自定义分析可直接用于目标文件分析，用户可以在每个分析项目中进行自定义的分析，通过设定相关参数，直接进行分析，显示并下载结果。值得注意的是，在目标分析中保存的参数可在后续分析流程中将批量进行分析。
原始数据经过XCMS程序处理后的矩阵文件中某个样本中的代谢物会出现0值，即缺失值，如果缺失值在组内出现次数过多，可以通过去除缺失值来优化数据，设置好变量后点击【确定】，进入下一步分析。
为使不同量级的数据能够进行比较，消除或减少系统误差，需对数据进行归一化，归一化处理的方法分成三类：批次归一化，归一化以及数值转化。
可点击【预览】查看并下载QA结果，点击【确定】，进入下一步。
在进行基于质谱技术的代谢组学研究时，为了获得可靠且高质量的代谢组学数据，通常需进行质量控制（quality control，QC）工作。点击【下载】，可调整图片的大小格式。
在“我的选择组别列表”里，可以选择任一组合进行分析。
①“数据转化”方式可有多种选择，数据不理想时可进行调整或者选择“log10对数”，选择完成后，点击 【autofit】进行自动拟合。
②自动拟合后会出现PCA分析的相关参数，如下图
③获得参数后，点击“得分图”，可以获得PCA得分图，点击“表格”，可获得相关参数，同时在右下角的“参数选择”种可以对图上的参数进行修改，点击【下载】对图片的大小和格式进行修改同时保存。
④点击【载荷图】，可以获得相应的组别分析的载荷图，点击“表格”，可获得相关参数，同时在右下角的“参数选择”种可以对图上的参数进行修改，点击【下载】对图片的大小和格式进行修改同时保存。
“数据转化”方式可有多种选择，数据不理想时可进行调整或者选择“log10对数”，调节置换检验次数，选择完成后，点击 【autofit】进行自动拟合，拟合后可点击【得分图】、【VIP】、【载荷图】、【置换检验】获得相应参数以及分析图片。
“数据转化”方式可有多种选择，数据不理想时可进行调整或者选择“log10对数”，调节置换检验次数，选择完成后，点击 【autofit】进行自动拟合，拟合后可点击【得分图】、【VIP】、【载荷图】、【置换检验】、【s-plot】获得相应参数以及分析图片。
可以选择“检验方式”，是否“配对检验”以及“比对方式”，同时可以通过右下角“参数选择”调整参数，选择完成后点击【确定】，获得差异代谢物列表， 点击【火山图】、【z-score】获得相应分析图片。
点击【箱式图】、【柱状图】、【谱线图】获得相应分析图片，同时可以通过右下角“参数选择”调整参数。
点击【热图分析】、【代谢物关联分析】、【层次聚类分析】获得相应分析图片，可以通过选择“全部代谢物”或者“差异代谢物”，同时可以通过右下角“参数选择”调整参数。
可以选择“代谢通路拓扑”， “物种名称”以及“富集算法”，点击【确定】获得代谢通路分析结果，同时可以通过选择多个代谢通路生成“network”，选择完成后点击【下载】，获得相应参数以及分析图片。
通过选择“全部代谢物”或者“差异代谢物”，调节“关联系数阈值”、“p阈值(fdr)”点击【确定】获得代谢网络分析结果，点击【下载图片】，可下载当前视图中的图片；点击【下载网络结果文件】，可下载相关参数；点击【高阶绘图】，可对当前代谢网路图进行更加深入的更绘制。
点击【ROC曲线分析】获得相应分析图片，可以通过右下角“参数选择”调整参数。
