soft_samtools.md

查看bam文件

samtools view myBAMfile.bam | less -S

排序建索引

samtools sort -@ 24 -o myBAMfile.sort.bam myBAMfile.bam  #bam文件排序
samtools index -@ 24 myBAMfile.sort.bam #对排序后的bam建立索引

提取某条染色体比对后文件

samtools view myBAMfile.sort.bam NC_007897.1 -@ 10 -O BAM -o NC_007897.1.bam

提取某条染色体某些区域

samtools view ZL-30.sorted.addhead.markdup.bam -hb NC_037348.1:6600000-6700000 -@ 10 -O BAM -o NC_037348.1_6.6-6.7.bam

提取fa文件中确定位置的fa序列

samtools faidx GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_genomic.fna NC_037333.1:41507001-41512000 > NC_037333.1:41507001-41512000.fa