nwchem-ompi-iqtc04.sub

#!/bin/bash 
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# SGE options and parameters
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# (1) Name of the job
#$ -N test_nwchem_iqtc04 
# (2) Requested resources 
# Parallel Environment and number of cores
#$ -pe omp* 4 
# Queue
#$ -q iqtc04.q
# Shell
#$ -S /bin/bash
# (3) Output files 
#$ -cwd 
#$ -o iqtc04-4.out 
#$ -e iqtc04-4.err 
# (4) Remove the first '#' of the following 2 lines if you want to receive an email when the job ends.
##$ -m e 
##$ -M yourmail@ub.edu
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# User environment. 
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# Load the modules needed 
. /etc/profile.d/modules.sh
module load nwchem/5.1.1_ics-11.1.072_ompi-1.4.2
INPUT=input_m5_2x_Rqm3.nw
output=$INPUT.log
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# Copying files needed 
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# We copy the inputs to the directory where the jobs will run 

cd $TMPDIR 
cp -r $HOME/bench/NWCHEM/$INPUT .
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# Run the job 
########################################## 
export OMP_NUM_THREADS=1

echo "INICI"
date
mpirun -np $NSLOTS nwchem $INPUT > $output
echo "FI"
date
########################################## 
# Copy the results to our home directory
########################################## 
mkdir -p $HOME/bench/NWCHEM/OUT_iqtc04
cp -r $TMPDIR $HOME/bench/NWCHEM/OUT_iqtc04