Skip to content

Latest commit

 

History

History
94 lines (64 loc) · 4.21 KB

README.md

File metadata and controls

94 lines (64 loc) · 4.21 KB
Raw

Onkostar zu cBioportal Bayern

Ziel dieser Anwendung ist der Export relevanter anonymisierter Patientendaten und Daten zu Tumorproben aus Onkostar, damit diese in eine bayernweite cBioportal Installation importiert werden können.

Anwendung

Der Parameter --help zeigt folgenden Hilfetext an

Usage: os2cb <command>

A simple tool to export data from Onkostar into TSV file format for cBioportal

Flags:
  -h, --help                         Show context-sensitive help.
  -U, --user=STRING                  Database username
  -P, --password=STRING              Database password
  -H, --host="localhost"             Database host
      --port=3306                    Database port
      --ssl="false"                  SSL-Verbindung ('true', 'false', 'skip-verify', 'preferred')
  -D, --database="onkostar"          Database name
      --patient-id=PATIENT-ID,...    PatientenIDs der zu exportierenden Patienten. Kommagetrennt bei mehreren IDs
      --id-prefix="WUE"              Zu verwendender Prefix für anonymisierte IDs. 'WUE', wenn nicht anders angegeben.
      --all-tk                       Diagnosen: Erlaube Diagnosen mit allen Tumorkonferenzen, nicht nur Diagnosen mit MTBs
      --no-anon                      Keine ID-Anonymisierung anwenden. Hierbei wird auch das ID-Prefix ignoriert.

Commands:
  export-patients    Export patient data
  export-samples     Export sample data
  export-xlsx        Export all data into Excel file
  preview            Show patient data. Exit Preview-Mode with <CTRL>+'C'

Als Alternative zu "--patient-id=" kann auch "--oca-plus" angegeben werden, um alle Patienten mit OCAPLus-Panel einzuschließen.

Zusätzliche Optionen für die Befehle export-patients und export-samples

      --filename=STRING              Exportiere in diese Datei
      --append                       An bestehende Datei anhängen
      --csv                          Verwende CSV-Format anstelle TSV-Format (UTF-16 und Trennung mit ';' zur Verwendung mit MS Excel)

Hinweis zu Passwörtern

Wird das Passwort nicht als Parameter angegeben, so wird im Anschluss danach gefragt.

Hinweis zum Export der Export-Dateien

Die Dateien werden als TSV-Datei (durch Tabulator getrennt) und UTF-8 kodiert gespeichert, damit ein Datenimport mit cBioportal ohne Umlautprobleme erfolgen kann.

Hinweis zum Export im CSV-Format

Für den Export im CSV-Format wird zur Kompatibilität mit MS Excel der UTF-16 Zeichensatz verwendet. Das Trennzeichen ist dabei ;. Es handelt sich daher nicht um eine CSV-Datei nach RFC 4180.

Hinweis zu Diagnosen

Generell verwendet die Anwendung nur Diagnosen, denen ein MTB (Tumorkonferenz mit Typ "27") zugeordnet ist. Der Standardwert kann - bei Bedarf entsprechend der lokalen Onkostar-Installation - auch mit dem Parameter --mtb-type überschrieben werden. Mit der Option --all-tk werden alle Diagnosen berücksichtigt, denen eine beliebige Tumorkonferenz zugeordnet ist.

Hinweise zu Proben-IDs

Proben-IDs aus Würzburg werden in der Form A/2024/1234 dokumentiert und von der Anwendung in das Format A24-1234 gewandelt.

Anonymisierung

Die angegebenen IDs der Patienten als auch ermittelten IDs der Proben werden anonymisiert. Dazu werden aus einer ID ein SHA256-Hash gebildet und von diesem die ersten 10 Zeichen zuzüglich Prefix WUE_ für den Export verwendet.

Dies entspricht folgendem Shell-Befehl:

echo -n "<ID>" | sha256sum | sed -e 's/^\(.\{10\}\).*/WUE_\1/'

Der Prefix einer anonymisierten ID kann über den Parameter --id-prefix verändert werden. Ohne Angabe wird "WUE" verwendet.

Mit der Option --no-anon kann die Anonymisierung deaktiviert werden. Achtung: IDs von Patienten und Proben werden direkt ausgegeben!

Anzeige von Daten innerhalb der Anwendung

Das Anzeigen von zu exportierenden Daten wird durch die beiden Befehle display-patients und display-samples ermöglicht, ohne in eine Datei speichern zu müssen. Die Parameter --filename, --apend und --csv werden dabei ignoriert.

Mit der Tabulator-Taste gelangt man zum nächsten Element. Ist die Tabelle ausgewählt, kann mit den Pfeiltasten der anzuzeigende Ausschnitt ausgewählt werden.

Ansicht der Anzeige von Daten