script3.sh

# Le script va s'arrêter :
# - à la première erreur,
# - si une variable n'est pas définie,
# - si une erreur est recontrée dans un pipe.
set -euo pipefail

# Références des échantillons à analyser.
# Les numéros sont entre guillemets et séparés par un espace.
# Faites en sorte que ces numéros correspondent à VOS échantillons.
samples="SRR2960338 SRR2960341 SRR2960343"
# Chemin relatif et nom du fichier contenant le génome de référence.
genome="genome/GCF_000214015.3_version_140606.fna"
# Chemin relatif et nom du fichier contenant les annotations.
annotations="genome/GCF_000214015.3_version_140606.gff"


# On indexe le génome qu'une seule fois.
echo "=============================================================="
echo "Indexation du génome de référence"
echo "=============================================================="
mkdir -p index
bowtie2-build "${genome}" "index/O_tauri"


for sample in ${samples}
do
    echo "=============================================================="
    echo "Contrôle qualité - échantillon ${sample}"
    echo "=============================================================="
    mkdir -p reads_qc
    fastqc "reads/${sample}.fastq.gz" --outdir reads_qc

    echo "=============================================================="
    echo "Alignement des reads sur le génome de référence - échantillon ${sample}"
    echo "=============================================================="
    mkdir -p map
    bowtie2 -p 2 -x "index/O_tauri" -U "reads/${sample}.fastq.gz" -S "map/bowtie-${sample}.sam" 2> "map/bowtie-${sample}.out"

    echo "=============================================================="
    echo "Conversion en binaire, tri et indexation des reads alignés - échantillon ${sample}"
    echo "=============================================================="
    samtools view -@ 2 -b "map/bowtie-${sample}.sam" -o "map/bowtie-${sample}.bam"
    samtools sort -@ 2 "map/bowtie-${sample}.bam" -o "map/bowtie-${sample}.sorted.bam"
    samtools index "map/bowtie-${sample}.sorted.bam"

    echo "=============================================================="
    echo "Comptage - échantillon ${sample}"
    echo "=============================================================="
    mkdir -p count
    htseq-count --stranded=no --type="gene" --idattr="ID" --order=name --format=bam "map/bowtie-${sample}.sorted.bam" "${annotations}" > "count/count-${sample}.txt"

    echo "=============================================================="
    echo "Nettoyage des fichiers inutiles - échantillon ${sample}"
    echo "=============================================================="
    rm -f "map/bowtie-${sample}.sam" "map/bowtie-${sample}.bam"
done