gaussian-linda.sub

<code>
#!/bin/bash 
##########################################
# Opcions i parametres de l'SGE
########################################## 
# (1) Nom del treball (per identificar) 
#$ -N gaussian-linda-prova01
# (2) Recursos sol.licitats 
#$ -l h_rt=0:50:0 
#$ -l h_vmem=8G
#$ -pe linda 4
# (3) Fitxers de sortida 
#$ -cwd 
#$ -o gaussian-linda.out 
#$ -e gaussian-linda.err 
#$ (4) Envia un mail quan acava el treball.
#$ -m e 
#$ -M jblasco@fbg.ub.es 
##########################################
# Entorn d.usuari 
########################################## 
# Es carreguen els moduls a utilitzar 
. /etc/profile
module load gaussian
########################################## 
# transferencia de dades 
########################################## 
# Es copien les dades al directori on es llenc,aran els calculs. 
cd $TMPDIR
export Project=gaussian-linda
export Input=$Project
cp -pr $HOME/path/amb/els/input.com $Input
# Es carreguen algunes variables pel Linda
export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR
export NODES=\"`cat $TMPDIR/machines`\"
export GAUSS_LFLAGS="-v -nodelist ${NODES}"
########################################## 
# calcul 
########################################## 
# executem el gaussian g03
g03l g03lindatest.com > g03lindatest.log
########################################## 
# Transferencia dels resultats
########################################## 
cp -pr $Input $HOME/path/a/on/guardar/els/outputs/
</code>

Cal incloure 3 paràmetres:
* '''nproc''' : número de processadors a utilitzar dins de cada node 
* '''NProcLinda''' : número de nodes a utilitzar
* '''mem''' : quantitat de memòria necessaria per realitzar el càlcul

El input de Gaussian per enviar-ho amb el PE de linda te la forma:
<code>
%nproc=2
%NProcLinda=4
%mem=400MB
%chk=t_cp
#p b3lyp/cc-pvtz counterpoise=3 opt=z-matrix optcyc=999 
 
t
 
0 1
O 1
O 1 oo 2
O 2 oo 1 60.0 3
H 1 oh 3 hoo 2 0.0 0 1
H 2 oh 1 hoo 3 0.0 0 2
H 3 oh 2 hoo 1 0.0 0 3
H 1 ho 2 oho 3 d1 0 1
H 2 ho 3 oho 1 d2 0 2
H 3 ho 1 oho 2 d2 0 3
 
  oo          2.7873
  oh          0.9771
  hoo        78.2005
  ho          0.9609
  oho       113.8022
  d1        112.335
  d2       -113.7495
</code>