ajouts aux cours et aux ressources

bloc2/03_rmarkdown.Rmd

@@ -1,3 +1,31 @@
+class: title-slide, middle
+
+<style type="text/css">
+  .title-slide {
+    background-image: url('../assets/img/bg.jpg');
+    background-color: #23373B;
+    background-size: contain;
+    border: 0px;
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+    line-height: 1;
+  }
+</style>
+
+<div class="lab-logo"></div>
+
+# Séance 4
+
+<hr width="65%" align="left" size="0.3" color="orange"></hr>
+
+## Les outils pour la reproductibilité
+
+<hr width="65%" align="left" size="0.3" color="orange" style="margin-bottom:40px;" alt="@Martin Sanchez"></hr>
+
+.instructors[
+  **BIO500** - Victor Cameron
+]
+
+---
 class: inverse, center, middle
 
 # Le cahier de laboratoire RMarkdown
@@ -357,4 +385,11 @@ str(knitr::opts_chunk$get())
 - RMarkdown gallery [https://rmarkdown.rstudio.com/gallery.html](https://rmarkdown.rstudio.com/gallery.html)
 - ResearchDown [https://insileco.github.io/ResearchDown/](https://insileco.github.io/ResearchDown/)
 
+---
+class: inverse, center, middle
+
+# Discussion
+
+<hr width="65%" size="0.3" color="orange" style="margin-top:-20px;"></hr>
+
 ---

livre/git.qmd

@@ -171,6 +171,19 @@ Accédez à [GitHub](https://github.com/) et connectez-vous à votre compte. Pr
 - Description: Une description du répertoire (non requis)
 - Public.
 
+### Bien structurer son projet 
+
+Il est recommandé de bien organiser ses fichiers afin de s'y retrouver plus facilement. On y retrouve habituellement les éléments suivants  : 
+
+- *README.md*: information sur le dépôt 
+- *.Rproj*: informations sur le projet R
+- *.git* : informations sur l'historique d'utilisation de git 
+- *.gitignore*:  contient les extensions de fichier ignorés par git
+- **data** : données du projet ainsi que la base de données
+- **scripts**: tous les scripts R
+- **figures**: résultats des analyses
+- **rapport**: rapport final 
+
 
 ### 2. Associer le dépôt à RStudio