GLOW.in

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#   GLOW VERSION 1.0                                                #
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run_GaMD=0
run_GaMD_analysis=0
run_DL_prep=1
run_2D_CNN=1
run_DL_analysis=1
run_2D_FEPs=1

nb_systems=2

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#   (I) GaMD                                                        #
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AMBER=/data/software/amber-git-20201116

workfolder_1=./EXAMPLE/1-a1ar-psb36
parm_sys_1=a1ar-psb36-sys.parm7
rst_sys_1=step7_10.rst7
pdb_sys_1=a1ar-psb36-sys.pdb
nb_prot_1=4589
parm_prot_1=a1ar-psb36-pro.parm7
pdb_prot_1=a1ar-psb36-pro.pdb
res_idx_1=1-280    # TO KEEP, SEPARATED BY COMMAS
parm_cmap_1=a1ar-psb36-cmap.parm7
pdb_cmap_1=a1ar-psb36-cmap.pdb
traj_cmap_1=a1ar-psb36-cmap.nc

workfolder_2=./EXAMPLE/2-a1ar-ado
parm_sys_2=a1ar-ado-sys.parm7
rst_sys_2=step7_10.rst7
pdb_sys_2=a1ar-ado-sys.pdb
nb_prot_2=4751
parm_prot_2=a1ar-ado-pro.parm7
pdb_prot_2=a1ar-ado-pro.pdb
res_idx_2=2-208,210-282    # TO KEEP, SEPARATED BY COMMAS
parm_cmap_2=a1ar-ado-cmap.parm7
pdb_cmap_2=a1ar-ado-cmap.pdb
traj_cmap_2=a1ar-ado-cmap.nc

total_prod_steps=20000
stride=1

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#   (II) DEEP LEARNING                                              #
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cuDNN_lib=/usr/local/cuda-11.0/targets/x86_64-linux/lib/
dl_dir=./EXAMPLE/DL/a1ar-activation

sys_fold_1=1-a1ar-psb36
sys_img_1=a1ar-psb36

sys_fold_2=2-a1ar-ado
sys_img_2=a1ar-ado

nb_residues=280
image_index=38    # USED TO DETERMINE REACTION COORDINATES
gradient_cutoff=0.4

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#   (III) 2D FREE ENERGY PROFILING                                  #
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