_tmp, var_pro = NULL) } \arguments{ -\item{df}{Dataframe} +\item{df}{dataframe} -\item{var_id}{Nom(s) de la ou des variable(s) contenant les identifiants des points de prélèvement (ex : pop_id, c(pop_id, saison))} +\item{var_id}{variable(s) identifiant les prélèvements} -\item{var_tmp}{Nom de la variable contenant les dates de prélèvement (ex: annee)} +\item{var_tmp}{variable identifiant la date de prélèvement} -\item{var_pro}{[optionnelle] Nom de la variable contenant les protocoles de pêche} +\item{var_pro}{variable identifiant le protocole de pêche (optionnelle)} } \value{ -Un dataframe avec le nombre d'observations (nb_obs) et le nombre de valeurs manquantes consecutives (nb_na_cons) pour chaque point de prélèvement ou, si \code{var_pro} est specifié, un dataframe avec le nombre d'observations (nb_obs), le nombre de valeurs manquantes consecutives (nb_na_cons), le nombre de protocoles de pêche (nb_pro) et le nombre de changements de protocole (nb_chg) pour chaque point de prélèvement et chaque combinaison de protocole de pêche. +tb data frame } \description{ -Définie le nombre d'observations, de valeurs manquantes consecutives, de protocoles de pêche et de changements de protocole de chaque points de prélèvement +Définir les attributs des prélèvements } \examples{ \dontrun{ diff --git a/man/mef_filtrer_id.Rd b/man/mef_filtrer_id.Rd index c7a7cdd..468b038 100644 --- a/man/mef_filtrer_id.Rd +++ b/man/mef_filtrer_id.Rd @@ -2,7 +2,7 @@ % Please edit documentation in R/mef_filtrer_id.R \name{mef_filtrer_id} \alias{mef_filtrer_id} -\title{Filtrer les points de prélèvement} +\title{Filtrer les prélèvements} \usage{ mef_filtrer_id( df, @@ -17,29 +17,29 @@ mef_filtrer_id( ) } \arguments{ -\item{df}{Dataframe} +\item{df}{data frame} -\item{tb}{Dataframe retourné par la fonction \code{def_attribut_id}} +\item{tb}{data frame} -\item{var_id}{Nom(s) de la ou des variable(s) contenant les identifiants des points de prélèvement (ex : pop_id, c(pop_id,saison))} +\item{var_id}{variable(s) identifiant les prélèvements} -\item{var_sta}{[optionnelle] Nom de la variable contenant les identifiants des points de prélèvement (ex : pop_id lorsque \code{var_id = c(pop_id, saison)})} +\item{var_sta}{variable identifiant les points de prélèvements (optionnelle)} -\item{var_pro}{[optionnelle] Nom de la variable contenant les identifiants des protocoles de pêche} +\item{var_pro}{variable identifiant le protocole de pêche (optionnelle)} -\item{min_obs}{Numérique définissant le nombre minimal d'observations par point de prélèvement} +\item{min_obs}{numerique définissant le nombre minimal d'observations par prélèvement} -\item{max_na_cons}{[optionnelle] Numérique définissant le nombre maximal de valeurs manquantes consécutives par point de prélèvement} +\item{max_na_cons}{numerique définissant le nombre maximal de valeurs manquantes consécutives par prélèvement} -\item{max_pro}{[optionnelle] Numérique définissant le nombre maximal de protocoles de pêche par point de prélèvement} +\item{max_pro}{numerique définissant le nombre maximal de protocoles de pêche par prélèvement} -\item{max_chg}{[optionnelle] Numérique définissant le nombre maximal de changement de protocole de pêche par point de prélèvement} +\item{max_chg}{numerique définissant le nombre maximal de changement de protocole de pêche par prélèvement} } \value{ -Le dataframe df filtré (suppression des points de prélèvement ne correspondant pas aux critères specifiés). +df } \description{ -Filtre les points de prélèvement en fonction du nombre d'observations, de valeurs consecutives, de protocoles de pêche et de changements de protocoles. +Filtrer les prélèvements } \examples{ \dontrun{ @@ -47,12 +47,10 @@ df <- mef_creer_passerelle() \%>\% mef_ajouter_ope_date() \%>\% mef_ajouter_ope_saison() \%>\% mef_ajouter_type_protocole() - tb <- def_attribut_id (df, var_id = c(pop_id,saison), var_tmp = annee, var_pro = pro_libelle) - df_id <- mef_filtrer_id(df, tb, var_id = c(pop_id, saison), @@ -61,7 +59,6 @@ var_pro = pro_libelle, min_obs = 10, max_na_cons = 3, max_pro = 1) - df_id <- mef_filtrer_id(df, tb, var_id = pop_id, diff --git a/man/mef_filtrer_ope_id.Rd b/man/mef_filtrer_ope_id.Rd index c6b5373..96f6082 100644 --- a/man/mef_filtrer_ope_id.Rd +++ b/man/mef_filtrer_ope_id.Rd @@ -18,31 +18,31 @@ mef_filtrer_ope_id( ) } \arguments{ -\item{df}{Dataframe devant contenir le champ "ope_id"} +\item{df}{data frame} -\item{var_id}{Nom(s) de la ou des variable(s) contenant les identifiants des points de prélèvement (ex : sta_id, pop_id, c(pop_id, saison)} +\item{var_id}{variable(s) identifiant les prélèvements} -\item{var_tmp}{Nom de la variable contenant les dates de prélèvement (ex: annee)} +\item{var_tmp}{variable identifiant la date de prélèvement} -\item{var_surf}{[optionnelle] Nom de la variable contenant les surfaces de pêche : sélection des opérations dont la surface de pêche est renseignée} +\item{var_surf}{variable identifiant la surface de pêche (optionnelle)} -\item{var_pro}{[optionnelle] Nom de la variable contenant les protocoles de pêche : sélection des opérations minimisant le nombre de changements de protocoles de pêche} +\item{var_pro}{variable identifiant le protocole de pêche (optionnelle)} -\item{var_pds}{[optionnelle] Nom de la variable contenant les poids : sélection des opérations dont le poids est renseignée} +\item{var_pds}{variable identifiant la présence d'information sur les poids (optionnelle)} -\item{var_mei}{[optionnelle] Nom de la variable contenant des identifiants sur les mesures individuelles (ex : mei_id) : sélection des opérations associées à des mesures individuelles} +\item{var_mei}{variable identifiant la présence d'information sur les mesures individuelles (optionnelle)} -\item{var_pas}{[optionnelle] Nom de la variable contenant les numéros de passage de pêche : sélection des opérations associées à plusieurs passages de pêche} +\item{var_pas}{variable identifiant le numéro du passage de pêche (optionnelle)} -\item{var_date}{[optionnelle] Nom de la variable contenant les dates additionnelles de pêche (ex : mois, saison) : sélection des opérations fournissant les séries les plus homogènes en terme de date} +\item{var_date}{variable identifiant une date additionnelle de pêche (optionnelle)} -\item{default}{Logique : si TRUE, selection de la première opération de pêche)} +\item{default}{logique} } \value{ -Le dataframe filtré (ne contenant que les opérations de pêche sélectionnées). +df } \description{ -Lorsque plusieurs opérations de pêche par points de prélèvement et par date de prélèvement ont eu lieu, filtre les opérations de pêche en fonction des informations renseignées. +Filtrer les opérations de pêche } \examples{ \dontrun{ @@ -55,7 +55,6 @@ var_tmp = annee, var_surf = ope_surface_calculee, var_pro = pro_libelle, default=TRUE) - df <- mef_creer_passerelle() \%>\% mef_ajouter_ope_date() \%>\% mef_ajouter_surf_calc() \%>\%