Certaines étapes d'analyse (notamment l'alignement des reads sur le génome de référence et le comptage des reads) vont prendre du temps et consommer des ressources informatiques.
Si vous fermez votre terminal alors que vous avez une tache d'analyse en cours, celle-ci sera arrêtée. C'est dommage 😭
Pour lancer une analyse en tâche de fond et pouvoir vous déconnecter, utilisez la syntaxe :
$ nohup votre-commande-avec-ses-paramètres &
Attention, tout ce qui s'affiche normalement à l'écran sera écrit dans le fichier nohup.out. Vous obtiendrez d'ailleurs un message qui vous le confirme :
nohup: ignoring input and appending output to 'nohup.out'
Pour suivre l'avancée de votre analyse, lancez la commande
$ top
ou mieux, si le programme htop est installé sur le serveur :
$ htop
Enfin, voici quelques commandes utiles pour explorer les caractéristiques du serveur :
grep -c /proc/cpuinfopour connaître le nombre de coeurs de la machinefree -hpour connaître la taille de la mémoire vive (total et disponible)df -hpour connaître la volumétrie de stockage (totale et diponible)