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amber-11-ompi-iqtc04.sub
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amber-11-ompi-iqtc04.sub
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#!/bin/bash
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# SGE options and parameters
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# (1) Name of the job
#$ -N TEST-ncores
# (2) Resources requested
#$ -pe omp* ncores
# Queue
#$ -q iqtc04.q
# (3) Output files
#$ -cwd
#$ -o amber-TEST-ncores_BINAMBER.out
#$ -e amber-TEST-ncores_BINAMBER.err
# (4) Remove the first '#' of the following 2 lines if you want to receive an email when the job ends.
##$ -m e
##$ -M [email protected]
#$ -S /bin/bash
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## User environment.
###########################################
## Load the modules needed
#. /etc/profile.d/modules.sh
module load amber/11_OpenMPI_1.4.2_intel_11.1.072
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# Copying files needed
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# We copy the inputs to the directory where the jobs will run
cd $TMPDIR
#mkdir -p /work/jblasco/TEST-ncores-BINAMBER
#cd /work/jblasco/TEST-ncores-BINAMBER
cp -r $HOME/bench/AMBER/TEST/input/* .
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# Run the job
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export OMP_NUM_THREADS=1
ulimit -l unlimited
A1=ispfv_trxm1_04_din
A2=ispfv_trxm1
A3=ispfv_trxm1_03_din
A4=rst
mpirun -np $NSLOTS pmemd \
-i $SGE_O_WORKDIR/$A1.in \
-o $TMPDIR/$A1.out \
-p $SGE_O_WORKDIR/$A2.top \
-c $SGE_O_WORKDIR/$A3.$A4 \
-ref $SGE_O_WORKDIR/$A3.$A4 \
-r $TMPDIR/$A1.rst \
-e $TMPDIR/$A1.mden \
-x $TMPDIR/$A1.mdcrd \
-v $TMPDIR/$A1.mdvel \
-l $TMPDIR/$A1.logfile \
-inf $TMPDIR/$A1.inf
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# Copy the results to our home directory
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mkdir -p $HOME/bench/AMBER/TEST/OUT/amber
cp -r $TMPDIR $HOME/bench/AMBER/TEST/OUT/amber/
#cp -r /work/jblasco/TEST-ncores-BINAMBER $HOME/bench/AMBER/TEST/OUT/amber/
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# Temps dels resultats
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TEMPS=$(cat $A1.out | grep "Master Total wall time" | awk '{print $6}')
echo "$NSLOTS $TEMPS" >> $HOME/bench2/AMBER/benchmark-Nehalem-DP-TEST-BINAMBER.dat
#cd
#rm -fr /work/jblasco/TEST-ncores-BINAMBER